confer安装与连接度的计算

所需数据包:Conefor 2.6

一、 软件Conefor Sensinode 2.6软件的安装

Conefor是一个软件包,允许量化的栖息地和环节进行维护或者改善连接性,以及评价对栖息地和景观变化的连接的影响,Conefor被看作一种通过鉴定栖息地和景观连接关键点的优先级,从而进行生态空间分析和用于决策支持的工具。

打开这个软件压缩包可以发现这个软件的安装主要包括两个部分,第一部分是安装ArcGIS插件,即Conefor_Inputs_10。第二部分是安装Conefor Sensinode 2.6,而Conefor Sensinode 2.6是一个可以直接使用的软件包,所以在这里主要讲解Conefor_Inputs_10的安装。

(1)Conefor_Inputs_10安装步骤。

Conefor_Inputs_10是一个可以放到ArcGIS中使用的插件,打开Conefor_Inputs_10文件夹,可以看到Conefor_Inputs_10应用程序,双击进行安装:

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双击Conefor_Inputs_10应用程序会弹出一连串的窗口,只需要一直点击next,直到弹出选择安装路径的窗口,自行选择安装路径,具体操作如下图:

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安装完毕之后关闭窗口。找到自己选择的安装的文件夹,右击Register_Conefor_ID应用程序以管理员身份运行

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弹出提示安装成功即可。

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此处需要补充的是,若是找不到Register_Conefor_ID的话,需要先以管理员身份运行Make_Batch_Files应用程序,此时就会出现Register_Conefor_ID应用程序,然后再以管理员身份运行即可。

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(2)Conefor26安装步骤。

Conefor26不需要安装,打开Conefor26文件夹,找到Conefor26应用程序,双击就会弹出Conefor26的小窗口,就可以直接进行使用。

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二、景观连通性的计算

景观连通性是指景观对生态流的便利或者阻碍程度,是衡量景观生态过程的重要指标。可能连通性指数(Probability of Connectivity,PC)既可反映景观的连通性,又可计算景观各斑块对景观连通性的重要值,目前广泛应用于景观规划。

可能连通性指数是在景观水平上对景观整体连通性的表征。当景观中的某个斑块被移除时,景观结构将被改变,连通性水平随之发生变化,变化量可认为是该斑块在景观连通性中重要性的表现。所以用dpc值来衡量各个斑块对景观连通性的重要值。其中dpc的计算公式如下:

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其中pc值表示所有斑块都存在时的景观整体的可能连通性指数,PCi-remove指缺少斑块i后剩余斑块组成的景观的可能连通性指数,因此,当dpc越大时,就说明缺少该斑块时,整体的可能连通性指数变化量大,表示该斑块在景观连通中的重要性越大。

(1)Node file和connection file文件的获取。

景观连通性的计算需要获取Node file和connection file这两个文件,这两个文件的获取需要使用之前在ArcGIS中安装的Conefor_Inputs_10插件。

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打开ArcGIS,打开相应的斑块图层及其相应的属性表,添加字段ID_1、Shape_Area,要是这两个字段没有内容的话自行使用字段计算器进行计算:

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添加完字段之后,使用插件conefer,点击conefer中的D图标,弹出ID Within Distance Parameters窗口,在Select Layers中选择要进行计算的斑块图层,在Select ID Field 中选择ID_1,在Select Attibute Field选择斑块的面积Shape_Area,Restrict analysis to features within spectified distance 中的距离可以查阅文献进行参考,这里参考的是2500,根据需要勾选Calculate from Feature Edges,output option也是根据自己的需求进行勾选,最后选择自己需要的路径,再点击OK即可:

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点击运行

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生成了两个文件,格式为记事本,这两个文件就是Node file和connection file所需要的文件:

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(2)dpc的计算

打开Conefor26,选择步骤(1)中生成的相应的节点和距离文件,勾选Partial:

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勾选要计算的值,这里需要计算的是pc值与dpc值,所以勾选了pc值,输入文献参考的距离值2500,为了比较不同类型指数的结果, 设定斑块间距离等于距离阈值的情况下扩散概率为0.5,勾选show deltas,点击运行:

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对运行结果进行保存,点击菜单栏中的results中的Node importance,保存为txt格式。

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最后结果如下图,可以保存到Excel中,再与斑块图层属性表进行连接,进行后续的操作。

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问题总结

在这里插入图片描述
这样的情况是重要斑块的数目太多的原因。

软件安装包Conefor is a software package that allows quantifying the importance of habitat areas and links for the maintenance or improvement of connectivity, as well as evaluating the impacts on connectivity of habitat and landscape changes. Conefor is conceived as a tool for spatial ecology analyses and for decision-making support in conservation planning, through the identification and prioritization of critical sites for habitat and landscape connectivity. Previous versions of Conefor were known as Conefor Sensinode. Conefor includes new connectivity indices (integral index of connectivity, probability of connectivity) that have been shown to present an improved performance compared to other existing indices and to be particularly suited for landscape conservation planning and change monitoring applications (Pascual-Hortal & Saura 2006, Saura & Pascual-Hortal 2007, Saura & Rubio 2010, Saura et al. 2011). These indices are based on spatial graphs (networks) and on the concept of measuring habitat availability (reachability) at the landscape scale. This concept consists in considering that an habitat patch is connected to itself, measuring the connected habitat resources existing within the patches (intrapatch connectivity) jointly with the resources made available by (or reachable through) the connections with other habitat patches (interpatch connectivity). In this way, connectivity is conceived (and measured) as the property of the landscape that determines the amount of reachable habitat in the landscape, no matter if such reachable habitat comes from big and/or high quality habitat patches themselves (intrapatch connectivity), from strong connections between different patches (interpatch connectivity) or, more frequently, from a combination of both.
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