ROSALIND答案——写在前面

最新推荐文章于 2023-04-18 22:16:23 发布
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分类专栏： ROSALIND答案 文章标签： 生物信息学
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_45380519/article/details/118787453
版权
博主利用假期时间通过Python解决ROSALIND平台上的生物信息学问题，以此提升编程技能并为硕士阶段的学习做准备。在解决过程中，参考了B站未琢的教程，并分享了自己的学习心得和代码，尽管遇到提交正确答案未通过的情况，但依然坚持每天解决一个问题。博客欢迎读者交流和指正。
摘要由CSDN通过智能技术生成

利用假期时间解决一下收藏已久的ROSALIND的基础问题，为接下来的硕士生涯做准备。

注意：全文是用python解决，因未来可能用到python更多，恰好利用ROSALIND的问题来练手。

发布这个博客主要是给自己一点点动力，要求自己每天做一个。由于本人本科期间编程学的实在不咋滴，所以解决问题并不会考虑时间复杂度和空间复杂度等东西，对于我这个新手而言，能解决问题是最重要的。在解决ROSALIND问题的过程中，不知道为什么我提交了正确答案却没有通过，所以我的数据集是ROSALIND问题里面的示范数据，即Sample Dataset。

如果有人能看到我的博客的话，我欢迎各位大佬来批评指正，有问题可以多交流，能优化我的代码我也是很开心的

ROSALIND的问题我就不在我的博客里面写了，在这里给出ROSALIND的链接http://rosalind.info/problems/locations/

在解决ROSALIND系列问题的过程中，B站未琢https://space.bilibili.com/88269549/article的ROSALIND的专栏帮了我许多，里面有问题背景介绍、思路及代码，我从中参考了许多，感谢大佬！

