[HNOI2002]DNA分子的最佳比对

题目描述

DNA分子是人类遗传信息的载体，它间接地指导蛋白质的合成。DNA分子是由四种核苷酸组成的长链，这四种核苷酸分别是腺嘌呤核苷酸（用A代表）、鸟嘌呤核苷酸（用G代表）、胞嘧啶核苷酸（用C代表）和胸腺嘧啶核苷酸（用T代表）。习惯上用一个字符集为{A，T，C，G}的字符串来表示一个DNA分子序列，如CGTTAGA。 在生物进化过程中，DNA分子可能发生各种各样的突变。这种突变形成了生物遗传信息的改变，从而使生物得以分化，构成了生物的多样性。主要的突变有三种：（1）在一个DNA序列中插入一个新的核苷酸，（2）DNA序列中丢失了一个核苷酸，（3）DNA序列中的某个核苷酸被另一个核苷酸所取代。 所谓两个DNA序列的一个比对是寻找一种排列方式，使得两个DNA序列在同样的位置上有相同的核苷酸，而若在同样的位置上两个DNA序列的核苷酸不同，则是由三种突变之一得到。例如，对两个DNA序列T =ATCAG，T =ACTAG，可以按如下方式比对， 比对1： T1 T2 A A T — （T2 的该位置由T1 丢失一个核苷酸T得到，"–“表示空白） C C — T （T2 的该位置由T1 插入一个核苷酸T得到） A A G G 也可以按如下方式比对 比对2： T1 T2 A A T C （T2 的该位置用一个C取代 T1 的T） C T (T2 的该位置用一个T1取代T 的C) A A G G 如果两个DNA序列在相同的位置上有越多相同的核苷酸对，则表明它们之间越相似，即它们存在功能上的相似性和进化史上的亲缘关系。 对于两个DNA序列的一个比对，规定如下得分方式：（1）一个同样的位置上有相同的核苷酸对，则可得1分；（2）一个同样的位置上有不同的核苷酸对，则得0分；（3）如果在某个位置上一个序列有核苷酸，而另一个序列在该位置上为”–"，则得-2分。例如，比对1的得分是0分，比对2的得分是3分。 问题是：对于两个DNA序列，寻找一种比对方式，使得它们的得分最高。

输入输出格式

输入格式：

输入数据由文件名为INPUT.*的文本文件提供，共有2行。 第1行为DNA序列T1 , 第2行为DNA序列T2 。序列的长度不大于1000。序列中的字母是英文小写或者大写字母。

输出格式：

程序运行结束时，在屏幕上输出所找出的最大的得分

输入输出样例

输入样例：

Atcag
Actag

输出样例：

 3

讲一讲思路吧！

      这是比LCS多一点复杂一点。
      f[i][j]表示第一个字符匹配到i的，第二个字符匹配到j的最优值。
      f[i][j]有三种情况转移：
      第一种是 i 不变 ，j 向后移一格 ， 则值 减二。（如题：如果在某个位置上一个序列有核苷酸，而另一个序列在该位置上为"--"，则得-2分。例如，比对1的得分是0分，比对2的得分是3分。）
      代码如下：f[i][j-1]-2

第二种是 j不变，i向后移一格，则值减二。（如题：如果在某个位置上一个序列有核苷酸，而另一个序列在该位置上为"–"，则得$-$