Minic III介绍

最新推荐文章于 2024-01-05 14:52:25 发布

小瓶盖的猪猪侠

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文章标签：数据库 sql java

原文链接：https://www.cnblogs.com/linzhenyu/p/13206761.html

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1|0MIMIC-III

免费公开的重症监护医学信息数据库。包含2001年至2012年之间进入重症监护病房的成年患者的53423例不同的医院入院数据和2001年至2008年之间收治的7870名新生儿数据。

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数据处理和训练模板Pytorch

2|0字典信息数据

字典信息数据，共包含5个数据表。抽取患者的数据比如说生命体征,心率等,实验室指标(如白细胞红细胞等)等, 需要在相应的字典中找到相应的item,即项目标识符,再对应查找某一个患者对应指标下的数据

2|1d_cpt

操作记录代码索引

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	行号
CATEGORY	SMALLINT	CPT code 类别号
SECTIONRANGE	VARCHAR(100)	给定的代码范围
SECTIONHEADER	VARCHAR(50)	给定的代码说明
SUBSECTIONRANGE	VARCHAR(100)	更多有用的信息
SUBSECTIONHEADER	VARCHAR(300)	更多有用的信息
CODESUFFIX	VARCHAR(5)	-
MINCODEINSUBSECTION	INT	SUBSECTIONRANGE 的最小值
MAXCODEINSUBSECTION	INT	SUBSECTIONRANGE 的最大值

2|2d_icd_diagnoses

诊断代码索引

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
ICD9_CODE	VARCHAR(10)	ICD-9 编码
SHORT_TITLE	VARCHAR(50)	缩写
LONG_TITLE	VARCHAR(300)	全称

2|3d_icd_procedures

手术操作代码索引

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
ICD9_CODE	VARCHAR(10)	ICD-9 编码
SHORT_TITLE	VARCHAR(50)	缩写
LONG_TITLE	VARCHAR(300)	全称

2|4d_items

记录项目代码索引

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
ITEMID	INT	项目标识符
LABEL	VARCHAR(200)	项目标签
ABBREVIATION	VARCHAR(100)	标签缩写
DBSOURCE	VARCHAR(20)	数据来源
LINKSTO	VARCHAR(50)	对应的数据表
CATEGORY	VARCHAR(100)	项目种类
UNITNAME	VARCHAR(100)	项目测量单位
PARAM_TYPE	VARCHAR(30)	记录数据的类型 a date, a number, a text field
CONCEPTID	INT	-

2|5d_labitems

化验项目代码索引

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
ITEMID	INT	-
LABEL	VARCHAR(100)	项目标签
FLUID	VARCHAR(100)	测量的物质 ‘blood’ ‘urine’
CATEGORY	VARCHAR(100)	测量的种类
LOINC_CODE	VARCHAR(100)	-

3|0患者基本信息和院内采集信息数据

患者基本信息和院内采集信息数据，共包含21个数据表

3|1admissions

患者入院情况

Name Postgres data type	说明
ROW_ID INT	行号
SUBJECT_ID INT	患者编号
HADM_ID INT	病案号
ADMITTIME TIMESTAMP(0)	入院时间
DISCHTIME TIMESTAMP(0)	出院时间
DEATHTIME TIMESTAMP(0)	死亡时间
ADMISSION_TYPE VARCHAR(50)	入院类型
ADMISSION_LOCATION VARCHAR(50)	入院地点
DISCHARGE_LOCATION VARCHAR(50)	出院地点
INSURANCE VARCHAR(255)	保险类型
LANGUAGE VARCHAR(10)	语种
RELIGION VARCHAR(50)	宗教信仰
MARITAL_STATUS VARCHAR(50)	婚姻状况
ETHNICITY VARCHAR(200)	种族
EDREGTIME TIMESTAMP(0)	急诊留观登记时间
EDOUTTIME TIMESTAMP(0)	急诊留观出观时间
DIAGNOSIS VARCHAR(300)	初步诊断
HOSPITAL_EXPIRE_FLAG TINYINT	院内死亡标记
HAS_CHARTEVENTS_DATA TINYINT	是否有chartevents记录

