R语言并行计算的原理和案例(foreach,parallel)

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众所周知,在大数据时代R语言有两个弱项,其中一个就是只能使用单线程计算。但是R在2.14版本之后,R就内置了parallel包,强化了R的并行计算能力。
parallel包实际上整合了之前已经比较成熟的snow包和multicore包,multicore无法在windows下运行。parallel包可以很容易的在计算集群上实施并行计算,在多个CPU核心的单机上,也能发挥并行计算的功能。我们今天就来探索一下parallel包在多核心单机上的使用。
parallel包的思路和lapply函数很相似,都是将输入数据分割、计算、整合结果。只不过并行计算是用到了不同的cpu来运算。
这样的计算过程可以使用如下方式来表述:
1. 启动M个附属进程,并初始化
2. 针对于任务,为每个附属进程分发所有的数据
3. 将任务粗略的分为M个块儿(chunks),并将这些块儿发送到附属进程(包含需要的R代码)
4. 等待所有的附属进程完成计算任务,并返回结果
5. 对于其他任务也同样重复2-4
6. 关闭附属进程
在parallel包里,对应上述两种并行化方式有如下两个核心函数(针对于lapply函数的并行化,mclapply在windows上不能使用):
parLapply(cl, x, FUN, ...)
mclapply(X, FUN, ..., mc.cores)

案例1、不使用并行计算,直接使用lapply(隐式循环函数,它实际就是对不同的数据应用了相同的函数):

fun <- function(x){
return (x+1);
}
system.time({
res <- lapply(1:5000000, fun);
});
user system elapsed
21.42 1.74 25.70

案例2、使用parallel包来加速

library(parallel)
#打开四核,具体核数根据机器的核数决定
cl <- makeCluster(getOption('cl.cores', 4));
system.time({
res <- parLapply(cl, 1:5000000, fun)
});
user system elapsed
6.54 0.34 19.95

关闭并行计算
stopCluster(cl);
看看单核机器跑出来的结果:
user system elapsed
29.30 9.23 97.22
所以,并非核数越多越好,看机器配置。
这个函数有两点要注意:
首先要先用detectCores函数确定系统核心数目,对于Window系统下的Intel I5或I7 处理器,一般使用detectCores(logical = F)来获得实际的物理核心数量。
由于这个函数使用的是调用Rscript的方式,这个例子里,对象被复制了三份,因此内存会吃的很厉害,在大数据条件就要小心使用。

案例3、在Linux下使用mclapply函数的效果如下:

mc <- getOption('mc.cores', 3)
system.time({
res <- mclapply(1:5000000, fun, mc.cores = mc);
});
user system elapsed
6.657 0.500 7.181

foreach包是revolutionanalytics公司贡献给R开源社区的一个包,它能使R中的并行计算更为方便。与sapply函数类似,foreach函数中的第一个参数是输入参数,%do%后面的对象表示运算函数,而.combine则表示运算结果的整合方式。 下面的例子即是用foreach来完成前面的同一个任务。如果要启用并行,则需要加载doParallel包,并将%do%改为%dopar%。这样一行代码就能方便的完成并行计算了。

案例4、foreach包的使用:

library(foreach)
# 非并行计算方式,类似于sapply函数的功能
x <- foreach(x=1:1000,.combine='rbind') %do% func(x)
# 启用parallel作为foreach并行计算的后端
library(doParallel)
cl <- makeCluster(4)
registerDoParallel(cl)
# 并行计算方式
x <- foreach(x=1:1000,.combine='rbind') %dopar% func(x)
stopCluster(cl)
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