前期学习了通过文章获取了RNA测序数据,具体参考往期文献RNA-seq复现第1期——文献中mRNA测序数据的获取。值得注意的是,下载测序数据通常是.sra格式文件(如下SRR3589956 - SRR3589962),在做正式分析时用到的为.fastq格式文件,因此正式分析前需将.sra文件转换为.fastq格式文件。
前期疑问:
上一期学习利用prefetch函数(sratoolkit)下载sra数据时,代码提示"pleade run :vdb-config --interactive"。解决方法很简单,按照提示输入命令vdb-config --interactive进行软件配置即可。