MPI并行编程计算π值及PSRS排序

什么是MPI

MPI(Message Passing Interface)是目前最重要的一个基于消息传递的并行编程工具,它具有移植性好、功能强大、效率高等许多优点,而且有多种不同的免费、高效、实用的实现版本,几乎所有的并行计算机厂商都提供对它的支持,成为了事实上的并行编程标准。

MPI是一个库,而不是一门语言,因此对MPI的使用必须和特定的语言结合起来进行。MPI不是一个独立的自包含系统,而是建立在本地并行程序设计环境之上,其进程管理和I/O均由本地并行程序设计环境提供。例如,MPI可以建立在IBM SP2的POE/MPL之上,也可以建立在Intel Paragon的OSF/NX。除了这些商业版本的MPI实现,还有一些免费版的MPI实现,主要有MPICH,LAM和CHIMP。

Linux下MPI环境的搭建

在Linux环境下搭建MPI环境:
sudo apt-get install mpich
编写C语言或C++代码时,在头文件中包含include "mpi.h" 便可以在代码中使用mpi的并行语句了。
C语言编译mpi程序:mpicc example.c -o example
C++编译mpi程序:mpic++ example.c -o example
运行mpi程序:mpiexec -n 4 ./example (4为指定运行的进程数)

利用MPI计算π值

根据积分法易得,求π值的串行代码如下:

    int n = 100, x,sum;
    int h = 1.0/n;
    for(int i=1; i<=n; i++)
    {
        x= (i - 0.5)/n;
        sun += 4.0/(1+x*x);
    }
    pi = sum*h;
    printf("pi = %d\n",pi);

不难改成mpi并行代码:

//*计算π的C语言 MPI编程代码段*// 

#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
#include <math.h>

double f(double);
double f(double a)
{
    return (4.0/(1.0 + a*a));
} 

int main(int argc, char *argv[])
{
    int done = 0, n, myid, numprocs, i;
    double PI25DT = 3.141592653589793238462643;
    double mypi, pi, h, sum, x;
    double startwtime = 0.0, endwtime;
    int namelen;
    char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];

    MPI_Init(&argc, &argv);  //mpi的初始化
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs);  //获取线程数
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &myid);  //获取线程id值
    MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen);  //获取处理器名称

    fprintf(stderr, "Process %d on %s\n", myid, processor_name);

    n = 0;
    while(!done)
    {
        if(myid == 0)
        {
    /*      printf("Enter the number of intervals: (0 quits)");
            scanf("%d",&n); */
            if(n == 0)
                n = 100;
            else
                n = 0;
            startwtime = MPI_Wtime();
        }
        MPI_Bcast(&n, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);  //进行广播传送消息
        if(n == 0)
            done = 1;
        else
        {
            h = 1.0/(double)n;
            sum = 0.0;
            for(i=myid+1; i<=n; i+=numprocs)  //各线程计算自己的面积
            {
                x = h * ((double)i - 0.5);
                sum += f(x);
            }
            mypi = h * sum;
            MPI_Reduce(&mypi, &pi, 1, MPI_DOUBLE, MPI_SUM, 0, MPI_COMM_WORLD);   //归约,mypi为发送方,pi为接收方
            if(myid == 0)
            {
                printf("pi is approximately %.16f,Error is %.16f\n",pi, fabs(pi-PI25DT));
                endwtime = MPI_Wtime();
                printf("wall clock time = %f\n", endwtime-startwtime);
            }
        }
    }
    MPI_Finalize();   //mpi结束

    return 0;
}

利用MPI进行PSRS并行排序

PSRS的排序算法思想如下:

n个元素A[1..n]分成p组,每组A[(i-1)n/p+1..in/p],i=1~p
(1)均匀划分:将n个元素A[1..n]均匀划分成p段,每个pi处理
A[(i-1)n/p+1..in/p]
(2)局部排序:pi调用串行排序算法对A[(i-1)n/p+1..in/p]排序
(3)选取样本:pi从其有序子序列A[(i-1)n/p+1..in/p]中选取p个样本元素
(4)样本排序:用一台处理器对p2个样本元素进行串行排序
(5)选择主元:用一台处理器从排好序的样本序列中选取p-1个主元,并
播送给其他pi
(6)主元划分:pi按主元将有序段A[(i-1)n/p+1..in/p]划分成p段
(7)全局交换:各处理器将其有序段按段号交换到对应的处理器中
(8)归并排序:各处理器对接收到的元素进行归并排序

