Freesurfer_T1_组分析-01（完美版）

        组分析就是对两组数据的对比分析（对比体积和皮质表面总体水平的差异），本文采用的是TI模态的NC（健康HC）、MCI、AD、SCD几组数据，每两种数据的组分析都是一样的，下面以NC vs MCI为例：

1. T1数据预处理

所有subjects的T1数据需要用recon-all命令处理：

recon-all -s sub-101 -i sub-101_ses-BL_T1w.nii.gz -all -qcache

注意：这里建议加上-qcache命令，它将平滑不同级别的数据并将它们存储在subjects的输出目录中，这对于组分析很有用。

加上-qcache会得到下面这些，在生成的文件夹subjects/surf 下： 

加上并行处理就是这样：

ls *.nii | parallel --jobs 8 recon-all -s {.} -i {} -all -qcache

如果你已经做了recon-all但是忘记添加了-qcache，可以使用下面这个命令再处理一遍（一个数据大概只需要十分钟）：

recon-all -s <subjectName> -qcache 

2. FSGD文件

我们的目标：FSGD文件是freesurfer的一种文件格式，他长这样：

把他放到一个名称为FSGD的文件夹中，像这样（当然啦，所有的命名都可以按照你的心情命名，但是要注意后面脚本代码内容要跟随改变）：

如何得到这个FSGD文件 ：

首先我们的数据长这样，他可能是xlsx格式或者csv或者tsv都不重要：

把他保存成txt格式：

然后再转换成fsgd格式：

tr '\r' '\n' < CannabisStudy.txt > CannabisStudy.fsgd

上述这种从xlsx/csv/tsv格式——> txt格式 ——> fsgd格式的过程可能其实并不需要这么麻烦，大家可以尝试其他方法。

3. contrasts文件

同样，创建两个对比矩阵文件放到Contrasts文件夹中，像这样： 

每个文件内容如下图所示：

命令行创建：

mkdir Contrasts  #创建文件夹并命名为Contrasts

echo "1 -1" > NC-MCI.mtx  #创建对比矩阵文件NC-MCI.mtx，并在文件里写入1 -1

echo "-1 1" > MCI-NC.mtx

 你没看错，就是这样，只有一个1和-1，所代表的含义是为模型中每个回归量设定对比权重； 

 4. fsaverage文件夹

fsaverage是freesurfer的标准空间，用来把每个subjects配准到标准模板上再进行对比分析，这个文件夹在安装包中有，路径：$FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage。

命令行复制过来：

cp -R $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage .

5. 脚本代码

需要以下两个脚本：

 先运行runMrisPreproc.sh文件：

命令：tcsh runMrisPreproc.sh CannabisStudy

注意：上面的CannabisStudy是你fsgd文件的名称；

#!/bin/tcsh

setenv study $argv[1]

foreach hemi (lh rh)
        foreach smoothing (10)
                foreach meas (volume thickness)
                        mris_preproc --fsgd FSGD/{$study}.fsgd \
                                --target fsaverage \
                                --cache-in {$meas}.fwhm{$smoothing}.fsaverage \
                                --hemi {$hemi} \
                                --out {$hemi}.{$meas}.{$study}.{$smoothing}.mgh
                end
        end
end

再运行runGLMs.sh文件：

命令：tcsh runGLMs.sh CannabisStudy

#!/bin/tcsh

set study = $argv[1]

foreach hemi (lh rh)
   foreach smoothness (10)
      foreach meas (volume thickness)
         mri_glmfit \
         --y {$hemi}.{$meas}.{$study}.{$smoothness}.mgh \
         --fsgd FSGD/{$study}.fsgd \
         --C Contrasts/NC-MCI.mtx \
         --C Contrasts/MCI-NC.mtx \
         --surf fsaverage {$hemi} \
         --cortex \
         --glmdir {$hemi}.{$meas}.{$study}.{$smoothness}.glmdir
      end
   end
end

运行结束你会得到：

 OK！

参考：FreeSurfer Short Course — Andy's Brain Book 1.0 documentation

以及他的youtub视频：https://www.youtube.com/watch?v=hdSkEPG-G8s&list=PLIQIswOrUH6_DWy5mJlSfj6AWY0y9iUce&index=9