Python写的调用Gromacs分子动力学MD的系综类

代码：

class EnsembleTest(Test):
    @classmethod
    def parser(cls):
        parser = argparse.ArgumentParser(
            description='Tests the validity of the potential energy and / or volume ensemble.',
            formatter_class=argparse.RawTextHelpFormatter,
            prog=cls.__name__
        )
        parser.add_argument('--dtemp', nargs='*', type=float, default=None,
                            help='Ensemble validations are made between two simulations at\n'
                                 'different state points.\n'
                                 'dtemp determines the temperature difference between base\n'
                                 'simulation and the additional point. If more than one\n'
                                 'value is given, several tests will be performed.\n'
                                 'By also giving dpress, both temperature and pressure can\n'
                                 'be displaced simultaneously.')
        parser.add_argument('--dpress', nargs='*', type=float, default=None,
                            help='Ensemble validations are made between two simulations at\n'
                                 'different state points.\n'
                                 'dpress determines the pressure difference between base\n'
                                 'simulation and the additional point. If more than one\n'
                                 'value is given, several tests will be performed.\n'
                                 'By also giving dtemp, both temperature and pressure can\n'
                                 'be displaced simultaneously.')
        parser.add_argument('-t', '--tolerance', type=float, default=3,
                            help=('The number of standard deviations a result can be off\n'
                                  'to be still accepted. Default: 3.'))

        return parser

这段代码定义了一个名为EnsembleTest的类，该类继承自Test类。在EnsembleTest类中定义了一个classmethod（类方法）parser，用于解析命令行参数。

类方法是属于一个类而不是它的实例的方法。在这个类方法中，它首先创建了一个 argparse.ArgumentParser 对象，这个对象是用来解析命令行参数的。接着它设置了这个对象的描述（description）、格式化类（formatter_class）和程序名（prog）。其中，描述是用来说明这个程序的作用和功能的，格式化类是用来指定在打印帮助信息时使用的格式，程序名是用来指定在命令行中调用这个程序时的名称。

这段代码中的 cls.__name__ 是指当前类的名称，它会被用作程序名。通过这个类方法，我们可以方便地创建一个命令行参数解析器，并设置好它的属性。这样，我们就可以在程序中解析命令行参数，并根据参数的值来执行不同的逻辑。

解析器使用了argparse模块，并设置了三个命令行参数：

1. --dtemp：表示两个不同状态下的模拟之间的温度差。如果给出多个值，则会进行多个测试。
2. --dpress：表示两个不同状态下的模拟之间的压力差。如果给出多个值，则会进行多个测试。
3. -t/--tolerance：表示结果偏离标准值的标准差数目。默认值为3。

这个类方法返回一个解析器对象parser，可以用于解析命令行参数。

接着写该类：

    @classmethod
    def prepare_parser(cls, input_dir, target_dir, system_name, nobackup, args):
        args = cls.parser().parse_args(args)
        return cls.prepare(input_dir, target_dir, system_name, nobackup,
                           dtemp=args.dtemp, dpress=args.dpress)

    @classmethod
    def analyze_parser(cls, gmx_parser, system_dir, system_name, base_data, verbosity, args):
        args = cls.parser().parse_args(args)
        return cls.analyze(gmx_parser, system_dir, system_name, base_data, verbosity,
                           tolerance=args.tolerance, dtemp=args.dtemp, dpress=args.dpress)

这段代码是Python语言中的一个类方法（@classmethod），包含两个方法，分别是 prepare_parser 和 analyze_parser。这些方法都接受一些参数。

prepare_parser 方法用于准备一个参数解析器（parser），并使用该解析器解析 args 参数。然后，它将解析出的参数传递给 prepare 方法，并将 prepare 方法返回的结果返回。其中，prepare 方法接受 input_dir、target_dir、system_name、nobackup 和 dtemp、dpress 等参数。

analyze_parser 方法同样也是准备一个参数解析器，并使用该解析器解析 args 参数。然后，它将解析出的参数传递给 analyze 方法，并将 analyze 方法返回的结果返回。其中，analyze 方法接受 gmx_parser、system_dir、system_name、base_data、verbosity、tolerance、dtemp 和 dpress 等参数。