mpi编程思路如下:
1.获取整个数组的起始位置和子数组大小;
2.调用MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)进行同步;
3.调用阶段一函数,对子数组进行局部排序,以及正则采样;
4.调用阶段二函数,对正则采样的样本进行排序,选择主元和主元划分;
5.调用阶段三函数,进行全局对全局的发送,并且计算划分的总大小,给新划分分配空间;
6.调用阶段四函数,将全局交换后的数据进行归并排序,并发送各排序好的子列表回根进程;
7.打印输出排好序的数组。

代码如下:

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <limits.h>
#include <assert.h>
#include <sys/time.h>
#include <unistd.h>
#include "mpi.h"

int i,j,k;
int N = 36;



int cmp(const void * a, const void * b) {
  if (*(int*)a < *(int*)b) return -1;
  if (*(int*)a > *(int*)b) return 1;
  else return 0;
}

void phase1(int *array, int N, int startIndex, int subArraySize, int *pivots, int p) {
  // 对子数组进行局部排序
  qsort(array + startIndex, subArraySize, sizeof(array[0]), cmp);

  // 正则采样
  for (i = 0; i < p; i++) {
    pivots[i] = array[startIndex + (i * (N / (p * p)))];    
  }
  return;
}

void phase2(int *array, int startIndex, int subArraySize, int *pivots, int *partitionSizes, int p, int myId) {
  int *collectedPivots = (int *) malloc(p * p * sizeof(pivots[0]));
  int *phase2Pivots = (int *) malloc((p - 1) * sizeof(pivots[0]));          //主元
  int index = 0;

  //收集消息,根进程在它的接受缓冲区中包含所有进程的发送缓冲区的连接。
  MPI_Gather(pivots, p, MPI_INT, collectedPivots, p, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);       
  if (myId == 0) {

    qsort(collectedPivots, p * p, sizeof(pivots[0]), cmp);          //对正则采样的样本进行排序

    // 采样排序后进行主元的选择
    for (i = 0; i < (p -1); i++) {
      phase2Pivots[i] = collectedPivots[(((i+1) * p) + (p / 2)) - 1];
    }
  }
  //发送广播
  MPI_Bcast(phase2Pivots, p - 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
  // 进行主元划分,并计算划分部分的大小
  for ( i = 0; i < subArraySize; i++) {
    if (array[startIndex + i] > phase2Pivots[index]) {
      //如果当前位置的数字大小超过主元位置,则进行下一个划分
      index += 1;
    }
    if (index == p) {
      //最后一次划分,子数组总长减掉当前位置即可得到最后一个子数组划分的大小
      partitionSizes[p - 1] = subArraySize - i + 1;
      break;
    }
    partitionSizes[index]++ ;   //划分大小自增
  }
  free(collectedPivots);
  free(phase2Pivots);
  return;
}

void phase3(int *array, int startIndex, int *partitionSizes, int **newPartitions, int *newPartitionSizes, int p) {
  int totalSize = 0;
  int *sendDisp = (int *) malloc(p * sizeof(int));
  int *recvDisp = (int *) malloc(p * sizeof(int));

  // 全局到全局的发送,每个进程可以向每个接收者发送数目不同的数据.
  MPI_Alltoall(partitionSizes, 1, MPI_INT, newPartitionSizes, 1, MPI_INT, MPI_COMM_WORLD);

  // 计算划分的总大小,并给新划分分配空间
  for ( i = 0; i < p; i++) {
    totalSize += newPartitionSizes[i];
  }
  *newPartitions = (int *) malloc(totalSize * sizeof(int));

  // 在发送划分之前计算相对于sendbuf的位移,此位移处存放着输出到进程的数据
  sendDisp[0] = 0;
  recvDisp[0] = 0;      //计算相对于recvbuf的位移,此位移处存放着从进程接受到的数据
  for ( i = 1; i < p; i++) {
    sendDisp[i] = partitionSizes[i - 1] + sendDisp[i - 1];
    recvDisp[i] = newPartitionSizes[i - 1] + recvDisp[i - 1];
  }

