利用高斯建立自己的残基的lib的过程

                                                                 利用高斯建立自己的残基的lib的过程
              ***************************建立部分残基而非整个分子的lib文件**************************************
一:将部分残基在软件(如:xleap, maestro等等)中加上帽子集团,以便整个分子的西那个对完整,并且没有暴露在外面的键,并且还能使残基分子在后面的优化加氢的过程中不出现分子中多出了其他的氢原子.

        1:       残基分子中所加的帽子集团有CH3C=O和CH3NH-基团,在残基的C=O集团的C原子上加上CH3NH-基团,在残基的NH-端加上CH3C=O 基团.(此例子是以氨基酸的残基为例来说明的,其他集团应根据残基两端所连的其他残基的特殊结构来决定,具体的参考标准为:尽量使残基两端所连的帽子与实际的所连基团相似).

       2:     将构建好的分子进行加氢处理,并检查加氢后的结构是否与真实的结构相同.然后将修改后的结构保存成pdb格式的文件.

二: 利用RED软件生成高斯输入文件
      1:      将pdb文件导入到RED中,并自己建立一个文件夹用来保存生成的各个软件的输入文件。

2: 将Ante_RED.pl脚本复制到自己所建立的文件夹中,然后运行命令: perl Ante_RED.pl filename.pdb > Ante_RED.log
       
3:     运行完命令后会生成6个文件,其中 *gam.inp 和 *pcg.inp为GAMESS软件所要用到的文件. *gau.com 为高斯的输入文件, *out.p2n 为 RESP 的输入文件.

三: 仔细检查并修改所生成的 *out.p2n文件.
1: 定义分子的名称:"REMARK TITLE MOLECULE"将MOLECULE修改成与你所做的残基后分子相同的名称(当然也可以不修改),这个分子名称能够在GAMESS,Gaussian和RESP 电荷计算过程中应用.

2: 检查分子的电荷以及电子旋转的多样性: "REMARK CHARGE-VALUE 0" 默认情况下电荷为0,此时要根据自己所作的分子或残基的具体的总电荷数来进行修改. "REMARK MULTIPLICITY-VALUE 1",电子旋转的多样性默认情况下为1,这要根据实际情况而进行修改.

3:检查原子的连接性是否都是正确的,这些信息非常重要,因为他们用于在mol2文件中创建分子或残基的拓扑信息.这些拓扑信息同样可以用于AMBER和CHARMM中的力场文件中。
4: 关于分子的重新定向的信息:"REMARK REORIENT 5 18 19" 或者"REMARK REORIENT 5 18 19 | 19 18 5".

5: 检查文件中的原子的名称:第一列用于自动的RESP过程,第二列原子名称用于RED生成的mol2文件中,并为以后用于AMBER或者CHARMM的力场文件中.

6: 在文件中加入对应的分子内部原子的电荷限制:"REMARK INTRA-MCC 0.0 | 1 2 3 4 5 6 | R"为限制1-6总电荷为0.其中R代表的意思为Restrained.   "REMARK INTRA-MCC 0.2719 | 8 | K"的意思为限制分子内8号原子的电荷为0.2719.    "REMARK INTER-MCC 0.0 | 1 2 | 1 2 3 4 | 1 2 3 4 5 6 7 8" 为限制分子间的电荷,1号分子的电荷1,2,3,4号原子总电荷为0,2号分子中,1,2,3,4,5,6,7,8总电荷为0. "REMARK INTER-MEQA 1 2 3 4 | 1 2 3 4 5 6 7 8" 用于限制分子内部的电荷相等.

7: 检查原子的排列顺序,H原子必须在与他相连接的重原子的后面。

8: 对于一个分子的多个构象,需要将两个p2n文件融合为一个p2n文件,分子之间用TER隔开。

9: 对p2n文件进行重命名,“$n Mol_red$n.p2n”其中$n为任意的整数,但要与生成的高斯输出文件相对应。
  四: 运行高斯
1: 将步骤三中的输出文件*gau.com 文件找到出入明令 # g03 < *gau.com > *gau.log
2:     检查高斯的输入文件, 在命令行中输入 # grep "Frequencies" *.log 输出的内容为分子中静止点的频率。 如果输出的频率中出现了负数,则说明优化过程出现了问题。

3:将生成的*gau.log文件改名为 "$Mol_red$n.log(注意,此文件名要与步骤三中的 "$Mol_red$n.pan" 中的n值相同.)

  五:执行RED
将步骤三和步骤四中生成的Mol_red文件放到自己定义的一个文件夹下面,并把RED.pl文件服知道文件夹内。 运行命令 #perl RED.pl > RED.log
六: 利用RED生成的mol2文件生成相应的lib文件
将mol2文件导入AMBER 并生成相应的lib文件就可以了.

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