GO/KEGG富集分析与GSEA区别

 

概念：

GO是基因本体联合会所建立的数据库，旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行限定和描述的，并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO 提供了一系列的语义用于描述基因功能的概念/类，以及这些概念之间的关系。

KEGG（京都基因与基因组百科全书）是了解高级功能和生物系统，从分子水平信息，尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源，是国际最常用的生物信息数据库之一，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。

GSEA:基因集富集分析，用于确定先验基因集是否在两种生物状态（例如表型）之间差异显著。

区别：

GO/KEGG差异基因的一刀切法——仅关注少数几个显著上调或下调的基因，容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因，忽略一些基因的生物特性、基因调控网络之间的关系及基因功能和意义等有价值的信息
GSEA不需要指定明确的差异基因阈值，算法根据实际整体趋势分析。

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