单细胞测序流程（九）单细胞的GO圈图

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• 单细胞测序流程（一）简介与数据下载

  单细胞测序流程（二）数据整理

  单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图

  单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA

  单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因

  单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释

  单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析
   

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本期主讲内容——单细胞的GO圈图

咱们在上一个课程中进行了GO富集分析，但是我们无法看到基因在GOterm的富集情况，也无法看到GOterm之间的关系

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提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

一、课前准备

之前所使用的数据（上个课程中运行结果这就是在所需的数据：id.txt与go.txt）

R语言的IDE

二、过程

将准备数据和脚本放在一起，直接运行R的脚本即可，

#install.packages("digest")
#install.packages("GOplot")

library(GOplot)
setwd("文件所在的目录")              #设置工作目录

ego=read.table("GO.txt", header = T,sep="\t",check.names=F)      #读取GO富集结果文件
go=data.frame(Category = "All",ID = ego$ID,Term = ego$Description, Genes = gsub("/", ", ", ego$geneID), adj_pval = ego$p.adjust)

#读取基因的logFC文件
id.fc <- read.table("id.txt", header = T,sep="\t",check.names=F)
genelist <- data.frame(ID = id.fc$gene, logFC = id.fc$avg_logFC)
row.names(genelist)=genelist[,1]

circ <- circle_dat(go, genelist)
termNum = 3                                     #限定term数目
geneNum = nrow(genelist)                        #限定基因数目

chord <- chord_dat(circ, genelist[1:geneNum,], go$Term[1:termNum])
pdf(file="circ.pdf",width = 11,height = 10.5)
GOChord(chord, 
        space = 0.001,           #基因之间的间距
        gene.order = 'logFC',    #按照logFC值对基因排序
        gene.space = 0.25,       #基因名跟圆圈的相对距离
        gene.size = 5,           #基因名字体大小 
        border.size = 0.1,       #线条粗细
        process.label = 6)       #term字体大小
dev.off()

termCol <- c("#223D6C","#D20A13","#FFD121","#088247","#58CDD9","#7A142C","#5D90BA","#431A3D","#91612D","#6E568C","#E0367A","#D8D155","#64495D","#7CC767")
pdf(file="cluster.pdf",width = 15,height = 10)
GOCluster(circ.gsym, 
          go$Term[1:termNum], 
          lfc.space = 0.2,                   #倍数跟树间的空隙大小
          lfc.width = 1,                     #变化倍数的圆圈宽度
          term.col = termCol[1:termNum],     #自定义term的颜色
          term.space = 0.2,                  #倍数跟term间的空隙大小
          term.width = 1)                    #富集term的圆圈宽度
dev.off()          

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三、结果

 从图就可以看出，基因和各个GO之间的关系，图的下方可以看到每个GO的颜色，logFC的值代表基因的表达程度，颜色越深代表富集程度越高，表达成都越高越显著。

 图的下方可以看到每个GO的颜色，里面的环为基因，基因在哪里就代表那个GO里有这个基因，比如说有一个基因在三个颜色的环下面，则代表在三个GO中都有，logFC的值代表表达程度，颜色越深代表富集程度越高，表达越显著。

四、结尾

因为这次的结果很多取决于之前的数据，所以必须要把上一节课的内容也要用到，所以要保证之前所得到结果无误才可以​。
单细胞测序流程（九）单细胞的GO圈图到这里就已结束了
下一章会讲解kegg富集分析和kegg的圈图的绘画（最后一个课程了）
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ps：公众号刚刚建立比较简陋，但是该有的内容都不会少。