HPC应用&生命科学领域软件AutoDock-GPU详细安装使用教程

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应用简介

编译安装

测试算例及提交脚本

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应用简介

AutoDock-GPU是基于OpenCL的GPU加速版本分子对接软件autodock-4.2.6。可以支持DCU已经其他支持OpenCL的设备，如CPU和Nvidia GPU等。

github源码: https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU

编译安装

AutoDock-GPU基于OpenCL语言编写，在DCU上安装运行需要rocm运行时环境及其包含的OpenCL运行时环境和编译器。文档假设rocm运行时环境放置在目录${ROCM_HOME}

AutoDock-GPU源代码可以从github仓库下载：

git clone -b master https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU

下载完成后，进入AutoDock顶层目录，按照如下步骤进行安装：

cd ./AutoDock-GPU
export GPU_INCLUDE_PATH=${ROCM_HOME}/opencl/include/
export GPU_LIBRARY_PATH=${ROCM_HOME}/opencl/lib/
make DEVICE=GPU

编译完成后，在./bin/目录下生成AutoDock-GPU可执行程序autodock_gpu_64wi，程序为静态编译，可以按照需求将此程序拷贝到其他安装目录。

./bin/autodock_gpu_64wi

测试算例及提交脚本

AutoDock-GPU仓库input目录下带有几个较小的测试算例，以1stp算例为例，程序运行提交slurm脚本autodock.sbatch如下：

#!/bin/bash
#SBATCH -J autodock_test
#SBATCH -p normal
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH --gres=dcu:1
#SBATCH -o %j.out
#SBATCH -e %j.err

date
./bin/autodock_gpu_64wi -ffile ./input/1stp/derived/1stp_protein.maps.fld -lfile ./input/1stp/derived/1stp_ligand.pdbqt
date

提交测试算例：

sbatch autodock.sbatch

成功运行测试算例输入如下：

Wed Feb 19 14:34:08 CST 2020

AutoDock-GPU version: sd-tsri-153-g9e18c63a709abb3bc79a0fa026ee33bf02d85e9b-dirty

Kernel source used for development:      ./device/calcenergy.cl                  
Kernel string used for building:         ./host/inc/stringify.h                  
Kernel compilation flags:                 -I ./device -I ./common -DN64WI        
Local-search chosen method is: Solis-Wets (sw)

Executing docking runs:
        20%        40%       60%       80%       100%
---------+---------+---------+---------+---------+
**************************************************

Program run time 9.032 sec 

Wed Feb 19 14:34:17 CST 2020

其他测试算例可根据需要修改提交脚本运行测试。