pdb_strand_id、asym_id 和 entity_id的相互映射

在 mmCIF 文件中，pdb_strand_id、asym_id 和 entity_id 是三个关键的标识符，用于描述生物大分子结构中的不同层次和单位。本示例代码将读取一个 .cif.gz 压缩格式的 mmCIF 文件，并提取其中的 entity_poly 和 pdbx_poly_seq_scheme 对象的信息，并构建了链 ID 到非对称单位 ID、实体 ID 到标准氨基酸序列的映射字典。

• • pdb_strand_id 更接近于 PDB 文件格式的传统链标识符，常用于表示 PDB 文件中的链 ID（如链 A、链 B 等）。
  • asym_id 是 mmCIF 文件中的标识符，通常用于表示非对称单元中的具体链，具有更严格的定义，尤其是在涉及对称关系或多个副本时。
  • 在很多情况下，pdb_strand_id 和 asym_id 是相同的，尤其是在结构简单且没有对称关系的情况下，但对于更加复杂的结构或包含对称操作的结构，它们可能不同。
  • entity_id 表示的是整个结构中的一个生物分子实体，和链的编号（pdb_strand_id 和 asym_id）不同。entity_id 用来标识分子层面的唯一实体，而不是具体的物理副本。​​​​​​​

代码：

from mmcif.io.PdbxReader import Pdb