经典分子动力学势能模型拟合程序atomicrex介绍

经典分子动力学计算的准确程度依赖于所采用的原子间作用的势能模型，常用的势能拟合函数和分子静力学性质计算的程序是GULP，但是势能拟合过程的可控性和自由度不高，这里介绍一个势能模型的程序atomicrex,可以自定义势能函数，可以优化晶格，拟合势能，计算能量和力以及弹性系数等，但缺乏声子谱等计算，相关网页介绍：

https://atomicrex.org/

1.程序安装

按照官网教程，基于camke,并且需要python的相关模块，安装时需要注意的是：如果ubuntu上安装了anaconda，

则make时会提示找不到Python.h文件，这是因为anaconda的python相应h文件路径与linux系统python路径不同，所以需要在cmake时修改python的配置路径：

cmake .. \
-DPYTHON_INCLUDE_DIR=$(python -c "from distutils.sysconfig import get_python_inc; print(get_python_inc())")  

-DPYTHON_LIBRARY=$(python -c "import distutils.sysconfig as sysconfig; print(sysconfig.get_config_var('LIBDIR'))")

-DPYTHON_EXECUTABLE=此处写入which python时当前python的返回值

即可。

2.程序使用

需要一个输入文件，即jobfile，采用xml格式。