mpi4py 与slurm结合

计算机辅助工程

已于 2024-07-17 09:54:55 修改

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文章标签： python

于 2024-07-17 09:54:02 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/sinat_26809255/article/details/140486252

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在Python中使用mpi4py库进行并行计算时，可以结合SLURM作业调度系统来提交和管理作业。以下是一个简单的Python脚本示例，该脚本使用mpi4py启动并在SLURM管理的节点上运行。

# 导入mpi4py库
import mpi4py.MPI as MPI
 
# 获取MPI通信器和本地进程号
comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()
size = comm.Get_size()
 
# 仅在根进程（通常为0）上打印信息
if rank == 0:
    print(f"Running parallel job with {size} processes")
 
# 示例工作负载分配给所有进程
if rank < 10:
    local_work = rank * 2
    print(f"Process {rank} is doing work: {local_work}")
 
# 结束MPI作业
MPI.Finalize()

为了在SLURM系统上提交这个作业，你可以创建一个SLURM脚本，如下所示：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mpi_test
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --output=mpi_test_%j.out
 
# 加载必要的模块
module load python/3.8
 
# 启动Python并执行包含mpi4py代码的脚本
srun python mpi_test.py

在这个SLURM脚本中，你指定了作业名称、所需节点数、每个节点上的任务数以及输出文件的名称。srun命令用于启动并执行你的Python脚本，该脚本包含mpi4py代码。

确保你的Python脚本（在这个例子中是mpi_test.py）可以被提交作业的用户账号访问，并且SLURM作业脚本有执行权限。之后，你可以通过sbatch命令提交这个作业脚本来在SLURM管理的集群上运行它。