自定义博客皮肤VIP专享

*博客头图:

格式为PNG、JPG,宽度*高度大于1920*100像素,不超过2MB,主视觉建议放在右侧,请参照线上博客头图

请上传大于1920*100像素的图片!

博客底图:

图片格式为PNG、JPG,不超过1MB,可上下左右平铺至整个背景

栏目图:

图片格式为PNG、JPG,图片宽度*高度为300*38像素,不超过0.5MB

主标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

Hover:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

副标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

自定义博客皮肤

-+

悟道西方

踏实工作,认真修养;与人为善,合作共赢;玉汝于成,追求卓越。

  • 博客(5)
  • 资源 (8)
  • 收藏
  • 关注

原创 Gut | 汤富酬研究组与付卫研究组合作揭示家族性腺瘤性息肉病的发病机制 ​

结直肠癌在全球范围内是发病率第三、致死人数第四的恶性肿瘤(Beattie et al., 2005 ; Carey, 2017; Church, 2016)。结直肠腺瘤是结直肠癌的癌前病变,根据组织学形态可以分为低级别腺瘤和高级别腺瘤,从低级别腺瘤到腺癌的序列发生需要10年以上时间。因此,深入解析低级别腺瘤向腺癌转化的分子机制对于结直肠癌的预防、早筛和治疗都有重要意义。家族性腺瘤性息肉病(Fam...

2019-11-29 22:10:33 415

原创 SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型

在2019/08/07的Nature刊中,中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ,我在这篇文章中发现了一个被汤神组 (就是Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台中开辟了单细胞转录组领域的人)反...

2019-11-29 21:59:50 18461 4

原创 Manuscript match— 找到最适合你文章的那个ta(之期刊杂志)

写文章是个头疼的事情,写好了文章不知道投哪也是个头疼的事情。最不费脑袋的方法是从Cell开始投,然后Nature, Science, Nature Biotechnology, …, Nature communication, Science advance, Cell report, …, Bioinformatics, B...

2019-11-29 21:47:57 908

原创 R包ggseqlogo |绘制序列分析图

简介在生物信息分析中,经常会做序列分析图(sequence logo),这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性,据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征,如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。实现以上可视化过程的工具有很多,本文介绍一个使用起来非常简单,不拖泥带水的R包ggseq...

2019-11-29 21:46:16 2857

原创 这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本,涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

可重复性研究一直是学术发表希望实现的方式,更有助于判断研究结果的准确性和帮助后人以此为基础进行深入研究。计算分析类型的研究,是能够比较容易实现可重复性的 - 只要分享代码和数据就可以 (当然配置运行环境也需要一定的功底),如使用R markdown或Bookdown 或者 Jupyter notebook等,像宏基因组主编刘永鑫老师的植物根系菌群分析的NBT文章那样,把代码存放...

2019-11-29 21:31:10 1121 1

Masterminds of programming

  Description    Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed.   Full Description   Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with:   * Adin D. Falkoff: APL   * Thomas E. Kurtz: BASIC   * Charles H. Moore: FORTH   * Robin Milner: ML   * Donald D. Chamberlin: SQL   * Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK   * Charles Geschke and John Warnock: PostScript   * Bjarne Stroustrup: C++   * Bertrand Meyer: Eiffel   * Brad Cox and Tom Love: Objective-C   * Larry Wall: Perl   * Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell   * Guido van Rossum: Python   * Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua   * James Gosling: Java   * Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML   * Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C#   If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.  

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者:Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期:2009年4月 出版社:O'Reilly 页数:433 ISBN:978-7-80205-738-8 文件格式:PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中 的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题,例如并发或数据备份,然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具,并用来解决一系列范围很广的问题。 本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码,还可以用来运行书中的实例,包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。 通过这本书,你将发现Python是怎样帮助你: * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互 通过本书及其辅助虚拟机,你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件,以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手,不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理 由给出支持材料,并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同,本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris,Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师,同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)

gvim常用插件及其配置文件 支持c,perl,python,latex。 需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作!

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python,简明教程!

2009-09-26

空空如也

TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹

TA关注的人

提示
确定要删除当前文章?
取消 删除