  //发送数据,实现n次点对点通信
  MPI_Alltoallv(&(array[startIndex]), partitionSizes, sendDisp, MPI_INT, *newPartitions, newPartitionSizes, recvDisp, MPI_INT, MPI_COMM_WORLD);

  free(sendDisp);
  free(recvDisp);
  return;
}

void phase4(int *partitions, int *partitionSizes, int p, int myId, int *array) {
  int *sortedSubList;
  int *recvDisp, *indexes, *partitionEnds, *subListSizes, totalListSize;

  indexes = (int *) malloc(p * sizeof(int));
  partitionEnds = (int *) malloc(p * sizeof(int));
  indexes[0] = 0;
  totalListSize = partitionSizes[0];
  for ( i = 1; i < p; i++) {
    totalListSize += partitionSizes[i];
    indexes[i] = indexes[i-1] + partitionSizes[i-1];
    partitionEnds[i-1] = indexes[i];
  }
  partitionEnds[p - 1] = totalListSize;

  sortedSubList = (int *) malloc(totalListSize * sizeof(int));
  subListSizes = (int *) malloc(p * sizeof(int));
  recvDisp = (int *) malloc(p * sizeof(int));

  // 归并排序
  for ( i = 0; i < totalListSize; i++) {
    int lowest = INT_MAX;
    int ind = -1;
    for (j = 0; j < p; j++) {
      if ((indexes[j] < partitionEnds[j]) && (partitions[indexes[j]] < lowest)) {
    lowest = partitions[indexes[j]];
    ind = j;
      }
    }
    sortedSubList[i] = lowest;
    indexes[ind] += 1;
  }

  // 发送各子列表的大小回根进程中
  MPI_Gather(&totalListSize, 1, MPI_INT, subListSizes, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);

  // 计算根进程上的相对于recvbuf的偏移量
  if (myId == 0) {
    recvDisp[0] = 0;
    for ( i = 1; i < p; i++) {
      recvDisp[i] = subListSizes[i - 1] + recvDisp[i - 1];
    }
  }

  //发送各排好序的子列表回根进程中
  MPI_Gatherv(sortedSubList, totalListSize, MPI_INT, array, subListSizes, recvDisp, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);

  free(partitionEnds);
  free(sortedSubList);
  free(indexes);
  free(subListSizes);
  free(recvDisp);
  return;
}

//PSRS排序函数,调用了4个过程函数
void psrs_mpi(int *array, int N)    
{
    int p, myId, *partitionSizes, *newPartitionSizes, nameLength;
    int subArraySize, startIndex, endIndex, *pivots, *newPartitions;
    char processorName[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];


    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&p);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myId);
    MPI_Get_processor_name(processorName,&nameLength);

    printf("Process %d is on %s\n",myId, processorName);

    pivots = (int *) malloc(p*sizeof(int));
    partitionSizes = (int *) malloc(p*sizeof(int));
    newPartitionSizes = (int *) malloc(p*sizeof(int));
    for ( k = 0; k < p; k++) {
      partitionSizes[k] = 0;
    }

    // 获取起始位置和子数组大小
    startIndex = myId * N / p;
    if (p == (myId + 1)) {
      endIndex = N;
    } 
    else {
      endIndex = (myId + 1) * N / p;
    }
    subArraySize = endIndex - startIndex;

    MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
    //调用各阶段函数
    phase1(array, N, startIndex, subArraySize, pivots, p);
    if (p > 1) {
      phase2(array, startIndex, subArraySize, pivots, partitionSizes, p, myId);
      phase3(array, startIndex, partitionSizes, &newPartitions, newPartitionSizes, p);
      phase4(newPartitions, newPartitionSizes, p, myId, array);
    }

    if (myId == 0) 
     for(k = 0; k < N; k++){
        printf("%d ",array[k]);
     }
     printf("\n");
    if (p > 1) {
      free(newPartitions);
    }
    free(partitionSizes);
    free(newPartitionSizes);
    free(pivots);


  free(array);
  MPI_Finalize();

}

int main(int argc, char *argv[]) {

  int *array;
  array = (int *) malloc(N*sizeof(int));

    srand(100);
    for ( k = 0; k < N; k++) {
      array[k] = rand()%100;
    }
    MPI_Init(&argc,&argv);      //MPI初始化
    psrs_mpi(array,N);          //调用PSRS算法进行并行排序

  return 0;
}
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