mmCIF 文件中的pdb_strand_id、asym_id 和 entity_id

在 mmCIF 文件中，pdb_strand_id、asym_id 和 entity_id 是三个关键的标识符，用于描述生物大分子结构中的不同层次和单位。它们各自的作用和区别如下：

1. pdb_strand_id

• 定义: pdb_strand_id 是 PDB 文件格式中的“链 ID”，通常用来区分不同的多肽链或核酸链。
• 作用: 在 PDB 文件中，生物大分子（如蛋白质或 DNA）由多条链组成，每条链用单个字符（通常是字母，如 A, B, C）标识。这些链可以是同一实体的不同副本，也可能是不同的实体。
• 特点: pdb_strand_id 是基于 PDB 文件定义的链标识符，通常是一个字母或数字。
• 场景: 例如，如果一个蛋白质包含两个相同的多肽链，它们在 PDB 中可能被标记为链 A 和链 B，尽管它们的序列和结构完全相同。

2. asym_id

• 定义: asym_id（非对称单位 ID）标识生物大分子的非对称单元（asymmetric unit），用于在结构文件中唯一标识某个多肽或核酸链。
• 作用: 它是 mmCIF 文件中用于标识结构中非对称单位（即物理上独立存在的结构单位，可能是不同的链或不同的副本&#x