3|2callout

患者ICU出科的即时信息

Name Postgres data type	说明
ROW_ID INT	行号
SUBJECT_ID INT	患者编号
HADM_ID INT	病案号
SUBMIT_WARDID INT	提交申请的科室代码
SUBMIT_CAREUNIT VARCHAR(15)	提交申请的科室所属的ICU cost类型
CURR_WARDID INT	患者所属科室
CURR_CAREUNIT VARCHAR(15)	患者所属的ICU cost类型
CALLOUT_WARDID INT	申请转移的地方 0 代表 Home / 1 代表转移到可用的的病房
CALLOUT_SERVICE VARCHAR(10)	患者需接受的治疗服务
REQUEST_TELE SMALLINT	预防患者已经感染的疾病
REQUEST_RESP SMALLINT	预防患者已经感染的疾病
REQUEST_CDIFF SMALLINT	预防患者已经感染的疾病
REQUEST_MRSA SMALLINT	预防患者已经感染的疾病
REQUEST_VRE SMALLINT	预防患者已经感染的疾病
CALLOUT_STATUS VARCHAR(20)	申请的状态
CALLOUT_OUTCOME VARCHAR(20)	‘Discharged’ or ‘Cancelled’
DISCHARGE_WARDID INT	实际转移的地方 0 代表 Home / 1 代表转移到可用的的病房
ACKNOWLEDGE_STATUS VARCHAR(20)	申请的反馈结果状态 ‘Acknowledged’, ‘Revised’, ‘Unacknowledged’ or ‘Reactivated’
CREATETIME TIMESTAMP(0)	申请创建时间
UPDATETIME TIMESTAMP(0)	更新时间
ACKNOWLEDGETIME TIMESTAMP(0)	反馈时间
OUTCOMETIME TIMESTAMP(0)	callout完成时间
FIRSTRESERVATIONTIME TIMESTAMP(0)	首次病房保留时间
CURRENTRESERVATIONTIME TIMESTAMP(0)	当前病房保留时间

3|3caregivers

护理人员信息

Name Postgres data type	说明
ROW_ID INT	行号
CGID INT	护理人员标志符
LABEL VARCHAR(15)	护理人员的头衔 RN, MD, PharmD
DESCRIPTION VARCHAR(30)	护理人员的结构化数据信息 17 unique values

3|4chartevents

患者观察记录数据

Name	Postgres data type	In CareVue	In Metavision	说明
ROW_ID	INT	Y	Y	行号
SUBJECT_ID	NUMBER(7,0)	Y	Y	患者编号
HADM_ID	NUMBER(7,0)	Y	Y	病案号
ICUSTAY_ID	NUMBER(7,0)	Y	Y	ICU病案号
ITEMID	NUMBER(7,0)	Y	Y	项目标识符
CHARTTIME	DATE	Y	Y	记录时间
STORETIME	DATE	Y	Y	存储时间
CGID	NUMBER(7,0)	Y	Y	护理人员标识符
VALUE	VARCHAR2(200 BYTE)	Y	Y	项目测量的值
VALUENUM	NUMBER	Y	Y	项目测量的数字信息
VALUEUOM	VARCHAR2(20 BYTE)	Y	Y	项目测量的值对应的单位
WARNING	NUMBER(1,0)		Y	测量过程发生的警告 / Metavision specific columns
ERROR	NUMBER(1,0)		Y	测量过程发生的错误 / Metavision specific columns
RESULTSTATUS	VARCHAR2(20 BYTE)	Y		测量类型 ‘Manual’ or ‘Automatic’ / CareVue specific columns
STOPPED	VARCHAR2(20 BYTE)	Y		测量是否停止

3|5cptevents

患者操作记录，记录程序操作是对哪位患者收费，便于知道某种操作是否执行

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	行号
SUBJECT_ID	INT	患者编号
HADM_ID	INT	病案号
COSTCENTER	VARCHAR(10)	操作部门
CHARTDATE	TIMESTAMP(0)	操作时间
CPT_CD	VARCHAR(10)	操作的原始编码code
CPT_NUMBER	INT	CPT_CD 的数字信息
CPT_SUFFIX	VARCHAR(5)	CPT_CD 的文本后缀
TICKET_ID_SEQ	INT	CPT_CD 的顺序
SECTIONHEADER	VARCHAR(50)	CPT_CD 的种类
SUBSECTIONHEADER	VARCHAR(300)	CPT_CD 的种类
DESCRIPTION	VARCHAR(200)	CPT_CD 的详细信息

