adata.concatenate对空间转录组的拼接

最新推荐文章于 2024-05-31 09:13:34 发布
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分类专栏： 杂类 文章标签： python
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import scanpy as sc 
adata1 = sc.read_visium("/Volumes/MACPAN/空间转录组数据集/10X_spatial_data/data/V1_Mouse_Brain_Sagittal_Posterior/")
adata2 = sc.read_visium("/Volumes/MACPAN/空间转录组数据集/10X_spatial_data/data/V1_Mouse_Brain_Sagittal_Posterior_Section_2/")
adata1.var_names_make_unique()
adata2.var_names_make_unique()
#print(adata1)
#print(adata2)

aa= adata1.concatenate(adata2)
print(aa)
print("==================")
bb= adata1.concatenate(
    adata2,
    uns_merge="unique"
)
print(bb)
# batch_categories=library_names

结果如下：
在这里插入图片描述
注意一定要设置uns_merge,因为这里是空间转录组信息的合并，如果不合并的话，对于接下来的画图就出现了问题

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scanpy合并多个adata数据集和根据条件进行随机抽取细胞
Norah 的技术博客
07-01 1440
scanpy合并adata数据和根据条件进行随机抽取细胞
Scanpy_3 多个样本的单细胞分析流程（scvi）
weixin_43314378的博客
04-28 2817
如果你需要使用深度学习库和框架来处理大规模的计算任务，建议使用专门的显卡（例如 NVIDIA 的 GeForce 或 Quadro 系列显卡），或者使用云计算服务来获得更高的计算能力和更大的显存。在单细胞RNA测序数据分析中，批次效应是一个常见的问题，它可能导致不同批次之间的细胞分布存在差异，影响细胞类型的鉴定和分析。该流程使用scvi方法整合：scvi采用了一种基于深度生成模型的算法来降维和批次效应校正，相比传统的PCA或t-SNE等降维方法，该算法可以更好地处理单细胞RNA测序数据中的噪声和批次效应。
scanpy学习笔记-整合多样本数据
id_gjie的博客
12-05 2651
自用，scanpy分析单细胞数据，用Ingest 和 BBKNN 整合多样本数据（大于两个的）
空间转录组实战03: 整合
weixin_44493991的博客
03-07 377
<生信交流与合作请关注公众号@生信探索> 我把常用的函数写成了几个包，方便之后使用； bioquest 包括三个子包 tl、pl、st 分别是常用的工具包 DdatafFame 的处理、画图、字符串处理； genekit 包括基因名转换、格式转换、差异分析、提取 TCGA 数据等的函数； sckit 包括单细胞分析的一些函数； 可以在https://jihulab.com/BioQuest找到这些函数。 接着 02 中的 adata 继续处理，使用 harmony 整合两个数据，消除批次效应
adata.concatenate函数使用
qq_45759229的博客
03-22 288
首先这个concatenate这个函数是进行obs的拼接，但是这个时候又进行了var方面的限制，其中batch_key参数需要自己设置，否则自己会多一个batch参数。
sc.AnnData.concatenate语法学习
qq_45759229的博客
09-27 2438
import scanpy as sc import numpy as np np.random.seed(1)#设置随机种子 x=np.random.randn(3000,100)# y=np.random.randn(2000,100)# z=np.random.randn(1000,100) adata1=sc.AnnData(x) adata2=sc.AnnData(y) adata3=sc.AnnData(z) adata =sc.AnnData.concatenate(adata1,adat
单细胞数据整合-解决AnnData合并时ValueError: cannot reindex from a duplicate axis问题
kk03231033的博客
12-07 5102
项目场景： 使用scanpy包进行单细胞数据分析时，往往需要整合多个样本的数据，也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。 例如将adata_1和adata_2合并为adatas，可行的一种方法是： import anndata as ad adatas=[adata_1,adata_2] adatas = ad.concat(adatas, merge = "same") 这样得到的adatas将adata_1和adata_2中的obs合并，且保留两个数据中相同的var_key (An
scanpy 空转数据结构seurattoscanpy spatial
生信小博士的博客
10-05 464
【代码】scanpy 空转数据结构seurattoscanpy。
空间转录组 STAGATE
qq_27648263的博客
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空间转录组论文STAGATE简介与代码介绍
10X空间转录组数据分析之细胞niche
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scvi-tools:单细胞组学数据的深度概率分析
03-21
（单细胞变体推断工具）是在和基础上构建的用于单细胞组学数据概率模型的软件包。 单细胞组学模型的可用实现 scvi-tools包含几种模型的可伸缩实现，这些模型可促进许多组学中的大量任务，包括： 用于单细胞RNA数据分析的及其改进的差异表达 。 用于使用半标记示例对scRNA-seq数据进行细胞注释。 用于分析CITE-seq数据的 。 用于从scRNA-seq数据推断空间转录组学中的缺失基因。 用于评估scRNA-seq数据中零充气的基因特异性水平。 用于的可解释线性因子模型版本。 用于空间转录组学数据解卷积的。 peakVI用于分析ATAC-seq数据。 （目前支持scVI，scANVI和TotalVI），用于转移从一个单细胞图谱于查询数据集学习。 用于基于参考的scRNA-seq数据注释。 用于在scRNA-seq数据中进行双峰检测的 。 所有这些实现均具有与交互的高级
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参考：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/spatial/basic-analysis.html。参考：https://blog.csdn.net/Hodors/article/details/126341127。anndata是一个Python包，用于处理内存和磁盘上的带注释的数据矩阵，位于pandas和xarray之间。图片数据一般存放这里。
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Scanpy(六)空间转录组数据的分析与可视化
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本篇内容演示如何在Scanpy中使用空间转录组数据（spatial transcriptomics data），首先，我们专注于10x Genomics Visium data，最后，我们为MERFISH技术的空间转录数据分析提供了示例。目前空间转录组技术基本上还未到单细胞水平，一般一个空间位置spots上有多个细胞，10X Genomics Visum一般为1-10个细胞，空间转录组学能够提供空间位置，但是分辨率达不到单细胞水平，单细胞转录组学分辨率能够达到单细胞分辨率，但是没有空间位置信息，因此将空间转
怎么将数据写入adata.obs中
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要将数据写入 `adata.obs` 中，可以使用以下代码： ``` python import pandas as pd # 创建一个包含数据的DataFrame对象 data = pd.DataFrame({'sample1': [1, 2, 3], 'sample2': [4, 5, 6]}, index=['gene1', 'gene2', 'gene3']) # 将DataFrame对象写入adata.obs adata.obs = pd.concat([adata.obs, data], axis=1) ``` 在这里，我们首先创建了一个包含我们要添加的数据的DataFrame对象。然后，我们使用 `pd.concat()` 函数将该DataFrame对象与 `adata.obs` 连接起来，并将 `axis` 参数设置为 1，以表示连接的方向是列方向（默认为 0，即行方向）。最后，我们将结果赋值给 `adata.obs`，以更新 `adata.obs` 中的数据。
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