ubuntu20.10 安装bwa
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wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2
tar -jxvf bwa-0.7.17.tar.bz2
cd bwa-0.7.17/
make
这个会出现如下错误
gcc -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS bwashm.o bwase.o bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o bwape.o kopen.o pemerge.o maxk.o bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o main.o -o bwa -L. -lbwa -lm -lz -lpthread -lrt
/usr/bin/ld: ./libbwa.a(rope.o):/home/yqmoney/bwa-0.7.17/bwa-0.7.15/rle.h:33: multiple definition ofrle_auxtab'; ./libbwa.a(bwtindex.o):/home/yqmoney/bwa-0.7.17/bwa-0.7.15/rle.h:33: first defined here /usr/bin/ld: ./libbwa.a(rle.o):/home/yqmoney/bwa-0.7.17/bwa-0.7.15/rle.h:33: multiple definition of
rle_auxtab’; ./libbwa.a(bwtindex.o):/home/yqmoney/bwa-0.7.17/bwa-0.7.15/rle.h:33: first defined here
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [Makefile:30:bwa] 错误 1
反正我没有解决,如果有人会也感谢你告诉我
- 我后面发现可以直接在ubuntu下载,而且成功了,但是如果会有什么问题也不知道,毕竟我也只是个小白
sudo apt-get install bwa