他城她糖i
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专栏目录
生信刷题之ROSALIND——Part 1
Dzfly
04-11 1249
Rosalind是一个通过解决问题来学习生物信息学和编程的平台。
生信刷题之ROSALIND——Part 3
最新发布
Dzfly
04-25 652
Rosalind是一个通过解决问题来学习生物信息学和编程的平台。
Rosalind网站答案生物信息学
09-09
生物信息学入门，Rosalind答案
Rosalind:罗莎琳德的解答练习
03-08
罗莎琳德 罗莎琳德（Rosalind）解决问题的练习。 Rosalind是一个通过解决问题来学习生物信息学和程序设计的平台。 如果您想练习，请访问 。
Rosalind第一题：DNA核甘酸计数（Counting DNA Nucleotides ）
zx的博客
04-09 809
Rosalind(http://rosalind.info/problems/locations/)平台旨在帮助生信从业者通过解决问题来学习生物信息学和程序设计（可以理解为生物信息专业的学习和刷题平台） 我将其 Bioinformatics Stronghold 板块中的习题译为中文，并给出经过测试的一种/多种可行的答案，供大家参考。 问题： 字符串（string）是从一些字母表中选取的符号的有序...
Rosalind题目第一题
qq_39292916的博客
06-12 451
今天在做第一道题的时候一直告诉我出错` with open ("C:\rosalind\rosalind_dna.txt", "r") as f: OSError: [Errno 22] Invalid argument: 'C:\rosalind\rosalind_dna.txt' ` 后来才知道windows目录下面的转义符需要掉一个方向 'E:/rosalind/rosalind_dna.t...
Rosalind第73题：Quartets
他山之石 可以攻玉
01-14 145
Problem Apartial splitof a setoftaxa models a partial character and is denoted by, whereandare still the twodisjointsubsetsof taxa divided by the character. Unlike in the case of splits, we do not necessarily require that;corresponds to t...
生信刷题之ROSALIND——Part 2
Dzfly
04-18 1120
Rosalind是一个通过解决问题来学习生物信息学和编程的平台。
Rosalind第33题——ros_bio33_CAT
他城她糖i的博客
08-17 114
如果第一次阅读，请查看写在前面 # 本题题目与思路不太清楚，参考作者：未琢 https://www.bilibili.com/read/cv4443961 出处：bilibili memorize = {'': 1} # 建立一个字典，存储已经出现过的字符串及不交叉完美匹配的数量 def ismatch(c1, c2): """判断是否碱基配对的函数""" if (c1 == 'A' and c2 == 'U') or (c1 == 'U' and c2 == 'A') or (
Rosalind第29题——ros_bio29_SIGN
他城她糖i的博客
08-13 122
如果第一次阅读，请查看写在前面 import re with open('../examples/ros_bio38_LCSQ.txt') as f: file = f.readlines() table = {} for line in file: line = re.sub(r'\n', '', line) m = re.match(r'^>.*', line) if m: name = m.group() table[name
Rosalind:Rosalind 生物信息学问题
06-16
'“罗莎琳德解决方案”' 这些是我目前对 Rosalind 问题的解决方案。 我非常喜欢 Biopython 工具集，并尝试在适当的地方应用它。 因此，许多这些解决方案的实施需要其安装。 我试图注释我的代码并通知可能需要安装的地方。 我通常使用 Python 2.7，但我将致力于 Python 3.X 功能。 我想用其他编程语言创建解决方案，但主要是这些将只包含 python 解决方案。 生物信息学据点 目前已解决：44 计数 DNA 核苷酸语言：Python、R 将 DNA 转录成 RNA 语言：Python、R 补充一条 DNA 链语言：Python、R 兔子和复发关系语言：Python、R 计算GC内容语言：Python、R 计数点突变语言：Python、R 孟德尔第一定律语言：Python、R 将 RNA 翻译成蛋白质语言：Python、R 在 DNA 中寻找基
13 Calculating Expected Offspring
acoikw2620的博客
08-03 176
Problem For arandom variableXXtaking integer values between 1 andnn, theexpected valueofXXisE(X)=∑nk=1k×Pr(X=k)E(X)=∑k=1nk×Pr(X=k). The expected value offers us a way of taking the long...
ROSLIND网站中的python village中的答案
yearstime的博客
06-01 294
网站:[http://rosalind.info/problems/list-view/] 一个关于生物信息学基础Python的网站，再次我对于其中关于python village中的问题提供一些解决方 案。 ** 第一点 Python中的幂运算 ** # python中的幂运算 a=3 b=5 print(a**2 + b**2) 第二点 字符串的切片 #字符串的切片 string="HumptyDumptysatonawallHumptyDumptyhadagreatfallAlltheKingsh
Rosalind刷题历程
weixin_30666753的博客
12-30 446
1_Counting DNA Nucleotides with open('E:/rosalind_dna(1).txt') as f: a = list(f.read()) print(a.count('A')) print(a.count('C')) print(a.count('G')) print(a.count('T')) 2_Transcribi...
GitHub教程精简版
Rosalind_Xu的博客
04-12 246
参考链接：史上最简单的GitHub教程 **适用对象：**对于GitHub的功能似懂非懂，急需上手的人。
Counting DNA Nucleotides
somebody oneday
07-10 511
第一题很简单，但是没怎么用过python，一道题中还是学到很多。counting DNA nucleotide dna=open('rosalind_dna.txt','r'); 这只是一个句柄而已，需要read（）或者 readline() 读入文件内容。 len(seq) 定义dict 还好只有4个碱基，但是以后肯定会需要更方便的定义。 d={'A':0,'C':0,'G':0,'T'
Rosalind-计算DNA碱基数
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Rosalind——生物信息刷题库，用编程解决问题
【Rosalind】Consensus and Profile – break语句不能少
Emmett Diary
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人工智能前沿：情感计算的探索与未来
这个概念由Rosalind Picard在1995年提出，她强调情感在人机交互中的关键作用。早期，由于机器学习主要关注算法层面，情感计算并未得到充分重视。然而，随着对人工智能深层次理解的需求增加，情感计算的重要性日益...
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