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wangyunpeng_bio
这个作者很懒，什么都没留下…
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R包安装的各种方法
经过整整两天的R包安装，终于体会到R包安装的复杂（特别是装一个老版本的R包）如果是单纯地想重现文献的结果，那么切记选用sessionInfo()里面的一模一样R语言版本，因为不同版本的package会有许多差别。1、安装好相同版本的R语言2、自动装包首先是用install.packages()安装CRAN上面的包，以及bioc()安装bioconductor上面的包注意，此时就原创 2017-07-27 16:27:01 · 4857 阅读 · 0 评论 -
R与bioconductor--Short Read(读取fastq) Rsamtools
使用Bioconductor分析基因组科学数据 来自于 约翰霍普金斯大学原创 2017-08-11 11:39:05 · 8216 阅读 · 0 评论 -
R与bioconductor--ExpressionSet SummarizedExperiment GEOquery biomaRt S4-Classes S4-Methods
使用Bioconductor分析基因组科学数据 来自于 约翰霍普金斯大学原创 2017-08-09 18:42:41 · 2640 阅读 · 0 评论 -
R与bioconductor--IRanges GRanges AnnotationHub Biostrings BSgenome GenomicRanges GenomicFeatures rtra
使用Bioconductor分析基因组科学数据来自于 约翰霍普金斯大学原创 2017-08-07 12:03:42 · 4009 阅读 · 0 评论 -
用R语言生成随机数模拟斗地主
程序介绍（Part A）斗地主中有时候会发现自己某一张牌没有，比如J一张都没抓到，下面使用R语言生成随机数，模拟计算如果自己J一张都没抓到的情况下，其他两人抓到J炸的概率为0.104iterSum = 1000000 #总实验次数countlostOneCard = rep(0,14)countBomb = rep(0,14)puke<- c(rep(1:13,4),"A","...原创 2018-02-27 12:13:13 · 1310 阅读 · 0 评论 -
RRBS甲基化分析流程
RRBS甲基化流程分析流程和普通的测序分析一致，首先fastqc质量检测，接着对序列进行修剪，修剪后再质量检测；如果质量检测通过，则进行序列回帖，然后去除重复，计算甲基化程度，以及一些后续分析，本次后续分析使用R包methlykit以及edmr，还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。 流程命令比对流程首先进行fastqc质量鉴定，如果需要的话，再去除接头，PS：...原创 2018-06-02 20:33:44 · 23657 阅读 · 47 评论