Cistrome数据库

最新推荐文章于 2024-03-18 09:50:21 发布
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文章标签： 生物信息学
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Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据，采用统一的分析方法，用bwa比对参考基因组，然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合，做成了在线数据库。

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Cistrome DB

qq_27390023
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GWAS ATLAS:最全面的GWAS数据库
庐州月光的博客
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KEGG数据库，除了pathway你还知道哪些
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欢迎关注”生信修炼手册”!KEGG称之为京都基因组百科全书，作为一个综合型的数据库，和NCBI类似，它也是有各个子数据库构成的，本文作为一个合集，整理了之前推送的KEGG数据库相关的文章...
转录因子/组蛋白修饰靶基因数据库:Cistrome DB使用教程
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Igenebook的博客
03-18 3025
查看哪些转录因子的结果与输入peak的结果有明显的重叠,可以用于转录因子的colocation分析。Cistrome DB是来自人类和小鼠的ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq数据的资源，提供了转录因子、辅因子、染色质重塑因子、组蛋白翻译后修饰和可用于核酸内切酶活性的染色质区域的全基因组位置图。为了识别TF直接调控的基因，该网站还开发了一个名为Cistrome GO的网络服务器，该服务器允许用户输入ChIP-seq峰值，并通过加权基因周围峰值的贡献来输出基因得分，以指示TF的调控潜力。
cistrome-explorer:由HiGlass提供支持的交互式可视化分析工具，用于探索具有相关元数据的表观基因组学数据
05-01
Cistrome资源管理器 由和支持的交互式可视化分析工具，用于探索带有相关元数据的表观基因组学数据 发展 使用yarn（ ）安装依赖项： yarn 运行演示应用程序的开发服务器： yarn start 运行测试： yarn test # or yarn test --watch 生产 构建用于生产的演示应用程序： yarn build NPM软件包构建： yarn build-pkg 文件 yarn docs 数据处理资源 用于简短分析或文件转换的笔记本： 将CistromeDB bigWig文件组合到HiGlass multivec（基于HDF5）文件的： -to- 演讲和其他资源 视频和幻灯片 BioVis @ ISMB 2020的海报 相关资料库 海格拉斯 HiGlass服务器和我们的fork Cistrome Explorer HiGlass服务器要将
Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库，通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq,...
数据库
weixin_30468137的博客
12-06 294
TCGA数据库 CBIOPORTAL:http://www.cbioportal.org/ GEPIA OncoLnc kmplot:The Kaplan Meier plotter is capable to assess the effect of54,675 geneson survival using10,461 cancer samples. These include5...
生信宝典之傻瓜式(六)查找转录因子的靶基因
悟道西方
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请关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/cistrome/ 傻瓜系列教程断断续续出了5篇了，依次为： 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索 生...
关于各种转录因子的数据库
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1 、 TRANSFAC （ http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac） 德国生物工程研究所开发的 TRANSFAC 数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与 DNA 结合的 profiles 的数据库。由 SITE 、 GENE 、FACTOR 、 CLASS 、 MATRIX 、 CELLS 、 MET
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欢迎关注”生信修炼手册”!癌症作为人类健康的头号杀手，其研究的意义不言而喻。目前世界范围内已经有大量的肿瘤相关数据，鉴于公共数据库的数据挖掘成为一种趋势。GEO是一个国际化的开源项目，允...
免疫微环境、免疫细胞浸润分析、免疫功能分析
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肿瘤免疫微环境（Tumor immune microenvironment）是指肿瘤细胞存在的周围微环境，包括周围的血管、免疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性炎性细胞、各种信号分子和细胞外基质。肿瘤和周围环境密切相关，不断进行交互作用，肿瘤可以通过释放细胞信号分子影响其微环境，促进肿瘤的血管生成和诱导免疫耐受，而微环境中的免疫细胞可影响癌细胞增长和发育。 对于免疫微环境有一个流行的学说——“种子与土壤”学说，肿瘤的发生发展是肿瘤细胞与其微环境相互影响、共同进化的结果。肿瘤微环境由不同种类的间质细胞和炎性介质以及细
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欢迎关注”生信修炼手册”!TIMER是一款肿瘤浸润免疫细胞组分分析软件，输入肿瘤样本的基因表达谱数据，预测每个肿瘤样本中浸润的免疫细胞组成，支持以下6种免疫细胞的分析B cellCD8+...
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需要长期更新！ 参考：生信修炼手册 enhancer的基本概念： 长度几十到几千bp，作用是提高靶基因活性，属于顺式作用原件，DNA作用到DNA，转录因子就是反式，是结合到DNA的蛋白。 1981年，Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达水平。 特性：远距离效应，无方向性。 如何鉴定enhancer区域： 对多个转录因子的pe...
如何预测转录因子的结合位点教程
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转录因子预测的网站有比较多，本着实用至上的原则，今天以人的“转录因子SPI1”和“FAU的启动子“为例给大家简要介绍如何利用"JASPAR"网站预测转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）： 点击如下链接，打开JASPAR数据库 https://jaspar.genereg.net/ 在检索框内输入需要预测的转录因子名称“SPI1”；并点击“Advanced Options”，进行数据库、物种等参数设置，（由于参数的设置并非必
生物信息学常用数据库
wish_to_top的博客
07-08 1万+
写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
ChIP专题 | 如何进行ChIP-qPCR富集验证
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分享如何做ChIP-qPCR富集验证。
生信宝典之傻瓜式(五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
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欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/01/literature-search/ 傻瓜系列重启了，如何快速查找指定基因的调控网络介绍了使用在线查询数据库 (http://evexdb.org/)对PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据进行文本挖掘探寻基因直接可能的相互作用的工具。反响很好，但现在网站似乎出了点问题，获得的相互作
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悟道西方
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生信宝典公众号是中科院遗传所2015年生物信息博士毕业生陈同创建，致力于传播生信知识，帮助生信入门和生信分析，近来也在做生信培训广受好评。 生信的作用越来越大，想学的人越来越多，不管是为了以后发展，还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情，也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作，却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作，但不懂得背后的...
HLA数据分析专题
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欢迎关注”生信修炼手册”!HLA 全称human leukocyte antigen, 表示人类白细胞抗原，是编码主要组织相容性复合体(MHC)的基因，位于6p21.31的区域，包含了一...
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微信公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/C4EBufEtFF6bhBKrH8NXng生信宝典自开通以来，就致力于写最简单的文字教程，最直观整洁的排版方式，力求提供舒适的阅读体验，力求保证认真看完就可以操作。系列教程，最好从头开始看。从朋友们的关注量、阅读量来看，在一定程度上我们的努力是有效果的。我们秉承在友军公众号可以看到的知识点，如果我们觉得没有需要补充完善的或者写不出新
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