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悟道西方

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原创 增强火山图,试一下?

Kevin Blighe 协和医学院 苑晓梅​ 2019-06-03前言最近道听...

2019-06-22 17:12:03 2643

原创 单基因GSEA,还是基于单基因表达谱分组后的GSEA?

今天在讨论群看到有群友提问 单基因GSEA怎么做?。之前也看到过这个概念,但一直不清楚这个单是什么含义,一直以为是用单个基因做GSEA。如果之前看过生信宝典的一文掌握GSEA,超详细教程,一定会特别熟悉GSEA的原理和操作流程。当然越是理解,越是想不明白单个基因怎么做GSEA。当然如果您不熟悉GSEA,建议先看上一篇文章。后来群友点拨理解了,不是对单个基因做GSEA,是拿单个基因 (一般是感兴趣...

2019-06-20 19:04:58 4065

原创 生物数据库建设,等你来~

高通量测序技术的发展使得数据的获取越来越容易,数据也累计越来越多;生物信息的发展为解析数据提出假说提供了很好的技术手段;数据有了,分析结果有了,文章发表了,皆大欢喜。然后呢?为我们出力的数据怎么处理?鸟尽弓藏,兔死狗烹?让他们蜷缩在Excel里? 让他们沉睡在服务器上?还是提供个在线平台让数据好好组织起来,更方便实验室以后的查询、分析和使用?或者也可以成为自己研究的小领域的标准库?...

2019-06-19 14:45:20 2194 1

原创 获取pheatmap热图聚类后和标准化后的结果

pheatmap是简单常用的热图绘制包,可以快速、简单、可定制的绘制漂亮热图。具体见R语言学习-热图简化和免费高颜值可定制在线绘图工具 ImageGP。现在要解决的一个问题是图出来了,想看下转换后用于绘图的表格,也就是获取聚类后的矩阵和聚类标准化后的矩阵。生成测试数据mat <- matrix(rnorm(30), nrow=5)colnames(mat) <- paste(...

2019-06-17 16:01:37 6959

原创 癌中之王:基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell

文章解读:Tiger文章校对:生信宝典Summary:Single-cell technologies have described heterogeneity across tissues, but the spatial distribution and forces that drive single-cell phenotypes have not been well define...

2019-06-13 09:21:45 1541

原创 骨髓基质在正常和白血病个体中的细胞图谱|Cell最新(文末有彩蛋)

文章解读:Tiger文章校对:生信宝典研究背景基质细胞是几乎每个器官中都存在的定义不明确的非实质成分,在器官发育,体内平衡和修复中起关键作用。对骨髓基质的研究已经确定了干细胞生态位中的基质细胞的细胞亚型,其调节造血再生并且能够引发白血病。在这里,我们使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)来定义小鼠骨髓基质的细胞分类和由恶性肿瘤引起的基质变化。我们鉴定了17个表达不同造血调节基因的基质亚...

2019-06-10 10:40:33 1617

Masterminds of programming

  Description    Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed.   Full Description   Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with:   * Adin D. Falkoff: APL   * Thomas E. Kurtz: BASIC   * Charles H. Moore: FORTH   * Robin Milner: ML   * Donald D. Chamberlin: SQL   * Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK   * Charles Geschke and John Warnock: PostScript   * Bjarne Stroustrup: C++   * Bertrand Meyer: Eiffel   * Brad Cox and Tom Love: Objective-C   * Larry Wall: Perl   * Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell   * Guido van Rossum: Python   * Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua   * James Gosling: Java   * Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML   * Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C#   If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.  

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者:Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期:2009年4月 出版社:O'Reilly 页数:433 ISBN:978-7-80205-738-8 文件格式:PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中 的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题,例如并发或数据备份,然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具,并用来解决一系列范围很广的问题。 本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码,还可以用来运行书中的实例,包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。 通过这本书,你将发现Python是怎样帮助你: * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互 通过本书及其辅助虚拟机,你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件,以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手,不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理 由给出支持材料,并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同,本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris,Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师,同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)

gvim常用插件及其配置文件 支持c,perl,python,latex。 需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作!

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python,简明教程!

2009-09-26

空空如也

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