单细胞多组学分析
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单细胞多组学数据分析,方法记录,也包括收集一些单组学数据分析的方法
tzc_fly
2017-2021:华中科技大学本科,2021-至今:中山大学博士
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多切片联合构建3D生物空间图谱
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预测多基因扰动的转录结果
细胞对基因扰动的转录反应揭示了细胞如何运作的基本见解。转录反应可以描述多种功能,从基因调控机制如何帮助维持细胞身份到调节基因表达如何逆转疾病表型。这对生物医学研究,特别是在开发个性化治疗方面具有重要意义。例如,通过基因扰动研究来验证药物靶点,增加了临床试验成功的可能性。此外,确定协同基因对可以提高联合治疗的有效性。由于已知复杂的细胞表型是由小组基因之间的遗传相互作用产生的,确定这种相互作用可以促进精确的细胞工程。原创 2023-09-13 19:08:21 · 766 阅读 · 0 评论 -
多组学背景下的基因调控网络推断
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TOSICA:一站式可解释细胞类型注释
scRNA-seq分析的一个重要步骤是通过聚类来识别细胞群体或类型,细胞类型注释可以帮助我们发现细胞异质性。目前已经提出了许多无监督的scRNA-seq聚类方法,随后便是耗时的注释。传统方法通常包括预处理、降维、聚类、差异分析和基于先验知识的手动注释。当基于一小组标记基因手动注释亚型时,由于差异细微,同一亚型可能会被注释为其他类型。此外,当不能同时获得所有样本时,人们希望对第一批次数据上的细胞类型进行分类,并使用模型对将来获得的批次数据进行注释(不需要再次修改模型)。原创 2023-03-24 13:33:38 · 1669 阅读 · 0 评论
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