Python写的调用Gromacs分子动力学MD的测试分析类

代码：

    @classmethod
    def analyze(cls, gmx_parser, system_dir, system_name, base_data, verbosity,
                tolerance=None, dtemp=None, dpress=None):
        # 检查是否定义了 温度 和 压力差
        if not dtemp and not dpress:
            raise ValueError('Ensemble test for system ' + system_name +
                             ' has no defined temperature or pressure difference.')
        # 补0填充和对齐
        if not dtemp:
            dtemp = [0] * len(dpress)
        if not dpress:
            dpress = [0] * len(dtemp)
        if len(dtemp) < len(dpress):
            dtemp.extend([0] * (len(dpress) - len(dtemp)))
        if len(dpress) < len(dtemp):
            dpress.extend([0] * (len(dtemp) - len(dpress)))

        nsystems = len(dtemp)

        if tolerance is None:
            tolerance = cls.parser().get_default('tolerance')

        # 基础数据
        if base_data['reduced'] is None:
            current_dir = os.path.join(system_dir, 'base')
            base_data['reduced'] = gmx_parser.get_simulation_data(
                mdp=os.path.join(current_dir, 'mdout.mdp'),
                top=os.path.join(current_dir, 'system.top'),
                edr=os.path.join(current_dir, 'system.edr'),
                gro=os.path.join(current_dir, 'system.gro')
            )
        base_result = base_data['reduced']

        # 生成结果列表 simulations at different state points
        results = []
        for n in range(nsystems):
            current_dir = os.path.join(system_dir, 'ensemble_' + str(n+1))
            results.append(gmx_parser.get_simulation_data(
                mdp=os.path.join(current_dir, 'mdout.mdp'),
                top=os.path.join(current_dir, 'system.top'),
                edr=os.path.join(current_dir, 'system.edr'),
                gro=os.path.join(current_dir, 'system.gro')
            ))

        # 运行测试
        passed = True
        message = ''
        max_quantiles = -1
        for result, dt, dp in zip(results, dtemp, dpress):
            quantiles = ensemble.check(base_result, result, verbosity=verbosity)
            # filename=os.path.join(system_dir, system_name + '_ens'))
            if any(q > tolerance or math.isnan(q) for q in quantiles):
                passed = False
                if len(quantiles) == 1:
                    message += '\n    --dtemp={:.1f} --dpress={:.1f} : FAILED ({:.1f} quantiles off)'.format(
                        dt, dp, quantiles[0]
                    )
                else:
                    message += '\n    --dtemp={:.1f} --dpress={:.1f} : FAILED ([{:.1f}, {:.1f}] quantiles off)'.format(
                        dt, dp, quantiles[0], quantiles[1]
                    )
            else:
                if len(quantiles) == 1:
                    message += '\n    --dtemp={:.1f} --dpress={:.1f} : PASSED ({:.1f} quantiles off)'.format(
                        dt, dp, quantiles[0]
                    )
                else:
                    message += '\n    --dtemp={:.1f} --dpress={:.1f} : PASSED ([{:.1f}, {:.1f}] quantiles off)'.format(
                        dt, dp, quantiles[0], quantiles[1]
                    )
            max_quantiles = max(max_quantiles, max(quantiles))

        if passed:
            message = ('EnsembleTest PASSED (tolerance: {:.1f} quantiles)'.format(tolerance) +
                       message)
        else:
            message = ('EnsembleTest FAILED (tolerance: {:.1f} quantiles)'.format(tolerance) +
                       message)

        return {'test': passed,
                'result': max_quantiles,
                'tolerance': tolerance,
                'message': message}

这段代码定义了一个类方法"analyze"，接受多个参数，包括一个解析器对象，一个目录路径，一个系统名称，一个基础数据的字典，一个详细程度，以及一些可选的与温度和压力差相关的参数。

该方法首先检查是否定义了温度或压力差，如果没有，则引发ValueError，指示该集合测试无法进行。

接下来，该方法会对温度和压力差进行处理，如果其中一个未定义，则将其补零处理。如果其中一个比另一个长度短，则用零补齐短的一个数组。处理后的温度和压力差数组长度相等。

然后，该方法获取一个tolerance值，如果未指定，则使用解析器对象的默认tolerance值。

接着，该方法获取基础数据并将其存储在一个变量中。如果基础数据中的reduced键的值为None，则获取mdp文件、top文件、edr文件和gro文件的路径，使用解析器对象获取基础数据，并将其存储在基础数据字典的reduced键中。

然后，该方法使用循环，将不同状态点的模拟数据存储在 results 列表中，并返回该列表。

运行测试部分的解释：

这段代码是一个用于测试的函数，它的作用是检查一个由三个变量（results, dtemp, dpress）组成的数据集是否满足一定的精度要求，其中results是一个包含多个数值的列表，dtemp和dpress是分别表示温度和压力的两个数值列表。函数首先对输入的数据进行迭代，对于每个数据点，它会使用ensemble.check函数检查其与一个基准结果（base_result）的相似度，并计算出一个或两个数值，表示该数据点在分位数上与基准结果的差异。如果这些差异中有任何一个大于一个指定的容忍度（tolerance），或者存在缺失值，那么该数据点被认为是失败的。在函数的执行过程中，如果有任何数据点被认为是失败的，则整个测试被认为是失败的，并且函数返回一个包含一些测试结果信息的字典。如果所有的数据点都通过了测试，则函数返回一个包含测试结果的字典。