基因组注释工具MAKER的报错与解决方法 ● 报错内容：ERROR: Could not determine if DFam is installed● 解决措施：● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Matrices● export LIBDIR=/your_path/envs/maker/share/RepeatMasker/Libraries● 报错内容：/your_path/maker/bin/perl: symbol lookup error: /you
R数据对象快速保存与读取：qs包 qs是一个R语言包，使用qs可以快速地从磁盘中保存和读取对象。** 它的主要目的是替换R中的saveRDS和readRDS函数，提供了一个更加快速而完整的数据读写方法。** 受到fst的启发，qs通过lz4/zstd库使用了类似的块压缩设计。它的不同之处在于，对属性和对象的引用设计了更普适的方法。一方面，saveRDS和readRDS是R数据序列化的标准，但是这些函数没有针对速度进行优化；另一方面，fst非常快，但只适用于部分数据类型如data.frame。
LD衰减图解读 基于分子标记（例如，SNP芯片，GBS测序）的GWAS分析，其实并没有检测到功能突变，本质就是利用标记和功能突变的相关性（LD关系），来检测与性状相关的功能突变的位置。例如在下图2中，在群体中（A，a，B，b）各个基因型的频率已知的情况下，各种单倍型的期望频率（AB、Ab、aB、ab）都是可以计算出来。例如，AB的频率=（A的频率）X（B的频率）。但我们实际统计群体中各个单倍型的频率的时候，会观察到某些单倍型的频率会大于期望值，例如下图中的单倍型AB的理论频率是0.12，但观察到的实际频率是0.29。
fastq文件Phred33/Phred64质量体系 如果有2个以上的质量字符ASCII值小于等于58(即有两个碱基的得分小于等于25），同时没有任何质量字符的ASCII值大于等于75，即判断是Phred+33。如果有2个以上的质量字符ASCII值大于等于75(即有两个碱基的得分大于等于10），同时没有任何质量字符的ASCII值小于等于58，即判断是Phred+64。= （碱基质量值 + 33）的ASCII值 —> 从第一个可见字符!= （碱基质量值 + 64）的ASCII值 —> 从@字符开始。互相转换脚本，待写。
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