py-mmcif包pdbx_struct_assembly_gen介绍

pdbx_struct_assembly_gen 对象在 mmCIF 文件中包含了关于**装配体生成(assembly generation)**的具体信息。它描述了如何通过特定的操作矩阵(操作符)将一个或多个链(chain)生成或组装成生物装配体。这在描述多亚基的蛋白质复合体时非常重要。

主要字段

  • assembly_id: 与 pdbx_struct_assembly 中的 id 字段对应,表示该生成操作属于哪个装配体。
  • oper_expression: 操作表达式,描述需要应用的操作符(transformation matrix)集合。这些操作符用于对分子链进行旋转、平移等变换以生成装配体。
  • asym_id_list: 与此操作相关联的链(asym_id),通常表示需要对哪些链应用操作符。多个链可能通过逗号分隔。
  • symmetry_operator: 对称性操作符(symmetry operator),指定如何对分子链进行对称性变换。

字段详细说明

1. assembly_id: 表示哪个装配体在使用此生成操作,例如 '1'
2. oper_expression: 描述如何生成装配体的操作表达式,例如 
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