STEM像模拟

  扫描电子显微镜（SEM) ，透射电子显微镜（TEM)，高倍率透射电子显微镜（HRTEM)，扫描透射电子显微镜(STEM)等等经常被用于形貌表征，也是我们课题组主要运用的表征手段，从成像的角度来说，STEM对材料结构的表征精度更高，更可以满足使用者需求，对原子像做出高分辨率的表征。STEM常常与HAADF/BF(高角环形暗场像/明场像)联用，可以有效的避免TEM和HRTEM中复杂的衍射衬度和相干成像，获得更加精细的材料结构，直接反应原子的信息。

  为了更加生动详细的描述和展示材料的微观形貌、晶体结构、元素分布等，我们常常需要对STEM图像进行定量模拟分析，以获得更加准确直观的材料微观信息。因此对于STEM图像模拟，本文主要介绍两款软件，Qstem和Drprobe。

QSTEM

  QSTEM是由德国柏林洪堡大学的Koch开发的STEM图像模拟软件，它是在多层切片算法的基础上采用冻结声子逼近法进行HAADF-STEM图像分析的软件，能够对关键实验因素(例如样品厚度、检测器角度)的作用进行系统检查，是一款可以量化STEM模拟的软件。

  软件安装。

  官网上即可直接下载QSTEM软件(下载地址)。可以根据自己的电脑配置下载不同的版本，安装顺序是先下载Matlab Component Runtime Library，安装完成后再下载qstem2.51_Win64_setup.exe ，之后就可以运行了。

  操作流程

  QSTEM软件的导入文件，支持.cfg文件格式，因此需要使用qstem中自带组件convert2cfg将.stl或者.xyz文件转换为.cfg文件。(.stl和.xyz格式文件用VESTA软件将.cif格式文件另存导出即可。模拟软件总体比较偏“傻瓜”软件操作，依次导入模型，设置模拟区域，切片，调参数，设置输出即可。

  示例

  以Fe3O4单胞为例，可在COD晶体学数据库自行下载。打开QSTEM软件，点击导入.cfg格式模型，在可视化窗口可以看到导入模型的主视图。3D按钮可以查看导入的3D模型。Z size和View from都是一些可视化的视觉效果设置，用于观察设置后的图像。图中红框可以设置模拟的晶体大小和方向。View from中模型的top和front视图如图所示。我们设置晶体大小221，其实对于周期性结果来说扩胞模拟和直接模拟结果是一样的，甚至还会增加计算的运算量，不过有时候图像太小不容易看到想要的结果，所以会适当的调整晶体的大小和角度。

  在top模式下，设置扫描区域(scan windows)。对每一步的设置，比如扩胞，扫描区域的选择及设置等，在设置完成后都可以点击Update View按钮更新视图，以便于查看设置是否符合自己的预期。扫描区间选择1-11埃，pixeis设置为100，这个值设置的越高，精度和模拟图的清晰度就会越高，X和Y轴的点数乘积就是此次模拟中所要扫描的点数，本文示例为100*100。窗口设置与可视化对应的区域如图所示。

  在front模式下设置扫描的片层，尽量保证每层原子在一个片层之中，这样可以避免有些原子会被扫描两次导致模拟图像衬度不对。建议是查看自己的原始模型数层数，然后再Silcing窗口中的Number of slices per sub-slab中输入layer个数，点击anto Z即可，也可以手动调整Z值使模型上下移动。

  设置实验参数和到处路径。电压设置为300kV，Scherzer一下自动调整像差，具体的实验参数需要在实验中记录下来以便于图像的模拟，此处仅设置了电压，其他均为默认值；然后选择需要保存的路径即可。

  选择成像模式STEM模式，保存设置为.qsc格式文件，方便结果出来后查看自己当初的设置以及晶体模型的选取，然后就可以开始模拟啦。
  出现以下界面说明模拟开始啦，如果模拟过程中出现错误或者是不开始计算，最有效的办法是调整自己的精度设置以及切片数目的设置。最终结果也如图所示，可以通过调整Source size和右击调整色调达到自己想要的效果图。

