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tidyverse 包是 Hadley Wickham 及团队的集大成之作，集数据读取，操作，探索和可视化于一体的一系列R包的集合。其理念是一开始先忽略编程的一些基础概念，如向量，矩阵，数据框，因子等，而是直接从数据的操作入手，可以有效的在短时间内学会数据的处理和可视化。但需要强调的一点是，如果想深入学习R语言以及其他编程语言，基础乃根本。1. 基础tibbles数据框和管道操作是学习tidyverse的基础。tibble是通过对传统的数据框功能的修改，开发的一种简单的数据框，更易于使用。在进行线..

一步步绘制和美化dot plot简介开始1. 查看数据并转换为长数据格式2. 绘制基础图形3. 添加errorbar和pointrange4. 修改颜色和坐标轴主题5. 加注释总结简介作为文章中经常出现的一种图形，dot plot 可以展示点的分布和统计变化之后的数据均值等特征值。以下是一篇已发表的文章中的图，今天我们将构造数据，一步步实现它。开始1. 查看数据并转换为长数据格式library(tidyverse)library(magrittr)data %<>% pivo

python学习过程中的第一篇记录。本文参考于《python编程：从入门到实践》。文中的数据population_data.json可直接在网上找到。import jsonfrom pygal_maps_world.i18n import COUNTRIESimport pygalfrom pygal.style import RotateStyledef get_country_code(country_name): """从pygal获取两个字母的国别码""" for

自己之前也做过几次PCA分析，但对其原理的了解和产生的数据构成以及可视化和R函数的选择都是一头雾水，希望这篇文章能够带你进一步了解PCA，进而更好的应用它。

AWK的名字来自其设计师的首字母:Alfred V. Aho、Peter J. Weinberger和Brian W. Kernighan。AWK命令可以追溯到Unix早期。它是POSIX标准的一部分，应该可以在任何类unix系统上使用。虽然与Perl等多用途语言相比，AWK有时会因其过时或缺少特性而受到质疑，但它仍然是我在生信分析中喜欢使用的工具。本篇教程带你由浅入深，一步步掌握awk命令在生信分析中的重要作用。声明：1、 作者水平有限，不足之处请指正！2、本文不定时持续更新！AWK comm

说明：#代表注释，##代表运行结果。函数定义递归函数最大的优点是代码复用，模块化设计。也就是说如果这一段代码块需要在多处使用，就应将其写成一个函数，多次调用，有效的规避了代码的重复。并且在修改时只需要修改函数即可。在定义函数时，个人建议将一小段代码封装成一个函数，使得代码可读性更高，并且能够降低程序的复杂性。定义函数名 <- function(形参) 函数体一个自定义R 函数由三个部分组成：函数体body()，即要函数定义内部要执行的代码；formals()，即函数的形式参数表以及可能

整理的初衷是因为记忆力真不行啊，学到很多新知识，不落实记下来很快就忘，所以下决心一定要把自己学到的新知识和经验记录下来。避免反复，提高效率！ 本文基于windows系统，Rstudio编辑器 R扩展包管理1. 安装1.1 从CRAN安装1.2 从Github安装1.3 从Bioconductor安装2. 更新3. 迁移4. 加载、卸除，卸载1. 安装目前为止，R语言已经有一万多个扩展包，提供了各式各样的功能。这些扩展软件包主要由CRAN,Github和Bioconductor提供。每个网站都提供了不

最近需要处理一批数据，每个数据问及那都具有相同的列名和列数，但是行数不同，所以就想着将数据框写入列表中，之后对列表进行循环操作，达到处理列表中数据框的列。由于能力不足，也折腾了一上午，所以在此记录下来。数据如下：其中每一个数据框都包括三列，如下：接下来，我想通过cut()函数对V2列进行区间分割(如果大家有什么好的方法，欢迎讨论区留言）# 定义函数map_list <- function(a){ library(tidyverse) for(i in seq_len(length

GEO数据挖掘1. GEO数据库简介2. 数据下载1. GEO数据库简介NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）是一个存储各种高通量实验数据的公共数据库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。网址如下：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/2. 数据下载在这里插入代码片...

今天记录一个R语言中报错的解决办法。shiny运行runExample(“01_hello”)或者其他函数使出现报错，如下：解决办法： 更新Rcpp包，如果问题没有解决，那就可以考虑 将R语言已安装的包都升级到最新版本。我就是升级了所有的包，但肯定有比这更好的方法。之后运行成功界面如下：...

RNA-seq数据分析简介简介基因表达是功能基因组学研究的一个重要领域。基因表达与基因信息从基因组DNA模板到功能蛋白产物的流动有关(图1)。大规模并行RNA测序(RNA-seq)已成为一种标准的基因表达检测方法，尤其用于询问相对转录本丰度和多样性。一些研究已经证实，它的测量精度可以与其他成熟的方法如微阵列和定量聚合酶链反应(qPCR)相媲美[2-4]。它有蜜蜂...

折线图简介1. 基础函数2. ggplot()函数3. 实践参考书籍简介折线图通常用来对两个连续变量之间的相互依存关系进行可视化。x轴可以是连续型变量，也可以是离散型变量。生物学中，通常用来表示不同药物剂量下实验对象的变化，或者是基因在不同类型组织或细胞中的表达模式。1. 基础函数简单示例：使用plot()函数，改变参数type，更多类型请查看帮助文档。# 查看作图数据BOD# Time demand# 1 1 8.3# 2 2 10.3# 3 3 .