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宠辱不惊,看庭前花开花落
去留无意,看天空云卷云舒
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rdkit SMARTS支持和扩展
文章目录一、引入所需库二、SMARTS 不支持的特性三、SMARTS 支持的扩展3.1 杂化方式查询3.2 配位键3.3 邻居杂原子查询3.4 范围查询3.5 SMARTS语法参考四、子结构匹配4.1 具有SMARTS查询的功能组rdkit 支持Daylight定义的SMARTS的绝大部分标准特性以及一些有用的拓展一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8import osfrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem imp原创 2020-07-05 14:41:20 · 1201 阅读 · 0 评论 -
rdkit smiles支持和扩展
文章目录一、引入所需库二、芳香性三、 配位键四、闭环五、通过atomic number 指定原子六、ChemAxon SMILES 拓展 CXSMILES extensions七、使用坐标和异构SMILES从molfile中识别手性中心rdkit涵盖了Daylight SMILES所有的标准功能以及一些有用的扩展,下面是扩展的部分内容一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8import osfrom rdkit import Chemfrom rdki原创 2020-07-04 16:20:03 · 1639 阅读 · 0 评论 -
rdkit Chem 和AllChem的区别
Chem : 负责基础常用的化学功能 ( 如 : 读写分子 , 子结构搜索 , 分子美化等 )AllChem: 负责高级但不常用的化学功能 。区分它们的目的是为了加速载入速度 。也可以简化使用#! /usr/bin/python# coding: utf-8from rdkit.Chem import AllChem as Chem...原创 2020-07-03 20:38:03 · 1159 阅读 · 0 评论 -
rdkit 分子片段、R集团分解、片段指纹与指纹重要性分析
文章目录一、引入所需库二、分子片段(molecular fragments)2.1 分子片段获取2.2 片段指纹生成2.3 指纹重要性分析三、R集团分解分子片段(molecular fragments)是一组可能具有相关功能的相连的原子组成的。RDKit中包含了大量把分子分解成片段的方法和处理片段的工具。一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8import osfrom rdkit import Chemfrom rdkit import RDCon原创 2020-07-03 13:09:50 · 1874 阅读 · 4 评论 -
rdkit 化学性质(ChemicalFeatures)和药效团
文章目录一、引入所需库二、化学性质三、化学特征文件介绍3.1 化学特征(chemical features)3.2 FDef文件语法3.2.1 原子类型(Atom Type)定义3.2.2 特征(Feature)定义3.2.3 其它语法四、2D药效团指纹4.1 参数设置4.2 生成2D药效团指纹4.3 修改FDef设置4.4 Gobbi 2D 药效团指纹一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8import osfrom rdkit import Chem原创 2020-07-01 14:38:08 · 1561 阅读 · 1 评论 -
rdkit 化学反应高级功能
文章目录一、引入所需库二、保护原子三、把分子切成片段3.1 Recap方法3.2 BRICS方法四、组合分子片段--BRICS方法五、自定义片段生成方法一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import Drawfrom rdkit.Chem import Recapfrom rdkit.Chem import原创 2020-07-01 00:04:00 · 1269 阅读 · 5 评论 -
rdkit 化学反应ReactionFromSmarts
文章目录一、引入所需库二、化学反应实例三、化学反应模板四、化学反应注意事项RDKit提供化学反应引擎,其中化学反应模板是基于smarts构建。反应物+反应引擎就可以生成产物。一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import Draw二、化学反应实例示例反应rxn = AllChem.ReactionFro原创 2020-06-30 08:16:17 · 1962 阅读 · 0 评论 -
