py-mmcif 包atom_site 对象介绍

在 py-mmcif 包中，atom_site 对象用于存储蛋白质或小分子结构中每个原子的坐标及其他相关信息。它包含了每个原子的位置、类型、残基编号等详细信息，通常对应于 PDB 文件的 ATOM 记录。

常见的 atom_site 属性

以下是 atom_site 对象中一些常见的属性：

• group_PDB：该字段通常是 ATOM 或 HETATM，表示这是标准的原子记录还是异构分子原子记录。
• label_atom_id：原子的名称，例如 CA 表示主链的 alpha 碳。
• label_comp_id：残基的名称，例如 ALA 表示丙氨酸。
• label_asym_id：链的标识符（asym_id），例如 A 表示链 A。
• label_seq_id：序列编号，表示该残基在蛋白质中的位置。
• Cartn_x, Cartn_y, Cartn_z：原子的三维坐标。
• occupancy：该原子的占有率，通常为 1.0。
• B_iso_or_equiv：原子的温度因子（B 因子），表示原子的移动性。
• auth_atom_id, auth_comp_id, auth_asym