3|6datetimeevents

患者操作时间信息，包括患者在ICU中所有时间的测量。

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	行号
SUBJECT_ID	INT	患者编号
HADM_ID	INT	病案号
ICUSTAY_ID	INT	ICU病案号
ITEMID	INT	项目标识符
CHARTTIME	TIMESTAMP(0)	记录时间
STORETIME	TIMESTAMP(0)	存储时间
CGID	INT	护理人员标识符
VALUE	TIMESTAMP(0)	同上chartevents
VALUEUOM	VARCHAR(50)	同上chartevents
WARNING	SMALLINT	同上chartevents
ERROR	SMALLINT	同上chartevents
RESULTSTATUS	VARCHAR(50)	同上chartevents
STOPPED	VARCHAR(50)	同上chartevents

3|7diagnoses_icd

患者诊断ICD-9编码

Name	PostgreSQL data type	Modifiers	说明
ROW_ID	INT	not null	-
SUBJECT_ID	INT	not null	-
HADM_ID	INT	not null	-
SEQ_NUM	INT		ICD诊断顺序
ICD9_CODE	VARCHAR(10)		实际编码IDC-9

3|8drgcodes

患者诊断类别组，包含诊断所属的种类

Name	PostgreSQL data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
DRG_TYPE	VARCHAR(20)	诊断类别
DRG_CODE	VARCHAR(20)	诊断编码
DESCRIPTION	VARCHAR(300)	详细描述
DRG_SEVERITY	SMALLINT	严重程度
DRG_MORTALITY	SMALLINT	死亡率

3|9icustays

ICU入住信息

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
ICUSTAY_ID	INT	ICU病案号
DBSOURCE	VARCHAR(20)	来源数据库 ‘carevue’ ‘metavision’ 在某些地方处理上有所不同
FIRST_CAREUNIT	VARCHAR(20)	患者入住监护室24小时内的首个ICU监护室种类
LAST_CAREUNIT	VARCHAR(20)	患者入住监护室24小时内的最终ICU监护室种类
FIRST_WARDID	SMALLINT	监护室编号
LAST_WARDID	SMALLINT	监护室编号
INTIME	TIMESTAMP(0)	入科时间
OUTTIME	TIMESTAMP(0)	出科时间
LOS	DOUBLE	入住时长可能包括单个或多个ICU单位

3|10inputevents_cv

使用carevue监护系统记录的入量信息

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
ICUSTAY_ID	INT	-
CHARTTIME	TIMESTAMP(0)	记录时间
ITEMID	INT	项目标识符
AMOUNT	DOUBLE PRECISION	总入量
AMOUNTUOM	VARCHAR(30)	入量单位
RATE	DOUBLE PRECISION	给药速率
RATEUOM	VARCHAR(30)	速率单位
STORETIME	TIMESTAMP(0)	存储时间
CGID	BIGINT	护理人员编码
ORDERID	BIGINT	同一次输入的多个药物进行链接
LINKORDERID	BIGINT	同一次的单个药物不同改变进行链接
STOPPED	VARCHAR(30)	输入是否暂停
NEWBOTTLE	INT	新配制的溶液
ORIGINALAMOUNT	DOUBLE PRECISION	-
ORIGINALAMOUNTUOM	VARCHAR(30)	-
ORIGINALROUTE	VARCHAR(30)	-
ORIGINALRATE	DOUBLE PRECISION	-
ORIGINALRATEUOM	VARCHAR(30)	-
ORIGINALSITE	VARCHAR(30)	-

