PEGrid使用方法

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已于 2022-04-02 16:44:52 修改

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分类专栏： MOF 文章标签：科技

于 2022-03-16 19:49:11 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_45186661/article/details/123534373

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本文介绍了如何解决Julia代码因版本过旧无法运行的问题，提供了两种解决方案：使用早期版本的Julia或手动更新代码以适应1.4.2版本。此外，详细阐述了生成用于三维可视化的必备文件——.xyz、.vtk和.cube的步骤，并给出了调整原子显示范围的方法。涉及到的技术包括分子结构处理、文件格式转换和能流信息写入。

摘要由CSDN通过智能技术生成

************************************2022.3.16*******************************************
该代码在Julia程序中运行，但由于2015年以后就没有更新，不能用目前的Julia版本（1.4.2）运行
有两种方案：用当时的版本（估计为0.6或更早的版本）进行计算，但需要把完全匹配才行，包括一系列的相互依赖的运行包
对代码进行手动更新，已经完成，适配1.4.2
****************************************************************************************
出图需要三个文件：.xyz .vtk .cube

.xyz 定义了原子位置，用openbabel即可，但建议用软件内置的程序
include("src/framework.jl")
replicate_cssr_to_xyz(${yourstructurename})

.vtk 定义了边界
include("src/framework.jl")
write_unitcell_boundary_vtk("${yourstructurename}")

.cube包含能量信息，建议gridspacing取小一些
include("src/energygrid.jl")
writegrid("CH4", "IRMOF-1", "UFF", gridspacing=1.0, cutoff=12.5)
***************************************************************************************

导入到visit后如果发现.xyz文件所展示的原子范围太大，可以将.xyz文件转换为excel文件，再对照.vtk文件对边界的定义进行筛选，再导出为.xyz文件即可