rdkit 分子性质描述符(Descriptors)
文章目录一、引入所需库二、性质描述符计算三、原子对性质的贡献可视化分子性质也被称为描述符。 RDKit中内置了大量的分子描述符的计算方法, 这些方法主要位于rdkit.Chem.Descriptors <https://www.rdkit.org/docs/source/rdkit.Chem.Descriptors.html#module-rdkit.Chem.Descriptors>_ 也有些常用的性质在AllChem模块下面。一、引入所需库#! /usr/bin/python# co原创 2020-06-29 20:54:29 · 6495 阅读 · 1 评论 -
rdkit 化学指纹(fingerprint)和相似性
文章目录一、引入所需库二、化学指纹2.1 拓扑指纹 Chem.RDKFingerprint(mol)2.2 MACCS 指纹MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)2.3 原子对Atom Pairs2.4 拓扑扭曲topological torsions2.5 摩根指纹(圆圈指纹)AllChem.GetMorganFingerprint(mol,2)2.6 摩根指纹拓展三、相似性计算3.1 基于指纹计算相似性3.1.1 方案一:基于拓扑指纹和Tanimoto相似性方法指纹计算3个分子的相似性原创 2020-06-29 10:25:29 · 8222 阅读 · 2 评论 -
rdkit 化学转换
RDKit包含许多用于修饰分子的功能。注意,这些变换功能旨在提供一种简单的方法,可以对分子进行简单的修饰。文章目录一、引入所需库二、基于子结构的转换2.1 删除子结构2.2 取代基替换2.3 SAR分析-core可视化2.4 SAR分析-sidechain可视化2.5 拆分手段三、Murcho分解3.1 获取分子骨架Murcho四、最大公共分子4.1 最大公共子结构FindMCS函数解析4.1.1 atomCompare也有其他的内置函数如:4.1.2 bondCompare也有其他的内置函数如:4..原创 2020-06-05 10:21:12 · 1136 阅读 · 0 评论 -
rdkit 子结构搜索
文章目录一、引入所需库二、子结构搜索2.1 判断是否有子结构2.2 获取第一个子结构对应的原子编号2.3 获取对应所有子结构2.4 子结构搜索考虑手性2.4.1 不考虑手性2.4.2 考虑手性三、smarts一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 子结构搜索from rdkit import Chem二、子结构搜索子结构搜索可以通过SMARTS匹配符完成。2.1 判断是否有子结构首先创建分子对象,然后定义匹配模式,最后判断是否原创 2020-06-04 20:46:34 · 2079 阅读 · 0 评论 -
rdkit 绘制分子【可视化分子】
rdkit 内置了Draw模块,用于绘图,把一些经常用到的方法直接放在Draw下面。文章目录一、引入所需库二、分子对象转化为图片2.1 分子对象转图片文件函数解析2.2 分子对象转图片函数解析2.3 分子对象转图片2.4 多个分子按照grid显示2.5 多个分子基于公共骨架按照grid显示一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 绘制分子【可视化分子】from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem imp.原创 2020-06-03 19:46:15 · 8835 阅读 · 2 评论 -
rdkit 处理2D、3D分子
Smiles 可以看成分子的1D形式,分子的平面结构可以看成分子的2D形式。该算法能够减少分子中原子在平面内的碰撞,使得绘制的分子更加清晰。文章目录一、引入所需库二、处理2D分子2.1 计算分子的2D坐标函数解析2.2 生成一个分子的描述函数解析2.3 计算分子的2D坐标 结果坐标存储在分子的每个原子上三、处理3D分子3.1 产生3D构象3.2 产生多个3D构象四、 计算构象的RMS值4.1 计算其他构象和第一个构象的RMS值4.2 计算指定两个构象的RMS值4.3 MMFF立场对构象进行优化五、保.原创 2020-06-03 19:30:57 · 3775 阅读 · 0 评论 -
rdkit 修改分子
文章目录一、引入所需库二、增删H原子2.1 增加H原子函数解析2.2 增加H原子2.3 删除H原子函数解析2.4 删除H原子三、芳香共轭键和库里单双键3.1 将芳香键的类型修改为单双建的类型一、引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 修改分子from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import Draw二、增删H原子mol = Chem.MolFromSmiles('OC1C2C1CC2')# 画分原创 2020-06-02 13:15:10 · 2022 阅读 · 0 评论 -
