文献RNA-seq复现第2期——sra数据转换、参考基因组及注释信息的准备

最新推荐文章于 2024-10-10 08:39:01 发布
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分类专栏： RNA-seq 文章标签： 数据分析
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_53971833/article/details/126533582
版权
本文介绍了如何将.sra格式的RNA测序数据转换为.fastq格式，并详细说明了参考基因组及注释信息的获取与准备过程，包括使用fastq-dump或fasterq-dump进行文件转换，以及在UCSC和Ensembl下载人类参考基因组和基因注释文件。
摘要由CSDN通过智能技术生成

前期学习了通过文章获取了RNA测序数据，具体参考往期文献RNA-seq复现第1期——文献中mRNA测序数据的获取。值得注意的是，下载测序数据通常是.sra格式文件（如下SRR3589956 - SRR3589962），在做正式分析时用到的为.fastq格式文件，因此正式分析前需将.sra文件转换为.fastq格式文件。

前期疑问：

上一期学习利用prefetch函数（sratoolkit）下载sra数据时，代码提示"pleade run ：vdb-config --interactive"。解决方法很简单，按照提示输入命令vdb-config --interactive进行软件配置即可。

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