3|11inputevents_mv

使用metavision系统记录的入量信息

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
ICUSTAY_ID	INT	-
STARTTIME	TIMESTAMP(0)	入量开始时间
ENDTIME	TIMESTAMP(0)	入量结束时间
ITEMID	INT	项目标识符
AMOUNT	DOUBLE PRECISION	总入量
AMOUNTUOM	VARCHAR(30)	入量单位
RATE	DOUBLE PRECISION	给药速率
RATEUOM	VARCHAR(30)	速率单位
STORETIME	TIMESTAMP(0)	存储时间
CGID	BIGINT	护理人员编号
ORDERID	BIGINT	同上
LINKORDERID	BIGINT	同上
ORDERCATEGORYNAME	VARCHAR(100)	-
SECONDARYORDERCATEGORYNAME	VARCHAR(100)	-
ORDERCOMPONENTTYPEDESCRIPTION	VARCHAR(200)	-
ORDERCATEGORYDESCRIPTION	VARCHAR(50)	-
PATIENTWEIGHT	DOUBLE PRECISION	患者体重 (kg)
TOTALAMOUNT	DOUBLE PRECISION	溶液液体总量
TOTALAMOUNTUOM	VARCHAR(50)	溶液液体总量单位
ISOPENBAG	SMALLINT	-
CONTINUEINNEXTDEPT	SMALLINT	转移是否继续入量
CANCELREASON	SMALLINT	取消原因
STATUSDESCRIPTION	VARCHAR(30)	项目最终状态 changed paused finishedrunning stopped rewritten flushed
COMMENTS_STATUS	VARCHAR(30)	-
COMMENTS_TITLE	VARCHAR(100)	-
COMMENTS_DATE	TIMESTAMP(0)	-
ORIGINALAMOUNT	DOUBLE PRECISION	-
ORIGINALRATE	DOUBLE PRECISION	-

3|12labevents

患者化验项目

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
ITEMID	INT	项目标识符
CHARTTIME	TIMESTAMP(0)	测量时间
VALUE	VARCHAR(200)	测量项目
VALUENUM	DOUBLE PRECISION	测量数值数据
VALUEUOM	VARCHAR(20)	测量单位
FLAG	VARCHAR(20)	测量值是否异常

3|13microbiologyevents

患者标本微生物病原体检测结果，包括采集的培养物和相关敏感性

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
CHARTDATE	TIMESTAMP(0)	记录日期
CHARTTIME	TIMESTAMP(0)	记录时间
SPEC_ITEMID	INT	化验项目标识符
SPEC_TYPE_DESC	VARCHAR(100)	化验类型血液尿液痰
ORG_ITEMID	INT	生成的有机物标识符
ORG_NAME	VARCHAR(100)	有机物名称
ISOLATE_NUM	SMALLINT	分离菌落数目
AB_ITEMID	INT	抗生素敏感性测试标识符
AB_NAME	VARCHAR(30)	抗生素名称
DILUTION_TEXT	VARCHAR(10)	测试抗生素敏感性
DILUTION_COMPARISON	VARCHAR(20)	-
DILUTION_VALUE	DOUBLE PRECISION	测试抗生素敏感性时的稀释值
INTERPRETATION	VARCHAR(5)	解释抗生素的敏感性和试验结果 “S”是敏感的，“R”是抗性的，“I”是中间的，“P”是待定的

3|14noteevents

治疗记录

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
CHARTDATE	TIMESTAMP(0)	-
CHARTTIME	TIMESTAMP(0)	-
STORETIME	TIMESTAMP(0)	-
CATEGORY	VARCHAR(50)	记录类型 ‘Discharge’ ：出院
DESCRIPTION	VARCHAR(300)	记录类别 ‘Summary’ ：总结
CGID	INT	护理人员标识符
ISERROR	CHAR(1)	‘1’ 代表该记录被标记为错误
TEXT	TEXT	医嘱内容

3|15outputevents

患者出量数据

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
ICUSTAY_ID	INT	-
CHARTTIME	TIMESTAMP(0)	-
ITEMID	INT	项目标识符
VALUE	DOUBLE PRECISION	出量值
VALUEUOM	VARCHAR(30)	出量值的单位
STORETIME	TIMESTAMP(0)	存储时间
CGID	BIGINT	护理人员标识符
STOPPED	VARCHAR(30)	是否中断
NEWBOTTLE	INT	是否有准备新溶液
ISERROR	SMALLINT	是否被标记为错误

