求助大佬！我的hibernate是假的吗？

以下是我导入的支持hibernate的炸包，是从www.hibernate.org官网下的：

配置好文件之后，我进行了最基本的session对数据库的操作，insert和update方法都可以正常地执行。然而当我测试delete方法的时候，控制台开始报“You have an error in your SQL syntax; check the manual that corresponds to your MySQL server version for the right syntax to use near 'where id=2' at line 1”的错误，意思是mysql提示说我的sql语句有问题对吧，然后我去查看了输出在控制台的hibernate执行的语句，我惊呆了，我把我写的代码和控制台输出贴一下：

    /**
     * 测试session会话的update,delete,insert方法
     */
    @Test
    public void testSession(){
        Configuration configuration = new Configuration();
        configuration.configure();
        SessionFactory sessionFactory = configuration.buildSessionFactory();
        //获得全新的session会话
        Session session = sessionFactory.openSession();
        //开启事务
        Transaction transaction = session.beginTransaction();
        User user = (User)session.load(User.class,2);
        session.delete(user);
        System.out.println(user);
        //提交事务
        transaction.commit();
        //手动关闭session会话
        session.close();
        sessionFactory.close();
        return;
    }

控制台是这么写的：

 我开始也没有想到Hibernate输出的sql语句会有问题，在网上找了半天，然后我看到这个Hibernate输出的sql之后我惊呆了。网上我没有看到有人发过类似的问题，我也不知道为什么会这样，session其他的方法都可以正常执行应该说明hibernate的配置没有什么问题吧。不知道有大佬知道这是怎么回事吗？

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另一个问题其实也类似，就是调用hibernate提供的方法正常执行却没有实现约定的功能，就很崩溃。我用Query进行limit的查询，这应该是一个很基本的操作，代码如下：

    /**
     * 测试Query查询
     */
    @Test
    public void testQuery(){
        //获取用户核心配置对象
        Configuration configuration = new Configuration();
        //加载核心配置文件，默认加载hibernate.cfg.xml
        configuration.configure();
        //构建SessionFactory
        SessionFactory sessionFactory = configuration.buildSessionFactory();
        //生产Session会话对象
        Session session = sessionFactory.openSession();
        //获取Query查询对象,Hibernate通过类来映射表
        Query query = session.createQuery("from User order by id desc ");

        //分页查询limit ?,?
        query.setFirstResult(0);
        query.setMaxResults(3);//从0数据开始一次3个

        //返回多行数据
        /**
         * list()多行
         * uniqueResult()单行
         */
        List list = query.list();
        for(Object o:list){
            System.out.println(o);
        }

        return;
    }
}

但是无论我怎么修改serFirstResult()和setMaxResults()的参数，它始终不能正常的执行，要不就是把表内数据全部放进List返回要不就是我也看不懂什么逻辑地返回了几条记录。网上有人说Query查询的结果是无序的所以应该用order by限制一下，我加了还是没有用。

希望有大佬指点迷津，告诉我一下这个问题应该怎么解决。