求字符串的最长重复子串，子串可以相交

给定一个字符串，输出最长的重复子串

举例：ask not what your country can do for you,but what youcan do for your country

最长的重复子串：can do for you

思路：使用后缀数组解决

分析：

1、由于要求最长公共子序列，则需要找到字符串的所有子串，即通过产生字符串的后缀数组实现。

2、由于要求最长的重复子串，则需要对所有子串进行排序，这样可以把相同的字符串排在一起。

3、比较相邻字符串，找出两个子串中，相同的字符的个数。

注意，对于一个子串，一个与其重复最多的字符串肯定是紧挨着自己的两个字符串。

步骤：

      1、对待处理的字符串产生后缀数组

      2、对后缀数组排序

      3、依次检测相邻两个后缀的公共长度

      4、取出最大公共长度的前缀

这里的子串是可以相交的，比如ababa，返回的最长重复子串的长度为3

/*
	 * 使用后缀数组，具体思路参见http://blog.csdn.net/iamskying/article/details/4759485 不过
	 * 1.这个思路在生成后缀数组时，用“暴力”生成：先取最后1个元素，然后取最后2个元素、最后3个元素...
	 * 据说可以通过倍增算法和DC3算法，不过没研究过... 2.下面这个结论我不明白，后缀数组的原理还没研究过-->
	 * “将所有后缀数组按字典顺序排序后，两个相邻位置的后缀数组比较，取其最长公共前缀，即为所求字符串s的最长可重叠重复子串”
	 */
	public void findMaxPrefixCross(String str) {
		String[] suffixArray = generateSuffixArray(str);
		// string sort
		List<String> list = (List<String>) Arrays.asList(suffixArray);
		Collections.sort(list);

		// 两个相邻位置的后缀数组比较，取其最长公共前缀
		// int startIndex=0;//只有第一个字符相同时，才有“公共前缀”
		int prefixLen = -1;
		int index = -1;
		for (int i = 0, len = suffixArray.length; i < len - 1; i++) {
			char[] str1 = suffixArray[i].toCharArray();
			char[] str2 = suffixArray[i + 1].toCharArray();
			int k1 = 0, k2 = 0;
			int len1 = str1.length, len2 = str2.length;
			int count = 0;
			if (str1[0] == str2[0]) {// 只有第一个字符相同时，才有“公共前缀”
				while (k1 < len1 && k2 < len2 && str1[k1] == str2[k2]) {
					k1++;
					k2++;
					count++;
				}
				if (count > prefixLen) {
					prefixLen = count;
					index = i;
				}
			}
		}
		if (index != -1) {
			String str3 = suffixArray[index];
			System.out.println("one of the max repeat SubString is "
					+ str3.substring(0, prefixLen));
			System.out.println("length=" + prefixLen);
			
		} else {
			System.out.println("no duplicate char ");
		}

	}

	public String[] generateSuffixArray(String str) {
		int len = str.length();
		String[] suffixArray = new String[len];
		for (int i = 0; i < len; i++) {
			int endIndex = len;
			int beginIndex = len - 1 - i;
			suffixArray[i] = str.substring(beginIndex, endIndex);
		}
		return suffixArray;
	}