总的来说，这段代码是在定义一个类，该类有两个类方法，分别用于准备参数解析器，并将解析出的参数传递给其他方法。这些方法可以用于执行一些分子动力学模拟相关的任务。

接着写：

    @classmethod
    def prepare(cls, input_dir, target_dir, system_name, nobackup, dtemp=None, dpress=None):
        # 没有标准默认值 (system-dependent!)
        if not dtemp and not dpress:
            raise ValueError('Ensemble test for system ' + system_name +
                             ' has no defined temperature or pressure difference.')
        # 用0填充数组 Pad arrays - assume 0 difference if other difference is set
        if not dtemp:
            dtemp = [0] * len(dpress)
        if not dpress:
            dpress = [0] * len(dtemp)
        if len(dtemp) < len(dpress):
            dtemp.extend([0] * (len(dpress) - len(dtemp)))
        if len(dpress) < len(dtemp):
            dpress.extend([0] * (len(dtemp) - len(dpress)))
        # 检查是否存在压力差
        no_press = True
        for dp in dpress:
            if dp*dp >= 1e-12:
                no_press = False
                break

        # 读取基本选项
        options = GromacsInterface.read_mdp(os.path.join(input_dir, 'system.mdp'))

        # 检查目标温度
        if 'ref-t' in options:
            ref_t = float(options['ref-t'])
            ref_t_key = 'ref-t'
        elif 'ref_t' in options:    # 两种格式
            ref_t = float(options['ref_t'])
            ref_t_key = 'ref_t'
        else:
            raise ValueError('Ensemble test for system ' + system_name + ' selected, ' +
                             'but system has no defined temperature.')

        # 检查目标压力
        if no_press:
            ref_p = None
            ref_p_key = None
        elif 'ref-p' in options:
            ref_p = float(options['ref-p'])
            ref_p_key = 'ref-p'
        elif 'ref_p' in options:
            ref_p = float(options['ref_p'])
            ref_p_key = 'ref_p'
        else:
            raise ValueError('Ensemble test with pressure difference for system ' + system_name +
                             ' selected, but system has no defined pressure.')

        # 循环建立文件夹
        directories = []
        for n, (dt, dp) in enumerate(zip(dtemp, dpress)):
            current_dir = os.path.join(target_dir, 'ensemble_' + str(n+1))
            mkdir_bk(current_dir, nobackup=nobackup)
            # change temperature & pressure
            options[ref_t_key] = str(ref_t + dt)
            if not no_press:
                options[ref_p_key] = str(ref_p + dp)
            # write mdp
            GromacsInterface.write_mdp(options, os.path.join(current_dir, 'system.mdp'))
            # copy topology and starting structure
            for suffix in ['gro', 'top']:
                shutil.copy2(os.path.join(input_dir, 'system.' + suffix),
                             current_dir)
            directories.append(current_dir)

        return directories

这段代码是一个 Python 类方法，其名称为 prepare。该方法接受多个输入参数，包括输入目录和目标目录，以及一些系统参数，如温度和压力差。

该方法首先检查输入参数中是否提供了温度和压力差的值，如果没有提供，则抛出一个 ValueError 异常。接下来，如果只提供了一个温度差或一个压力差，则将未提供的那个设置为 0。如果提供的温度和压力差的数量不一致，则填充相应的数组以使其具有相同的长度。接下来，检查是否需要进行压力差，如果需要，则在读取基本选项后检查是否定义了目标压力和目标温度。

对于每个温度和压力差的组合，该方法在目标目录中创建一个名为 ensemble_n 的子目录，其中 n 是索引。然后，该方法将读取 input_dir 目录中的系统.mdp文件以获取基本选项。接下来，如果该系统定义了目标温度，则将该温度存储在变量 ref_t 中，并将其键存储在变量 ref_t_key 中。如果系统定义了目标压力，则将该压力存储在变量 ref_p 中，并将其键存储在变量 ref_p_key 中。最后，该方法将新的温度和压力值写入新的系统.mdp文件中，并将原始拓扑文件和起始结构文件复制到新的子目录中，并返回所有新的子目录名称的列表。