nnunet入门之二 (MRI图像分割)_nnunet mri

└─labelsTr
BRATS_001.nii.gz
BRATS_002.nii.gz
BRATS_003.nii.gz
BRATS_004.nii.gz
BRATS_005.nii.gz
…

 1.2 json文件信息

 `nnUNet/nnunet/dataset_conversion/utils.py`里面的函数`generate_dataset_json`可以生成相应任务的`json`文件。

 

{
“name”: “BRATS”,
“description”: “Gliomas segmentation tumour and oedema in on brain images”,
“reference”: “https://www.med.upenn.edu/sbia/brats2017.html”,
“licence”:“CC-BY-SA 4.0”,
“release”:“2.0 04/05/2018”,
“tensorImageSize”: “4D”,
“modality”: {
“0”: “FLAIR”,
“1”: “T1w”,
“2”: “t1gd”,
“3”: “T2w”
},
“labels”: {
“0”: “background”,
“1”: “edema”,
“2”: “non-enhancing tumor”,
“3”: “enhancing tumour”
},
“numTraining”: 484,
“numTest”: 266,
“training”:[{“image”:“./imagesTr/BRATS_001.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_001.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_002.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_002.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_003.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_003.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_004.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_004.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_005.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_005.nii.gz”},…],
“test”:[“./imagesTs/BRATS_485.nii.gz”,“./imagesTs/BRATS_486.nii.gz”,…]
}

 1.3 转换数据

 

nnUNet_convert_decathlon_task -i /xxx/Task01_BrainTumour

 转换的数据存在`nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task001_BrainTumour`，此时`imagesTr`和`imagesTs`里的文件名加了后缀`"_0000"`, `"_0001"`, `"_0002"`, `"_0003"`。

 注意：此处`Task01_BrainTumour`变为`Task001_BrainTumour`。
2. 私人数据集（3D）

 直接转换数据，将数据存放到`nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task001_BrainTumour`

 2.1 文件夹目录

 

└─Task001_BrainTumour
│ dataset.json
│
├─imagesTr
│ BRATS_001.nii.gz
│ BRATS_002.nii.gz
│ BRATS_003.nii.gz
│ BRATS_004.nii.gz
│ BRATS_005.nii.gz
│ …
├─imagesTs
│ BRATS_485.nii.gz
│ BRATS_486.nii.gz
│ …
└─labelsTr
BRATS_001.nii.gz
BRATS_002.nii.gz
BRATS_003.nii.gz
BRATS_004.nii.gz
BRATS_005.nii.gz
…

 2.2 json文件信息

 `nnUNet/nnunet/dataset_conversion/utils.py`里面的函数`generate_dataset_json`可以生成相应任务的`json`文件。

 

{
“name”: “BRATS”,
“description”: “Gliomas segmentation tumour and oedema in on brain images”,
“reference”: “https://www.med.upenn.edu/sbia/brats2017.html”,
“licence”:“CC-BY-SA 4.0”,
“release”:“2.0 04/05/2018”,
“tensorImageSize”: “4D”,
“modality”: {
“0”: “FLAIR”,
“1”: “T1w”,
“2”: “t1gd”,
“3”: “T2w”
},
“labels”: {
“0”: “background”,
“1”: “edema”,
“2”: “non-enhancing tumor”,
“3”: “enhancing tumour”
},
“numTraining”: 484,
“numTest”: 266,
“training”:[{“image”:“./imagesTr/BRATS_001.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_001.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_002.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_002.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_003.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_003.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_004.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_004.nii.gz”},{“image”:“./imagesTr/BRATS_005.nii.gz”,“label”:“./labelsTr/BRATS_005.nii.gz”},…],
“test”:[“./imagesTs/BRATS_485.nii.gz”,“./imagesTs/BRATS_486.nii.gz”,…]
}

## 预处理

只进行3d预处理，不进行2d预处理

nnUNet_plan_and_preprocess -t 01 -pl2d None

## 训练


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