motif气泡图
y<- read.table(“C:\Users\Administrator\Desktop\motif气泡图.csv”,sep= “,” , header= T)
head(y)
#motif logPvalue type
#1 RBPJ -1281.00 Female-ko
#2 LEF1 -1472.00 Female-ko
#3 PRDM1 -683.00 Female-ko
#4 NKX2.1 -992.10 Female-ko
#5 TCF3 -1513.00 Female-ko
ggplot(y,aes(“stable”,Motif))+geom_point(aes(size=-LP_value))+aes(color=percentage)+
scale_color_gradient(low=“green”,high = “red”)+
theme_minimal()+xlab(NULL)+ylab(NULL)+scale_size_continuous(range=c(1, 12))+
theme(axis.text.x=element_text(size=13,angle=-30),
axis.text.y=element_text(size=15,family=“myFont”))
后来我才发现,我应该把链信息中的 * 写成 ., 这样就不会报错了。所以最后的输入文件应该是长这样的
awk -F “,” ‘BEGIN {OFS="\t"} $9 < -0.58 && $11 < 0.1 && NR > 1 {print $12,$1,$2,$3,"."}’ test.csv | sed ‘s/"//g’ | sort -k2,2 -k3,3n > down.bed
WT_Peak_5 Chr1 67143 67743 .
WT_Peak_28 Chr1 365682 366282 .
WT_Peak_30 Chr1 415434 416034 .
WT_Peak_41 Chr1 497934 498534 .
作者:城管大队哈队长
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来源:简书
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