DrProbe

  该软见来自于Dr Probe团队，用于高分辨率STEM图像模拟的软件。软件模拟及应用方法见文献：https://er-c.org/barthel/drprobe/drprobe-paper.pdf。主要介绍了用于STEM图像多层模拟的Dr. Probe软件，并给出了应用方法。主要程序功能可用的图形用户界面版本通过几个例子的明场和暗场STEM成像以及衍射模式的模拟来证明。详细介绍了用冻结晶格法模拟热扩散散射的数值计算方法。在原子计数的背景下，讨论了在原子柱分辨率模拟中由于冻结晶格变化而发生的强度变化。研究发现，为了防止模拟中的原子计数偏差，需要对许多具有不同随机原子位移的晶格构型进行显著的平均。根据估计信号方差和柱中每个原子的预期信号增益，开发了一种用于评估所需平均量的策略。

  软件安装

  我的电脑系统是windows系统，所以直接在官网上下载可windows可视化软件，直接无脑安装就可以，打开软件之后需要一个注册码，这个注册码建议按照软件要求，给DrProbe发送编码介绍自己的用途和来历，等待半天左右即可收到注册码回复，之后就可以正常使用啦。
  关于Drprobe的使用，官网上也给出了很详细的教程，有兴趣的可以去官网学习，此处借鉴官网STO示例我也给出我的使用和操作过程。

   STEM 图像模拟快速指南

  选择要使用的 GPU 和 CPU 数量 （程序首选项)
    设置相关显微镜参数
    加速电压
    照明孔径半径
    有效源轮廓和宽度
    探头像差
    探测器
  准备对象传输函数 （设置示例)
    加载结构模型
    修改模型，必要时重新定向并增加尺寸，移动 原子到切片中心
    为模拟网格选择样本数 足以包括最大的检测角度
    选择与原子平面数匹配的切片数
    检查冻结晶格生成并设置变体数量
  定期堆叠切片至最大样品厚度
  准备扫描计算
    设置样品倾斜度、读数的厚度步长，以及 每个扫描位置的重复次数
    设置扫描帧
  选择扫描图像作为计算类型
  检查最大厚度滑块是否设置为正确的值
  运行多切片计算
  应用源配置文件
  保存结果

  示例

  本文以Fe3O4为例介绍Drprobe的使用。模型文件可通过COD晶体学数据库下载得到。打开软件，界面如图所示，共包含四个部分：模型导入和参数设置窗口，计算设置窗口，结果展示窗口和软件的版本信息窗口。

  点击Sample Setup出现Sample PArameters窗口，首先在Slice Creation界面导入.cif格式文件。点击View&Modify，可以对模型的大小，方向以及其他信息进行设置，和QSTEM一样，扩胞处理实际上和原来单胞的模拟结果是一致的，周期性的结果，设置后之后点击Accept，在确定修改模型的窗口中点击是即可。接下来点击Suggest Sufficient Sampling将自动对点划分，在计算片层模式中选择声子冻结模式也就是第一个，后面的输入框中的数字大小决定了划层的精度，但是会有最大值限制，此处设置为10，点击计算即可自动划分片层。

  计算完成后片层的划分结果如图所示，样品厚度可以手动修改，便于衬度更加明显，但是每次模拟前可以先计算小厚度的结果先观察结果是否合理，合理后再试图增加厚度，否则就重新修改模型达到理想效果。

  实验参数的设置如图所示，类似于QSTEM，Drprobe也可以将实验中的具体参数代入，便于模拟结果更加贴近实验。进入Microscope Setup …，在display设置中，Function选择Partially Coherent Probe Intensity，进入Basic Illumination setup …，设置电压为300eV，alpha角设置为21.4，点击OK。然后在Microscope Parameters中设置STEM的成像模式，点击左下角的Detector setup…,设置如图所示的成像模式，点击保存即完成了参数设置。


  计算设置之前建议先点击工具栏中的Setup中的preference设置计算所用的核数和线程，如何查看自己电脑的核数和线程呢，如图所示，在我的电脑>属性/管理中可查看，我的电脑是双核八线程。设置核数和线程希望不要全部占用，容易死机以及电脑几乎难以接受命令影响操作。

  计算设置中主要点击Scanning中的Full Size和10pm即可点击OK，到主界面点击开始计算即可，示例模型的模拟计算大概需要3-5分钟左右，完成后即可将模拟结果保存到相应位置并查看结果。


  希望我的分享对于大家的学习有一定的帮助，初来乍到，希望有什么不对或者需要注意的事情请大家多多指教！！！