使用WSL2安装Ubuntu 24.04和蛋白隧道动力学分析工具Caverdock v1.2

一、使用 Windows Subsystem for Linux (WSL2)安装Ubuntu24.04

（一）按照下面的文档在windows系统安装 Ubuntu LTS 24.04 子系统，无需执行教程中的第二步（即无需安装桌面环境）；

 https://blog.csdn.net/weixin_44301630/article/details/122390018

1、更新本地软件包；

sudo apt-get update

2、对Ubuntu进行换源；

# 备份原来的软件源
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak
# 编辑软件源
sudo nano /etc/apt/sources.list

将文件中的内容替换为：

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-security main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-updates main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-proposed main restricted universe multiverse

deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse

3、换源之后再次更新软件包；

sudo apt-get update

二、在Ubuntu中安装蛋白隧道动力学分析工具 Caverdock 

（一）按照CaverDock官方文档的第一种安装方法进行安装（Method 1: Apptainer/Singularity container (recommended)）（失败！）

1、获得apptainer的安装包；

wget https://github.com/apptainer/apptainer/releases/download/v1.1.3/apptainer_1.1.3_amd64.deb

2、安装一些依赖库；

sudo apt-get install libfuse2 squashfuse fuse2fs fuse-overlayfs  

3、安装Apptainer容器，它是一个相对较新的容器软件（类似docker）；

sudo apt-get install -y ./apptainer_1.1.3_amd64.deb

4、从Caverdock的官网下载Apptainer/Singularity Image 的 CaverDock软件，但是点击download之后是一个乱码的sif文件；

5、故舍弃此方法安装；

（二）按照CaverDock官方文档的第二种安装方法进行安装（Method 2: Pre-built binaries）

1、安装Tunnel discretizer的依赖软件包，Tunnel Discretizer 是一个用于生物分子研究的工具，主要功能是分析和处理蛋白质内部的隧道。这些隧道是蛋白质内部的路径，通常允许小分子或者离子通过，从而参与和调控生物分子的功能；

sudo apt install libcgal-dev python3 python3-docopt python3-pip python3-pybind11 python3-scipy

2、安装 discretizer；

# 发现使用pip安装的时候报错，出现问题，所以安装pipx进行安装；
sudo pip3 install discretizer 
# 安装pipx
sudo apt install pipx
# 添加pipx的环境变量        
pipx ensurepath
# 使用pipx安装discretizer       
pipx install discretizer        

3、安装CaverDock的依赖软件包；

sudo apt install openmpi-bin python3 python3-click python3-matplotlib python3-pip python3-seaborn python3-tqdm python3-yaml

4、使用pipx安装pycaverdock，pycaverdock是一个基于蛋白质隧道研究的生物分子模拟工具，主要用于研究和模拟分子在蛋白质隧道内的运动。这个工具可以帮助研究人员分析药物分子和其他小分子在蛋白质结构内的动态行为，尤其是它们如何进入或离开蛋白质的活性位点；

pipx install pycaverdock

5、创建安装文件夹；

# 在/opt该目录下创建一个文件夹caverdock
sudo mkdir /opt/caverdock        
# 进入该目录
cd /opt/caverdock/        

6、在下述链接中下载caverdock-1.2-ubuntu20.04.tar.gz 文件，并将其传到上述路径中去；

https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/docfiles/downloads.html#downloads-latest-binaries

7、对压缩文件进行解压；

sudo tar xf caverdock-1.2-ubuntu20.04.tar.gz

8、将文件路径添加进环境变量中去；

echo 'source /opt/caverdock/caverdock-1.2/caverdock.bashrc' >> ~/.bashrc

9、输入 caverdock --help 发现缺少一些依赖的包，逐一对其进行安装（安装过程发现有些特定版本的依赖项找不到，但是换源之后找到了，体现了换源的重要性）；

sudo apt-get install libboost-thread1.71.0
sudo apt-get install libboost-serialization1.71.0
sudo apt-get install libboost-program-options1.71.0

10、最后对其进行测试，输出正常，安装完毕！

CaverDock documentation:
Welcome to CaverDock documentation! — CaverDock 1.1 documentation (muni.cz)

Caverdock download:
CAVER - software tool for protein analysis and visualization