py-mmcif包pdbx_struct_oper_list对象介绍

pdbx_struct_oper_list 对象

pdbx_struct_oper_list 对象是用于描述蛋白质结构的几何变换操作符的列表。在 mmCIF 文件中，它定义了在组装生物学装配体（biological assembly）时对每个亚基或链执行的几何变换。该列表包含了每个操作符的详细信息，包括操作的旋转矩阵和平移向量。这些操作符用于将晶体中的单个蛋白质链通过几何变换（例如旋转和平移）组装成完整的生物装配体。

主要字段

• id: 每个操作符的唯一标识符，通常是整数编号，例如 1，2，3 等。这个字段用于在 mmCIF 文件中的其他部分（例如 oper_expression）引用该操作符。

• type: 操作类型，通常描述几何变换的类型，常见值包括 homogeneous rotation 或 translation 等。

• name: 该操作符的名称，用于进一步描述该操作符的几何变换的具体细节。

• matrix[1][1] 到 matrix[3][3]: 这是 3x3 的旋转矩阵，描述了该操作符执行的旋转操作。矩阵中的每个值表示对应坐标轴上的旋转参数。

• vector[1] 到 vec