2016年05月_SicongFu

原创 blast2go进行Nr注释

在进行批量Nr注释的时候，blast2go是最为方便快速的选择.

2016-05-31 09:43:01 10345

原创读《茶树冷胁迫的全局基因表达谱》

Global transcriptome profiles ofCamellia sinensisduring cold acclimation文章第一部分：背景、实验结果、结论、关键词背景：茶多么多么重要。。。在冬天，茶需要经历低温去提高自身的抗冻能力。低温中分子水平上发生的变化还没有被广泛研究。为了阐明低温胁迫的分子机理，我们使用了转录组（RNA-seq）和数字表达谱dig

2016-05-27 16:08:41 1044

转载 COG Practise

$mkdir -p /home/sicong/new/cog_practise$cd /home/sicong/new/cog_practise$perl -p -i -e 's/-max_target_seqs 20//g' /home/sicong/文档/chenlianfu/blast.pl$blast.pl blastp cog ../Trinity.fasta 1e-

2016-05-27 13:41:52 1148

转载 KOG注释[Ubuntu 15.10系统]

进行KOG注释的方法和COG一致。对真核生物使用KOG注释：$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/KOG/kyva$makeblastdb -in kyva -dbtype prot -title kog -parse_seqids -out /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog -logfile /opt/bio

2016-05-26 22:34:47 7127 6

转载使用KOG数据库进行注释

进行KOG注释的方法和COG一致。对真核生物使用KOG注释：$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/KOG/kyva$makeblastdb -in kyva -dbtype prot -title kog -parse_seqids -out /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog -logfile /opt/bio

2016-05-26 22:03:48 9234

转载 COG注释[Ubuntu 15.10系统]

1 COG简介COG数据库是NCBI开发的用于同源蛋白注释的数据库。COG数据库根据蛋白质序列的相似性，将蛋白质序列分成不同的类。每个类赋予一个COG编号，代表着一种同源蛋白。同时，将所有的同源蛋白再分成25个大类。此外，COG数据库包含COG和KOG共2个数据库。前者对原核生物的同源蛋白进行聚类，适合原核生物的COG注释；后者对真核生物的同源蛋白进行聚类，适合真核生物的COG注释

2016-05-26 21:37:46 9228 1

转载 Swiss-Prot注释

Swiss-Prot 数据库中的蛋白质的功能经过了试验验证，注释是精确的。但是其蛋白质数目相比于Nr，就非常少了，仅有约54万条。由于数据库不大，适合于本地化Blast进行Swiss-Prot注释。

2016-05-26 19:20:21 19501 5

转载 NCBI网页上进行Nr注释

在NCBI的网页窗口使用Blast进行比对 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi（这是新的Blast主页 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastHomeNew）下面是Nr注释的结果：

2016-05-26 18:48:46 4635 1

转载创建mysql数据库[Ubuntu]

create database data_name //创建名为data_name的数据库

2016-05-25 15:48:16 12745

转载使用Blast2GO进行GO注释

Blast2GO本地数据库的构建

2016-05-23 09:24:37 26279 7

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