Linux下使用Freesurfer的两种方法

1. 直接在终端使用

重点：Freesurfer安装完成后，需要在相同的用户名下运行，并且所有文件数据也要放在此用户下
放在其他地方可能会因为没有权限而运行失败

官网流程说明：（原文网址）

准备工作

1. 打开终端，进入安装了freesurfer的账户中 su username
2. 进入数据目录下 cd /home/username/sub07

开始运行

在终端中输入以下代码

1. freesurfer安装的位置

export FREESURFER_HOME=/home/zhuqianyun/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

2. freesurfer保存subject的位置

export SUBJECTS_DIR=/home/zhuqianyun/sub07

3. freesurfer运行的代码是：recon-all -i my_NIFTI -s my_subject -sd path -all
   加粗斜体分别表示
   my_NIFTI 需要执行的nii文件，或是别的格式（DICOM）
   my_subject保存的文件夹名
   path保存的路径名
   现在开始在终端输入

recon-all -i /home/zhuqianyun/MNE_subjects/sub07/s0001185756-0005-00001-000384-01.nii -s freesurfer -sd /home/zhuqianyun/MNE_subjects/sub07 -all

如果遇到没权限的时候可以使用命令 sudo chmod 777 ~/dir -R
没有报错的话就是开始运行了，过程可能需要几个小时

2. 通过调用python文件使用

第二种方法是写成py文件，就不用每次都在终端输入大串代码了，会更加方便
注意：不要在代码中写中文注释，可能会出错

import os

path = r'/home/zhuqianyun/sub07/'

fshome = 'export FREESURFER_HOME=/home/zhuqianyun/freesurfer'
source = 'source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh'
save = 'export SUBJECTS_DIR=/home/zhuqianyun/sub07'

my_NIFTI = path + 's0001185756-0005-00001-000384-01.nii'
my_subject = 'freesurfer'

cmd = fshome + source + save \
    + 'recon-all -i' + my_NIFTI + '-s' + my_subject + '-sd' + path + '-all'

os.system(cmd) 

最后在安装了freesurfer用户名下的终端运行 python freesurfer_mri.py