论文阅读笔记——野外和非侵入性遗传方法评估棕熊种群规模

论文简介

标题

• 英文：《An evaluation of field and non-invasive genetic methods
  to estimate brown bear (Ursus arctos) population size》
• 翻译：《野外和非侵入性遗传方法评估棕熊种群规模》

期刊情况

• 期刊：《Biological Conservation》
• 期刊情况：
  • 2020年影响因子：4.711
  • JCR分区 / 中科院分区：Q1 / 2区
  • 审稿速度：一般, 6-12周
    

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论文内容

摘要

对种群规模和密度的估计对于任何物种的成功管理和保护都是至关重要的。虽然有多种方法可用于估计种群的丰度和密度，但大多数研究仅依赖一种估计量，很少有研究比较和批判性地评估这些方法的充分性和成本。我们使用瑞典中南部的棕熊(Ursus arctos)来比较三种不同的估计种群规模的方法的性能，包括基于常规野外数据和非侵入性遗传数据的方法。基于对有幼崽的雌性的观察的方法低估了真实的种群规模，因为估计低于从研究区域内粪便数据确定的独特基因型的数量。最好的传统方法是基于直升机上对熊的观察。在以前的一项研究中推荐的使用封闭群体MARK估计量的遗传方法似乎表现最好。我们的结论是，在2001年和2002年期间，在我们7328平方公里的研究区域内存在大约223只(188–282)熊，这表明这种被猎杀的棕熊数量已经相对稳定了大约十年。无创遗传方法比最可靠的传统野外方法(一种基于从直升机上观察熊的CMR方法)便宜，从伦理的角度来看更可取。我们建议，在收集粪便样本的基础上，未来使用非侵入性遗传方法的研究应旨在收集2.5-3倍于“假设”动物数量的粪便样本。

介绍

• 生态学理论和野生动物管理通常依赖于对人口数量和密度的可靠估计。估计种群规模并不是一件容易的事，尤其是对于难以捉摸的濒危物种。传统的野外种群数量估计方法一般基于距离抽样，包括直接计数或样带抽样或捕获-标记-重捕/再捕获(CMR)方法(包括航空测量、猎人CMR或照相机CMR) 。然而，捕捉方法涉及到动物受伤或死亡的危险，这一伦理方面值得考虑，特别是对于濒危人群。非侵入性遗传方法最近被用于估计种群规模，使用基因样本，如毛发或粪便，可以进行个体识别，而不需要看到或打扰动物。与这种方法相关的技术问题(由于DNA样品的质量和数量低)现在已经得到很好的理解，并且已经开发了克服这些限制的方法。
• 然而，据我们所知，很少有研究比较了几种人口规模估计方法，包括现场和遗传方法，以批判性地评估所用方法的可靠性和充分性。此外，每种方法在时间、金钱和道德方面的成本通常不会报告。
• 棕熊(Ursus arctos)是一种典型的难以捉摸的物种，其种群规模难以估计。雄性和雌性棕熊都很神秘，有很大的活动范围，斯堪的纳维亚半岛记录的最大活动速度高达42公里/24小时。因此，很难开发出具有可接受的精确度和准确度的人口规模估计的标准方法。
• 我们研究了斯堪的纳维亚棕熊种群，这代表了种群瓶颈和随后的种群扩张的一个典型例子。使用传统的野外方法，1942年瑞典棕熊的种群规模估计约为300只，1996年约为1000只。然而，非常需要确定目前人口的规模。
• Bellemain等人(2005年)使用志愿者猎人和其他人连续两年在瑞典南部49，000平方公里的地区以及本文所述的同一研究区域进行粪便采样的非侵入性遗传数据，比较了四种方法对斯堪的纳维亚棕熊的种群估计。他们使用了两个不同的稀疏指数方程(Kohn等人，1999；埃格特等人，2003)，一个林肯彼得森(LP)估计器(Seber，1982)，考虑放射性标记的熊作为捕获组，遗传粪便样本作为再捕获组，和封闭种群模型在MARK (White和Burnham，1999)，也基于CMR原则。最可靠的估计被认为是来自LP估计的估计，但是MARK方法也表现良好。这些作者没有评估现场方法。
• 本研究的目的是比较从传统野外数据和非侵入性遗传数据中得出的不同种群大小估计值的性能，以便为难以捉摸的动物种群的未来管理推荐一种方法，特别是为瑞典目前的熊种群管理和保护推荐一种方法。根据Bellemain等人(2005年)的建议，非侵入性遗传方法基于MARK封闭群体估计器。野外方法是基于
  • (1)对有幼崽的雌性的观察
  • (2)一项基于在一架直升机上对发情的雌性和带有放射性标记的成年雄性的观察的CMR研究。
    通过将其与研究区域内粪便样本中确定的独特基因型数量所代表的最小群体规模进行比较，以及与Bellemain等人(2005年)的线性规划估计值进行比较，对每个估计值的性能进行评估，后者被认为是他们获得的最精确和最准确的估计值。此外，我们评估了最佳现场方法(直升机法)和非侵入性遗传方法在时间和金钱方面的成本，以便为管理提供建议。

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方法

研究区域

• 为了满足直升机捕获-再捕获方法的闭合假设，我们将研究区域定义为交配季节(2001年和2002年，7328平方公里；图1)。研究区的景观主要由樟子松(66%)和挪威云杉(32%)组成。各种落叶树，如普通桦木、白桦、白杨和桤木在森林的早期演替阶段很常见。研究区的森林通过皆伐集中管理，皆伐是森林景观中相对重要的组成部分。地形以平缓起伏的丘陵为主，海拔约200米。
  

利用实地数据估计人口规模

公众对有幼崽的雌性的观察

• 我们使用了2001年和2002年交配季节(5月1日至6月30日；达尔和斯文森，2003年a)估计人口规模。瑞典狩猎和野生动物管理协会负责调查大型食肉动物的志愿者证实了这些观察结果。然而，志愿者无法识别单个家庭群体，因此无法记录已知家庭群体被报告的次数。
• 这种方法背后的模型是基于1998年和1999年交配季节期间研究区域内有幼崽的无线电标记雌性动物的日常活动的研究(Kristoffersen，2002)。使用交配季节的观察结果是因为大多数有幼崽的雌性在此期间限制了它们的