扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案—刘永鑫(南京,2020年10月27日)

生物信息学习的正确姿势

NGS系列文章包括NGS基础高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step))、批次效应处理等内容。

感谢中科院南京土壤所褚海燕老师的邀请,参加微生物生态与生物信息技术培训。

本次会议预计300人规模的会议,结果现场来了超千人。即使会议进行至第二天下午接近尾声,依然火爆如下:

我将本次90分钟报告《扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案》现将现场录屏视频和PPT分享给大家

视频在线观看链接:https://v.qq.com/x/page/m3164ftxqou.html

视频、PPT、绘图模板下载,后台回复“南京2020”获取下载链接。

主要文件说明:

  • PPT:201027-南土所-分析.pdf

  • 录屏:201027-南土所-分析.wmv

  • Nature杂志拼图AI模板:AI_Nature.ai

如果您觉得本次报告干货实足,欢迎分享至朋友圈、同行微信群,帮助需要的同行看到。

以下的PPT截图















































































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16s扩增子分析是一种用于研究微生物多样性的常见分析方法。该方法基于16s rRNA基因,通过扩增目标片段并进行高通量测序来获得微生物群落的组成信息。以下是16s扩增子分析的流程: 1. DNA提取:从样品中提取总DNA,例如土壤、水、粪便等。DNA提取的目的是将微生物细胞中的DNA分离并纯化,为后续的扩增和测序做准备。 2. 16s rRNA扩增:使用特定引物对16s rRNA基因的V3-V4区域进行扩增。这个区域具有足够的变异性,可以用于区分不同的微生物类群。 3. 准备文库:将扩增产物进行处理,如加上barcode,接上测序引物等。文库的准备是为了后续的高通量测序。 4. 高通量测序:将准备好的文库送入高通量测序仪中进行测序。现在常用的测序平台有Illumina MiSeq和Ion Torrent PGM等。 5. 数据分析:对测序得到的数据进行丰度和多样性分析。使用生物信息学的工具和数据库,如QIIME、mothur、MG-RAST等,可以对序列进行质量控制、聚类、分类等处理,从而得到微生物群落的组成和多样性信息。 6. 结果解读:根据数据分析的结果,可以了解微生物群落的组成和相对丰度,了解其多样性指标,如物种多样性指数、丰富度指数和均匀度指数等。这些结果可以用于比较不同样品间的差异,探索微生物生态系统的变化规律。 总之,16s扩增子分析是一种通过扩增和测序16s rRNA基因来研究微生物多样性的方法。通过该方法,可以揭示微生物群落的组成和结构,为进一步的微生物生态学研究和应用提供重要的信息。

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