RDKit 操作分子对象
文章目录1 引入所需库2 获取分子中的原子3 获取原子的坐标信息4 访问单个原子的信息4.1 访问所有原子:5 分子中的键操作5.1 也可以通过索引获取键:6 获取分子中所有的环1 引入所需库#! /usr/bin/python# coding: utf-8# rdkit 操作分子对象from rdkit import Chem2 获取分子中的原子smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC原创 2020-05-29 21:20:59 · 5198 阅读 · 0 评论 -
rdkit 读写分子操作
让计算机识别化学分子是计算化学的必备技能,也是对分子进行各种操作的基础。文章目录一、简介二、读分子操作2.1 引入所需库2.2、读入smiles三、写分子操作RDKit可以把分子对象保存成Smiles、molBlock、mol文件2.1 写将分子对象存储为mol文件一、简介rdkit支持从Smiles、mol、sdf文件中读入分子获取分子对象。Smiles、mol通常用于保存单个分子;而sdf格式是作为分子库形式设计的。因此读入sdf得到的是分子迭代器,读入Smiles、mol文件得到分子对象。.原创 2020-05-28 10:43:31 · 4284 阅读 · 0 评论 -
python中常用的工具包
文章目录一、Python中常用的科学计算工具包:1、NumPy2、SciPy3、pandas4、Scikit-learn5、IPython6、Matplotlib7、Statsmodels8、Beautiful Soup9、NetworkX10、NLTK11、Gensim12、PyPyPython有两个最主要的特征,一个是与其他语言相融合的能力,另一个是成熟的软件包系统。后者很好的体现在软件包索引PyPI(https://pypi.python.org/pypi)中,PyPI是大多数Python软件包的原创 2020-05-26 16:39:53 · 1102 阅读 · 0 评论 -
macOS 如何安装Rdkit
Rdkit 学习记录(一)简介Rdkit 是干个什么呢,RDkit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++ 和python 的API 接口。是著名的开源化学信息学工具之一,基于BSD协议,核心数据结构与算法由C++编写。支持Python2与python3,支持KNIME,支持机器学习方面的分子描述符的产生。文档:[https://www.rdkit.org/]环境macOSPython 3.7安装1.Conda模式 官方建议使用Conda进行安装与管理,Conda可以使用清华的源进原创 2020-05-21 17:46:37 · 2244 阅读 · 0 评论 -
Mac 安装MySQLdb (Python mysql )报错
在使用python3连接MySQL的时候出现了 ‘ModuleNotFoundError: No module named ‘MySQLdb’’错误。ERROR: Command errored out with exit status 1: command: /Users/apple/anaconda3/bin/python -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/private/var/folders/82/g066原创 2020-05-15 16:33:34 · 1162 阅读 · 0 评论 -
python 管理工具Anaconda使用
文章目录一、管理conda二、管理环境三、管理包四、参考资料一、管理conda二、管理环境三、管理包四、参考资料原创 2019-05-08 19:16:42 · 621 阅读 · 0 评论 -
python 管理工具Anaconda介绍、安装及使用教程
@[TOC] Anaconda介绍、安装及使用教程序Python是一种解释型、面向对象、动态数据类型的高级程序设计语言。其使用具有跨平台的特点,可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用,其编写的代码在不同平台上运行时,几乎不需要做较大的改动,使用者无不受益于它的便捷性。此外,实现其强大功能的前提,就是Python具有数量庞大且功能相对完善的标准库和第三方库。通过对...原创 2019-05-08 11:31:23 · 1109 阅读 · 0 评论 -
python抓取去哪网当天的酒店信息
searchHotelpython抓取去哪网当天的酒店信息. 主要内容环境准备selenium 使用数据抓取代码地址环境准备安装selenium sudo pip install seleniumselenium2.x 调用高版本浏览器会出现不兼容问题,调用低版本浏览器正常 selenium3.x 调用浏览器必须下载一个类似不定的文件,比如firef...原创 2018-05-04 16:38:16 · 1692 阅读 · 0 评论