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悟道西方

踏实工作,认真修养;与人为善,合作共赢;玉汝于成,追求卓越。

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原创 一文掌握GSEA富集分析-最详细教程

之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。最近用自己数据实战分析时用到了该方法,故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因(基于先验知识的基因注释信息)中的基因是随机分布还是聚集...

2019-04-26 17:02:46 53194 10

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(九)- Scater包单细胞过滤

往期系列Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tab...

2019-04-22 18:38:51 1768

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八) - Scater包输入导入和存储

往期系列亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(一)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(二)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(三)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(四)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(五)亨贝格实验室单细胞转录组数据分析(六)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七) - 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris收藏|北大生信平台 “单细胞分析,染...

2019-04-22 18:24:05 892

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

往期系列Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生...

2019-04-22 18:15:25 3707 1

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习构建表达矩阵scRNA-seq数据的许多...

2019-04-22 17:23:09 2462

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(五)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享该如何自学入门生物信息学生物信息之程序学习使用STAR比对read现在我们已经对测序原始数据进行了质控,获得了高质量的Clean d...

2019-04-22 17:20:39 1184

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费测序文库拆分 (Demultiplexing)文库拆分因使用的前期Protocol不同或构建的流程不同需要有对应...

2019-04-22 17:17:56 1651 1

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得 - 限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq测序数据后,首先检查测序reads的质量。为了完成这个任务,我们使用的工具是FastQC。Fa...

2019-04-22 17:14:08 1464 1

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)

单细胞测序实验方法开发scRNA-seq的新实验方法和操作手册是目前很火的研究领域,而且最近这些年已经发表了一些改进方法。上图可以看出检测的细胞数目以指数形式增加,以下是一份不完全的列表:STRT-seqSmart-seqCEL-seqMARS-seqSCRB-seqSmart-seq2Drop-seqInDrop-seqCEL-seq2...

2019-04-22 17:09:47 987

原创 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(一)

在别人的电子书,你的电子书,都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course),从2016年一直更新到2018年,是入门单细胞分析的十分适合的文档。为了进一步促进学习,生信宝典申请并组织翻译这篇教程,将在公众号陆续推出。最后会有整合版以网页和PDF格式发布于易生信平台。关于课程采用高通量测序技术获取单细胞水...

2019-04-22 17:04:03 1679

原创 三人成虎,概率却不足十分之五?几个贝叶斯推理故事的分享

周末了,看一些违反直觉的小问题们。第一个问题:三人成虎,概率却不足十分之五?你打算去西雅图旅游,但不确定是否会下雨。你打电话给三个在西雅图居住但彼此不认识的朋友询问。你的每个朋友都有2/3的可能告诉你真实情况,也有1/3的可能他们会搞砸。询问后所有的朋友都告诉你会下雨。那么是不是第一反应西雅图会下雨呢?而实际西雅图下雨的概率有多大呢?是直接相信直觉还是计算下? 首先确...

2019-04-13 17:55:33 2493

原创 PCA主成分分析原理及分析实践详细介绍

自己的博客在Github上,访问不多。这篇文章竟然被别人发了出来,还是贴到CSDN上,更方便检索吧。原文:<http://blog.genesino.com/2016/10/PCA/>This is generated by R knitr, please check https://github.com/Tong-Chen/notebook/blob/master/PC...

2019-04-12 21:18:06 3413 2

原创 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

一、Metascape简介高通量测序分析会产生数以百计的候选基因,但是只有少部分的基因能用于下游分析。研究基因的功能是生物医学研究的重要课题之一。如果你关注的是一个基因,那么可以搜索该基因相关的文献或从WikiGenes等基因信息数据库中来快速了解这个基因。但如果关注的是多个基因,比如以下情形:转录组数据中有显著差异表达的Top30基因集;受一个或多个转录因子通过motif调控的多个...

2019-04-07 09:34:28 1710

原创 纪念诺贝尔生理医学奖获得者 Sydney Brenner (1927-2019)

纪念诺贝尔生理医学奖获得者 Sydney Brenner (1927-2019)Sydney Brenner经常被描述为“分子生物学的顽童”Sydney Brenner: 南非生物学家,2002年诺贝尔生理学或医学奖获得者 (发现了器官发育的基因调控机制和细胞程序性死亡)。Sydney Brenner在英国剑桥的分子生物学医学研究委员会(MRC)实验室工作期间,对遗传密码等分子生物学领域做出...

2019-04-06 12:01:39 2115

原创 废弃P-value,还是学学如何评估统计检验结果?

前几天,Nature上一篇comment再度引发关于p-value如何使用和解释的文章:Scientists rise up against statistical significance,800多名科学家联合声明拒绝使用基于p-value或置信区间或贝叶斯因子等的二分法将研究结果分为统计显著和统计不显著两个部分,而是应该把置信区间改为兼容性区间, 描述区间所有值的实际含义,尤其是其所代表的的效...

2019-04-01 11:31:36 1769

原创 两篇Science文章揭示癌症治疗中细胞感应氧气的新机制

奥卢大学和哈佛大学的研究人员发现了当前未知的新机制,身体细胞通过该机制感应氧气。缺氧对基因的功能有直接影响,并抑制细胞分化。该研究发表在Science杂志,其将为癌症药物的开发开辟新的机会。该发现的核心是组蛋白去甲基化酶,其任务是调控染色质的结构。研究人员证明,缺氧会抑制某些组蛋白去甲基化酶的功能,导致细胞不能分化。这一新发现与新型抗癌药物的开发有关。癌细胞通常是未...

2019-04-01 11:28:41 1054

原创 眼液蛋白水平或许可预测阿尔茨海默症

2019年3月8日发表在阿尔茨海默病杂志上的一项新研究发现,阿尔茨海默病(AD)的生物标记物淀粉样蛋白-β和tau蛋白在眼液中的含量降低与低认知评分显著相关。在波士顿医学中心的研究人员的带领下,该研究首次将眼睛中这些已知的AD标记蛋白与精神状态联系起来。研究结果表明,眼睛中的蛋白质可能是未来预测阿尔茨海默病的一种低成本高效手段。在症状出现之前诊断和开始AD治疗是控制疾病的关键,因为在出现症状时...

2019-04-01 11:21:43 257

Masterminds of programming

  Description    Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed.   Full Description   Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with:   * Adin D. Falkoff: APL   * Thomas E. Kurtz: BASIC   * Charles H. Moore: FORTH   * Robin Milner: ML   * Donald D. Chamberlin: SQL   * Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK   * Charles Geschke and John Warnock: PostScript   * Bjarne Stroustrup: C++   * Bertrand Meyer: Eiffel   * Brad Cox and Tom Love: Objective-C   * Larry Wall: Perl   * Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell   * Guido van Rossum: Python   * Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua   * James Gosling: Java   * Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML   * Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C#   If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.  

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者:Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期:2009年4月 出版社:O'Reilly 页数:433 ISBN:978-7-80205-738-8 文件格式:PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中 的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题,例如并发或数据备份,然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具,并用来解决一系列范围很广的问题。 本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码,还可以用来运行书中的实例,包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。 通过这本书,你将发现Python是怎样帮助你: * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互 通过本书及其辅助虚拟机,你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件,以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手,不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理 由给出支持材料,并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同,本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris,Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师,同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)

gvim常用插件及其配置文件 支持c,perl,python,latex。 需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作!

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python,简明教程!

2009-09-26

空空如也

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