网页版eggnog进行功能注释

最新推荐文章于 2025-02-15 10:58:59 发布
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文章讲述了如何使用eggnog的网页版进行基因蛋白序列分析，用户已准备了最长转录本的fasta文件并成功上传，完成了邮箱验证，等待接收注释文件的结果。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

这次先更新网页版的eggnog，下次再更软件版

准备好基因的蛋白序列，已经提取了最长转录本的fasta文件

 打开eggnog的网址 http://eggnog6.embl.de/#/app/emapper

 上传文件，填好邮箱

 收到邮件

 

 

 

 结果文件里的注释文件

 

eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释
05-01
概述 EggNOG-mapper是一种用于对新序列进行快速功能注释的工具。 它使用来自eggNOG数据库（ ）的预先计算的直系同源基因组和系统发育树，仅从细粒度直系同源基因中转移功能信息。 eggNOG-mapper的常见用途包括注释新的基因组，转录组甚至宏基因组基因目录。 使用正交预测作为功能注释的方法比传统的同源搜索（即BLAST搜索）具有更高的精度，因为它避免了从紧密的旁系同源物转移注释（重复的基因更有可能参与功能差异）。 将不同的eggNOG-mapper选项与BLAST和InterProScan进行比较的基准。 EggNOG-mapper也可以作为公共在线资源获得： ://eggnog-mapper.embl.de 文献资料 引文 如果您使用此软件，请引用： [1] Fast genome-wide functional annotation through orth
eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能.zip
09-18
eggnog-mapper, 通过orthology分配实现快速基因组宽功能 概述eggnog映射器是一种工具，用于快速地对新序列的函数进行注释，使用基于预计值的分配。 明显的例子包括新的基因组。transcriptomes甚至metagenomic基因目录的注释。 传统同源搜索相比，使用orthology预测功能
EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
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eggNOG注释蛋白序列
weixin_42480153的博客
04-23 926
下载软件（其实就是一堆脚本） git clone https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper.git 下载数据库 alias python=/usr/bin/python2.7 python download_eggnog_data.py 拆分蛋白文件xx.faa awk '!/^>/ { printf "%s", $0; n = "\...
EggNog-mapper本地化下载安装和使用超详细教程
最新发布
pxyhelxd的博客
02-15 1899
EggNog数据库是以前的COG数据库的更新和完善，以前的COG数据库早就停止更新和维护了，这个具体我就不详细讲了，大家能看这个教程证明肯定是对相关内容有所了解的这里就这样吧！
应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程
xuzhougeng blog
11-09 5982
eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者是InterProScan。eggNOG-mapper的作者认为这种方法不够可靠，毕竟你有可能找到的的是旁系同源基因。近期对多个工具的整体评估发现eggNOG(evolutionary genealogy of...
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
m0_73361516的博客
07-13 1734
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
eggNOGmapper注释蛋白序列
weixin_42480153的博客
10-19 4014
预测完ORF序列、去冗余并建立丰度表后，我们得到了预测基因的非冗余序列(核酸+蛋白)，接下来要利用eggNOGmapper注释结果，按照国际惯例，我们利用蛋白序列注释。 首先下载eggNOGmapper git clone https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper.git 在所在目录里就下好了这个软件，不需要安装，都是脚本 接下来，把python修...
GO注释背景信息获取（eggNOG-mapper+TBtools eggnog-mapper helper）
qq_42639688的博客
04-28 2455
对应的是PFAM结构域注释，注意，这个注释结果是定性的，即有无某结构域，如果一个序列有多个相同结构域，只会显示一个​。，对应的是KEGG注释结果，可直接用于 TBtools KEGG富集分析，当背景注释文件​。，对应的是GO注释结果，，对应的功能文本描述​。
NAR：eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-11 5887
文章目录Eggnog 5.0：一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源通讯作者Peer Bork简介划重点摘要背景更新和新增功能基因组更新物种分类水平和非监督的直系同源群图1. 不同物种水平独立计算的OGsOGs的层级一致性系统发育分析功能注释图2. 可视化OG的网页示例自定义用户数据的快速功能和直系同源分类测评结论和展望参考文献本文译者简介猜你喜欢写在后面 ...
eggNOG-mapper：功能注释集大成者
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12-30 988
欢迎关注微信公众号"生信小王子"！对于许多做非模式生物的同学来说，没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释，但它是收费的。这时，我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。eggnog-mapper现在已经更新到了V2版本，需要在Python2.7环境下运行，并保证有超过40G的存储空间存放数据库。## 下载eggnog-mapper V...
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我们的代码可能在运行时候会出现不同的问题，也会出现，在我这里正常运行，而在你那边程序中却报错的情况。虽然网页版的Egg-mapper工具，现在可以支持最多10000条的序列，但是速度依旧是比较慢的。好比，这个教程，我昨天的运行时，也各种报错，内心是发狂的，不知道为什么。自己的代码或教程，在前面分析过程中可以运行，但是现在再去使用时也会报错。,这两天也做对应的分析，但是发现前面的代码速度太慢了，以及会出现报错的情况。那么我们也做了对应的优化，可以大大减少花费时间，以及减少我们的报错。，这是对我们最大的支持。
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在我们制作分析是会遇到的问题，随着前面教程推出，也有同学咨询如何制作KEGG背景文件。最开始的目标是，将我们注释文件进行本地打包建库，使用时就会更加的方便。diamond在多于千条序列时才会体现速度优势，少量序列会感觉非常慢，而且结果也没有hmmer的更准确，尤其是对远源注释方面。本教程，我们会提供分布式的步骤教程，大家可以直接跟随教程直接做即可。对于这个问题，每个人分析的环境不同以及资源不同，我们根据自己的环境和资源进行合理调整即可。若手中的有充足资源服务器，可以自己搭建，有利于后续流程的搭建和分析。
探索未知生命的密码：EggNOG-mapper
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探索未知生命的密码：EggNOG-mapper 去发现同类优质开源项目:https://gitcode.com/ 项目介绍 EggNOG-mapper是一个强大的工具，专为快速功能注释新的序列而设计。它利用预先计算的正向同源群和进化树（来自eggNOG数据库）来仅从精细的正向同源体中转移功能信息。这使得对新发现的基因组、转录组甚至宏基因组进行精确的功能注释成为可能。 项目技术分析 EggNOG-m...
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