- 博客(17)
- 资源 (8)
- 收藏
- 关注
原创 一文掌握GSEA富集分析-最详细教程
之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。最近用自己数据实战分析时用到了该方法,故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因(基于先验知识的基因注释信息)中的基因是随机分布还是聚集...
2019-04-26 17:02:46 53194 10
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(九)- Scater包单细胞过滤
往期系列Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tab...
2019-04-22 18:38:51 1768
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八) - Scater包输入导入和存储
往期系列亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(一)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(二)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(三)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(四)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(五)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(六)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七) - 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris收藏|北大生信平台 “单细胞分析,染...
2019-04-22 18:24:05 892
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris
往期系列Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生...
2019-04-22 18:15:25 3707 1
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习构建表达矩阵scRNA-seq数据的许多...
2019-04-22 17:23:09 2462
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习使用STAR比对read现在我们已经对测序原始数据进行了质控,获得了高质量的Clean d...
2019-04-22 17:20:39 1184
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费测序文库拆分 (Demultiplexing)文库拆分因使用的前期Protocol不同或构建的流程不同需要有对应...
2019-04-22 17:17:56 1651 1
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq测序数据后,首先检查测序reads的质量。为了完成这个任务,我们使用的工具是FastQC。Fa...
2019-04-22 17:14:08 1464 1
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)
单细胞测序实验方法开发scRNA-seq的新实验方法和操作手册是目前很火的研究领域,而且最近这些年已经发表了一些改进方法。上图可以看出检测的细胞数目以指数形式增加,以下是一份不完全的列表:STRT-seqSmart-seqCEL-seqMARS-seqSCRB-seqSmart-seq2Drop-seqInDrop-seqCEL-seq2...
2019-04-22 17:09:47 987
原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)
在别人的电子书,你的电子书,都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course),从2016年一直更新到2018年,是入门单细胞分析的十分适合的文档。为了进一步促进学习,生信宝典申请并组织翻译这篇教程,将在公众号陆续推出。最后会有整合版以网页和PDF格式发布于易生信平台。关于课程采用高通量测序技术获取单细胞水...
2019-04-22 17:04:03 1679
原创 三人成虎,概率却不足十分之五?几个贝叶斯推理故事的分享
周末了,看一些违反直觉的小问题们。第一个问题:三人成虎,概率却不足十分之五?你打算去西雅图旅游,但不确定是否会下雨。你打电话给三个在西雅图居住但彼此不认识的朋友询问。你的每个朋友都有2/3的可能告诉你真实情况,也有1/3的可能他们会搞砸。询问后所有的朋友都告诉你会下雨。那么是不是第一反应西雅图会下雨呢?而实际西雅图下雨的概率有多大呢?是直接相信直觉还是计算下? 首先确...
2019-04-13 17:55:33 2493
原创 PCA主成分分析原理及分析实践详细介绍
自己的博客在Github上,访问不多。这篇文章竟然被别人发了出来,还是贴到CSDN上,更方便检索吧。原文:<http://blog.genesino.com/2016/10/PCA/>This is generated by R knitr, please check https://github.com/Tong-Chen/notebook/blob/master/PC...
2019-04-12 21:18:06 3413 2
原创 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次
一、Metascape简介高通量测序分析会产生数以百计的候选基因,但是只有少部分的基因能用于下游分析。研究基因的功能是生物医学研究的重要课题之一。如果你关注的是一个基因,那么可以搜索该基因相关的文献或从WikiGenes等基因信息数据库中来快速了解这个基因。但如果关注的是多个基因,比如以下情形:转录组数据中有显著差异表达的Top30基因集;受一个或多个转录因子通过motif调控的多个...
2019-04-07 09:34:28 1710
原创 纪念诺贝尔生理医学奖获得者 Sydney Brenner (1927-2019)
纪念诺贝尔生理医学奖获得者 Sydney Brenner (1927-2019)Sydney Brenner经常被描述为“分子生物学的顽童”Sydney Brenner: 南非生物学家,2002年诺贝尔生理学或医学奖获得者 (发现了器官发育的基因调控机制和细胞程序性死亡)。Sydney Brenner在英国剑桥的分子生物学医学研究委员会(MRC)实验室工作期间,对遗传密码等分子生物学领域做出...
2019-04-06 12:01:39 2115
原创 废弃P-value,还是学学如何评估统计检验结果?
前几天,Nature上一篇comment再度引发关于p-value如何使用和解释的文章:Scientists rise up against statistical significance,800多名科学家联合声明拒绝使用基于p-value或置信区间或贝叶斯因子等的二分法将研究结果分为统计显著和统计不显著两个部分,而是应该把置信区间改为兼容性区间, 描述区间所有值的实际含义,尤其是其所代表的的效...
2019-04-01 11:31:36 1769
原创 两篇Science文章揭示癌症治疗中细胞感应氧气的新机制
奥卢大学和哈佛大学的研究人员发现了当前未知的新机制,身体细胞通过该机制感应氧气。缺氧对基因的功能有直接影响,并抑制细胞分化。该研究发表在Science杂志,其将为癌症药物的开发开辟新的机会。该发现的核心是组蛋白去甲基化酶,其任务是调控染色质的结构。研究人员证明,缺氧会抑制某些组蛋白去甲基化酶的功能,导致细胞不能分化。这一新发现与新型抗癌药物的开发有关。癌细胞通常是未...
2019-04-01 11:28:41 1054
原创 眼液蛋白水平或许可预测阿尔茨海默症
2019年3月8日发表在阿尔茨海默病杂志上的一项新研究发现,阿尔茨海默病(AD)的生物标记物淀粉样蛋白-β和tau蛋白在眼液中的含量降低与低认知评分显著相关。在波士顿医学中心的研究人员的带领下,该研究首次将眼睛中这些已知的AD标记蛋白与精神状态联系起来。研究结果表明,眼睛中的蛋白质可能是未来预测阿尔茨海默病的一种低成本高效手段。在症状出现之前诊断和开始AD治疗是控制疾病的关键,因为在出现症状时...
2019-04-01 11:21:43 257
Masterminds of programming
2010-12-26
Python在Unix和Linux系统管理中的应用
2010-12-18
gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)
2010-08-17
Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘
2010-03-02
Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
2010-03-02
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人