py-mmcif 包entity_poly 对象介绍

在 py-mmcif 包中，entity_poly 对象和 pdbx_poly_seq_scheme 对象都与生物大分子（如蛋白质和核酸）的序列和结构信息相关，但它们的目的和包含的信息有所不同。以下是它们之间的区别和联系：

1. 对象定义与结构

• entity_poly 对象：

  • 用于描述生物大分子的聚合体（如多肽或核酸）。
  • 包含的信息包括：
    • entity_id: 每个聚合体的唯一标识符。
    • type: 表示聚合体的类型，如“polypeptide(L)”或“oligonucleotide”。
    • pdbx_strand_id: 在 PDB 中的链标识符。
    • pdbx_seq_one_letter_code_can: 标准氨基酸或核苷酸的单字母代码序列。
    • num_poly_seq: 聚合体中残基的数量。

• pdbx_poly_seq_scheme 对象：

  • 用于描述聚合体中每个氨基酸或核苷酸的具体序列信息。
  • 包含的信息包括：
    • entity_id: 关联的聚合体 ID（可以与 entity_poly 中的 entity_id 对应）。
    • seq_id: 在该聚合体的