ubuntun14.04 使用 apt-get install 安装最新版本R并安装R包问题及注意事项

背景

​ LAMP搭建的网站在ubuntu14.04，有用户文件上传和下载，后台程序以R脚本运行为主，本机安装的R为3.4.4，需要安装最新3.6 搭配最新的R包。本来想着用conda来安装，但是 apahce无法找到R执行文件，因此还得重新全局安装，要有网。我的ubuntu 使用代理上网，因此遇到了一些问题：

问题和解答

1.添加ubuntu中R的软件源：

ubuntu14.04 默认安装的就是 R.3.4.4，我使用的是中科大的CRAN源 ubuntu14.04版本

vi /etc/apt/sources.list 
deb http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ trusty-cran35/ 
sudo apt-get update

末尾添加 trusty-cran35搭配的是14.04版本的ubuntu系统，其他见 USTC-CRAN 中的其他目录，其中trusty与 trusty-cran的区别是前者R的最高版本就是R3.4.4，而后者是一直更新到最新版本。

在更新的时候可能出现以下报错(这里是复制其他版本的ubuntu的报错信息):

root@ubuntu:~# apt-get update
Err:1 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security InRelease
  Could not resolve 'security.ubuntu.com'
Err:2 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial InRelease
  Could not resolve 'us.archive.ubuntu.com'
Err:3 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-updates InRelease
  Could not resolve 'us.archive.ubuntu.com'
Err:4 http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports InRelease
  Could not resolve 'us.archive.ubuntu.com'
Reading package lists... Done
W: Failed to fetch http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial/InRelease  Could not resolve 'us.archive.ubuntu.com'
W: Failed to fetch http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-updates/InRelease  Could not resolve 'us.archive.ubuntu.com'
W: Failed to fetch http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-backports/InRelease  Could not resolve 'us.archive.ubuntu.com'
W: Failed to fetch http://security.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-security/InRelease  Could not resolve 'security.ubuntu.com'
W: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.
root@ubuntu:~#

这是apt-get update 没有利用 代理上网 而导致的网络不通的报错，解决参考unixmen 如下：

# Create new conf empty  file inside  /etc/apt/ and  do  the following
sudo vi /etc/apt/apt.conf
# add this line  to the file if you are using  http proxy else  https of  ftp:
Acquire::http::Proxy "http://proxy_host:port";
# 代理也已经写入用户家目录的环境变量 .bashrc
vi ~/.bashrc
export http_proxy="http://proxy_host:port"

apt-get update # 成功
apt-get install r-base # 安装的就是目前的最新版3.6.3 ，

2.安装R包

install.packages("") # 在线安装
install.packages("",repos=NULL) # 本地安装

​ 安装相关R包的时候。比如DESeq2包的时候，如果出现因为哪个包没安装好，最后肯定是与R包相关的，但是是ubuntu的软件或者库没有安装好，比如 依赖 XML 和 RCurl 两个包就是因为 ubuntu没有 安装libxml2-dev 和 libcurl4-openssl-dev，参考 1 2 。只要不是ubuntu的库没安装好，那么安装DESeq2的时候其他依赖包也会同时安装好的。所以只要看好安装失败的报错信息，google以下就可以了。