TCGA 数据下载

最新推荐文章于 2024-06-17 17:03:59 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： 数据库
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TCGA是最大的癌症基因数据库，包含多种多组学数据。本文介绍了如何通过官网和xenabrowser下载TCGA数据，提供了详细步骤，包括在xenabrowser中简单选择癌症类型下载，以及官网中复杂的选择过程和使用gdc-client下载数据。
摘要由CSDN通过智能技术生成
TCGA

TCGA 数据库是目前最大的癌症基因信息数据库，TCGA的全面不仅仅体现在众多癌型上，还体现在多组学数据，包括基因表达数据、miRNA表达数据、拷贝数变异、DNA甲基化、SNP。

数据下载

肿瘤研究经常需要下载相关数据，目前可以通过官网（http://www.cbioportal.org/）直接下载，或者xenabrowser 下载。

xena下载比较简单，选择需要研究的癌症种类，直接下载所需的文件就可以了。
https://xenabrowser.net/datapages/?hub=https://tcga.xenahubs.net:443

官网下载稍微复杂些，
1.进入官网 https://portal.gdc.cancer.gov/repository，点击 repository
2.File 里面选择数据类型，文件类型等
在这里插入图片描述
3.Case 里面选择肿瘤类型，项目等
在这里插入图片描述
4.将挑选的文件加入Cart
在这里插入图片描述
5.下载manifest，或者直接下载cart，数据量较小时可行
在这里插入图片描述
6.安装gdc-client，linux下建议使用conda 安装, 然后下载所需文件

./conda install gdc-client
./gdc-client download -m gdc_manifest.2020-05-20.txt
Dargon2222
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