GATK官方文档翻译--Tool Documentation Index

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工具文档索引

1.Copy Number Variant Discovery 拷贝数变异发现

2.Coverage Analysis 覆盖率分析

3.Diagnostics and Quality Control 诊断和质量控制

4.Intervals Manipulation 间隔操作

5.Metagenomics 宏基因组学

6.Other 其他

7.Read Data Manipulation 读取数据操作

8.Reference 参考

9.Short Variant Discovery 短变异发现

10.Structural Variant Discovery  结构变异发现

11.Variant Evaluation and Refinement 变异评估和细化

12.Variant Filtering  变异过滤

13.Variant Manipulation  变异操作

14.Base Calling 碱基识别

15.Read Filters  读取过滤器

16.Variant Annotations 变异注释

GATK(Genome Analysis Toolkit)是一款强大的生物信息学工具,用于分析基因组数据。VariantFiltrationGATK 中的一个功能,用于对基因组变异进行过滤和评估。其中的参数 --genotype-filter-name 和 -G-filter-name 用于指定使用特定的过滤规则对基因型数据进行过滤。 使用这些参数时,你需要指定一个或多个过滤规则的名称。这些名称通常是在 GATK 的过滤规则文件(例如,GQT, GVCF, or BQSR)中定义的。你可以通过在命令行中指定这些文件来使用它们。 下面是一个基本的 GATK VariantFiltration 命令示例,使用 --genotype-filter-name 参数: ```bash gatk VariantFiltration --genotype-filter-name MyFilter \ -R reference.fasta \ -V input.vcf \ -O output.vcf ``` 在这个例子中,我们使用了名为 "MyFilter" 的过滤规则。你需要将 "MyFilter" 替换为你想要使用的实际过滤规则的名称。该命令会将变异数据经过过滤,并将过滤后的结果输出到 output.vcf 文件中。 同样,你还可以使用 -G-filter-name 参数来使用全局过滤规则。例如: ```bash gatk VariantFiltration -G GATKGlobalFilter \ -R reference.fasta \ -V input.vcf \ -O output.vcf ``` 在这个例子中,我们使用了名为 "GATKGlobalFilter" 的全局过滤规则。你需要将 "GATKGlobalFilter" 替换为你想要使用的实际全局过滤规则的名称。 请注意,具体的命令和参数可能会根据你的数据和需求而有所不同。在使用 GATK 进行 VariantFiltration 时,建议参考 GATK官方文档和示例,以确保正确使用。
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