3|16patients

患者信息

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	患者编号
GENDER	VARCHAR(5)	性别
DOB	TIMESTAMP(0)	出生日期
DOD	TIMESTAMP(0)	死亡日期
DOD_HOSP	TIMESTAMP(0)	院内登记死亡日期
DOD_SSN	TIMESTAMP(0)	社保局登记死亡日期
EXPIRE_FLAG	VARCHAR(5)	死亡标记

3|17prescriptions

病人用药记录

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
ICUSTAY_ID	INT	-
STARTDATE	TIMESTAMP(0)	用药开始时间
ENDDATE	TIMESTAMP(0)	用药结束时间
DRUG_TYPE	VARCHAR(100)	药物类型
DRUG	VARCHAR(100)	药物名称
DRUG_NAME_POE	VARCHAR(100)	药物说明
DRUG_NAME_GENERIC	VARCHAR(100)	药物说明
FORMULARY_DRUG_CD	VARCHAR(120)	处方药代码
GSN	VARCHAR(200)	Generic Sequence Number
NDC	VARCHAR(120)	National Drug Code
PROD_STRENGTH	VARCHAR(120)	-
DOSE_VAL_RX	VARCHAR(120)	-
DOSE_UNIT_RX	VARCHAR(120)	-
FORM_VAL_DISP	VARCHAR(120)	-
FORM_UNIT_DISP	VARCHAR(120)	-
ROUTE	VARCHAR(120)	-

3|18procedureevents_mv

metavision系统操作信息

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT NOT NULL	-
SUBJECT_ID	INT NOT NULL	-
HADM_ID	INT NOT NULL	-
ICUSTAY_ID	INT	-
STARTTIME	TIMESTAMP(0)	-
ENDTIME	TIMESTAMP(0)	-
ITEMID	INT	-
VALUE	DOUBLE PRECISION	-
VALUEUOM	VARCHAR(30)	-
LOCATION	VARCHAR(30)	-
LOCATIONCATEGORY	VARCHAR(30)	-
STORETIME	TIMESTAMP(0)	-
CGID	INT	-
ORDERID	INT	-
LINKORDERID	INT	-
ORDERCATEGORYNAME	VARCHAR(100)	药物一级分类名称
SECONDARYORDERCATEGORYNAME	VARCHAR(100)	药物二级分类名称
ORDERCATEGORYDESCRIPTION	VARCHAR(50)	药物分类描述
ISOPENBAG	SMALLINT	-
CONTINUEINNEXTDEPT	SMALLINT	-
CANCELREASON	SMALLINT	取消原因
STATUSDESCRIPTION	VARCHAR(30)	状态描述
COMMENTS_EDITEDBY	VARCHAR(30)
COMMENTS_CANCELEDBY	VARCHAR(30)
COMMENTS_DATE	TIMESTAMP(0)

3|19procedures_icd

病人手术记录ICD-9编码

Name	PostgreSQL data type	Modifiers	说明
ROW_ID	INT	not null	-
SUBJECT_ID	INT	not null	-
HADM_ID	INT	not null	-
SEQ_NUM	INT		操作顺序
ICD9_CODE	VARCHAR(10)		ICD-9 编码

3|20services

患者需要接受的医疗服务

Name	Postgres data type	说明
ROW_ID	INT	-
SUBJECT_ID	INT	-
HADM_ID	INT	-
TRANSFERTIME	TIMESTAMP(0)	服务种类更改时间
PREV_SERVICE	VARCHAR(20)	前次服务种类
CURR_SERVICE	VARCHAR(20)	当前服务种类

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抽取患者的数据比如说生命体征,心率等,实验室指标(如白细胞红细胞等)等, 需要在相应的字典中找到相应的item,即项目标识符,再对应查找某一个患者对应指标下的数据。包含2001年至2012年之间进入重症监护病房的成年患者的53423例不同的医院入院数据和2001年至2008年之间收治的7870名新生儿数据。患者操作记录，记录程序操作是对哪位患者收费，便于知道某种操作是否执行。患者操作时间信息，包括患者在ICU中所有时间的测量。患者基本信息和院内采集信息数据，共包含21个数据表。患者ICU出科的即时信息。
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