R中的矩阵、数据框和列表(D3，简要记录)

数据框

• 矩阵和数据框的异同
  1. 矩阵：只允许1种数据类型。
  2. 数据框：每列允许1种数据类型。

初始化数据框

1. 代码初始化

   df1 = data.frame(
       col1 = c(...), 
       col2 = paste("...", ...), 
       col3 = rep(...),
       stringsAsFactors = F   # 字符向量默认自动转为因子，赋值为F以禁用该行为
   )

2. 已有数据转换：as.data.frame(...)
3. 文件读取、R语言内置数据…

数据框查询和修改

1. 维度信息：dim、nrow、ncol
2. 行列名：rownames、colnames
   • 修改：
     1. rownames(...) = 赋值一个向量以更改全部
     2. rownames(...)[...]取子集以更改部分。
3. 取子集：
   • 注意：
     • 取子集输入的向量顺序与子集对应，可能发生行/列颠倒。
     • 若使用逻辑向量取子集，逻辑向量可能发生循环补齐。
     • 取子集时，若使用类似df1[c(...)]只输入一个维度时，则是按列取子集，同df1[, c(...)]。
     • 使用[]索引(取子集)时，将返回一个数据框，若使用df1$...、df1[[...]]则将返回向量(仅能取列或单个元素)。
   1. 按列名：df1$score、df1[, c('gene', 'change')]
      • 可被向量赋值修改。
   2. 按坐标：df1[2,2]、df1[c(1, 3), 1:2]
      • 可被向量赋值修改。
   3. 按逻辑值：df$gene[df$score > 0]
4. 添加行/列：
   1. 取不存在的子集赋值。df1$new_col = c(...)
   2. 与list对象rbind；与向量对象cbind
5. 删除：
   1. 取子集后，原地赋值。
   2. 取列子集，对列子集赋NULL。
6. 连接数据框：merge(...)

矩阵

初始化矩阵

1. 代码初始化

# byrow使matrix按行填充数据
matrix(1:9, nrow = 3, byrow = T, dimnames = list(rownames, colnames)

2. 已有数据转换

cbind(c(...), c(...)) # 列堆叠
rbind(c(...), c(...)) # 行堆叠
dim(old_vector) = c(nrow, ncol) # 修改向量dim

矩阵查询和修改

1. 维度信息、行列名、取子集、添加/删除均相似。
2. 但需要注意：
   1. 取子集时，若使用类似df1[c(...)]只输入一个维度时，矩阵将被扁平化(bycol)，返回向量。
3. 矩阵转置：t(...)
4. 修改维度：dim(...) = c(...)

列表

初始化列表

1. 代码初始化

list('a' = ..., 'b' = ...) # 初始化有标签的列表
list(..., ...) # 初始化无标签的列表(数字索引)

列表查询和修改

1. 取子集：
   • 注意：
     • 使用[]进行索引将返回一个子列表，若想返回内容，需使用[[...]]/list1$...
     • 修改时，仅可更改列表中元素内容，而不能更改其标签。通过访问内容并赋值来进行修改。
   1. 按标签：list1$...、list1[c(...)]
   2. 按数字/逻辑下标：list1[-2]、list1[c(T, F, ...)]
2. 添加元素：对未使用的标签/数字索引进行赋值。
3. 删除元素：list1$... = NULL、list1[[...]] = NULL