生信分析
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写代码的M教授
愿有前程可奔赴,亦有岁月共回首。
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用Python实现生信分析——功能预测详解
功能预测是生物信息学中的一个重要任务,它通过多种方法帮助科学家推测未知基因或蛋白质的生物学功能。在本次讲解中,我们展示了如何使用BLAST进行同源性比对和功能预测,以及如何使用GO注释进行更详细的功能分析。原创 2024-08-25 09:00:00 · 992 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——次结构预测详解
次结构预测在理解RNA和蛋白质的功能中起着关键作用。通过预测RNA的二级结构,我们可以识别重要的调控区域;通过预测蛋白质的二级结构,我们可以推测蛋白质的功能和作用机制。本次讲解展示了如何使用Python和现有工具进行RNA和蛋白质二级结构预测,并对预测结果进行分析。原创 2024-08-24 09:00:00 · 840 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——序列进化分析详解
序列进化分析是生物信息学中的一项核心任务,通过比较不同物种或个体的DNA、RNA或蛋白质序列,研究它们之间的进化关系。序列进化分析可以揭示物种之间的亲缘关系、基因的进化过程、功能保守性等。序列进化分析是理解生物进化和功能保守性的重要工具。通过使用多序列比对和进化树构建,我们可以揭示物种或基因之间的进化关系。在本次讲解中,我们详细介绍了如何使用Biopython和ClustalW进行序列进化分析,并分析了运行结果。原创 2024-08-22 09:12:11 · 915 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——基因组注释工具详解
基因组注释是指将原始的DNA序列与已知的基因和功能性区域联系起来的过程。它的主要目标是识别基因及其结构(如外显子、内含子、启动子等),并推测这些基因的功能。基因组注释是理解基因组功能、调控机制和生物进化的基础。基因组注释工具在生物信息学中扮演着关键角色,通过使用工具如Prokka、Augustus、GeneMark等,我们可以对新测序的基因组进行高效的功能注释。原创 2024-08-21 09:00:00 · 814 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——基序(Motif)识别详解
在生物信息学中,基序(Motif)是指在生物序列(如DNA、RNA或蛋白质序列)中具有特定功能或结构的短序列片段。基序通常在生物进化中得到保留,因为它们在生物学功能中起着重要作用。例如,在DNA序列中,基序可能是一个转录因子结合位点;在蛋白质序列中,基序可能是一个具有特定功能的结构域。基序识别是指从一组生物序列中识别出保守的短序列片段,这对于功能预测、基因调控网络分析等研究非常重要。基序识别是生物信息学中的一个重要任务,能够帮助研究人员从序列数据中提取功能性重要的片段。原创 2024-08-20 09:15:00 · 2214 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——隐马尔可夫模型(HMM)在生物信息学中的应用详解
隐马尔可夫模型(HMM)在生物信息学中有着广泛的应用,特别是在序列分析、基因预测、蛋白质家族识别等领域。通过使用HMM,我们能够识别和分析生物序列中的保守模式,从而揭示其功能和进化关系。原创 2024-08-20 09:00:00 · 903 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——序列搜索和比对工具详解
序列搜索和比对工具在生物信息学中用于在大型序列数据库中搜索与查询序列相似的序列,并进行比对分析。这些工具可以帮助研究人员识别与目标序列相关的已知序列,从而推测其功能、结构和进化关系。:最常用的序列搜索工具,能够快速找到与查询序列相似的序列。FASTA:另一个常用的序列搜索工具,与BLAST类似,但在算法和性能上有所不同。原创 2024-08-19 21:48:46 · 886 阅读 · 0 评论 -
用Python实现生信分析——序列比对(Sequence Alignment)详细讲解
局部比对(Local Alignment)是指在两条序列中寻找相似的局部区域进行比对。它允许我们在长度不相等或部分相似的序列中找到最相似的片段。局部比对尤其适用于在大多数序列差异较大但在某些部分具有高度相似性的情况下。原创 2024-08-17 21:30:16 · 900 阅读 · 0 评论